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- PDB-6nkp: EphA2 LBD in complex with bA-WLA-YSKbio peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nkp
タイトルEphA2 LBD in complex with bA-WLA-YSKbio peptide
要素
  • Ephrin type-A receptor 2
  • bA-WLA-YSKbio peptide
キーワードTRANSFERASE / protein-peptide interaction / kinase / ephrin / eph receptor / drug development / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / post-anal tail morphogenesis / bone remodeling / transmembrane-ephrin receptor activity / response to growth factor / tight junction / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / neural tube development / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / vasculogenesis / regulation of angiogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of angiogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / osteoclast differentiation / cell chemotaxis / skeletal system development / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / cell motility / positive regulation of protein localization to plasma membrane / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / osteoblast differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cell migration / lamellipodium / virus receptor activity / receptor complex / cell adhesion / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / cadherin binding / inflammatory response / phosphorylation / focal adhesion / dendrite / cell surface / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. ...Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / Galactose-binding domain-like / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Jelly Rolls / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Ephrin type-A receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.033 Å
データ登録者Lechtenberg, B.C. / Pasquale, E.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS087070 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA030199 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Engineering nanomolar peptide ligands that differentially modulate EphA2 receptor signaling.
著者: Gomez-Soler, M. / Petersen Gehring, M. / Lechtenberg, B.C. / Zapata-Mercado, E. / Hristova, K. / Pasquale, E.B.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-A receptor 2
B: Ephrin type-A receptor 2
C: bA-WLA-YSKbio peptide
D: bA-WLA-YSKbio peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9185
ポリマ－45,6744
非ポリマー2441
水4,972276
1
A: Ephrin type-A receptor 2
C: bA-WLA-YSKbio peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0813
ポリマ－22,8372
非ポリマー2441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
2
B: Ephrin type-A receptor 2
C: bA-WLA-YSKbio peptide
D: bA-WLA-YSKbio peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5794
ポリマ－24,3343
非ポリマー2441
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.916, 67.094, 93.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ephrin type-A receptor 2 / Epithelial cell kinase / Tyrosine-protein kinase receptor ECK


分子量: 21339.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド bA-WLA-YSKbio peptide


分子量: 1497.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Biotin linked to Lys 13 side-chain / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.09 M BIS-TRIS pH 5.5, 22.5% w/v PEG 3,350, 3% w/v 6-aminohexanoic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→29.39 Å / Num. obs: 24912 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21.95 Å2 / CC1/2: 0.997 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1673 / CC1/2: 0.714 / Χ2: 0.95 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc2_3191: ???)精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER2.8.2位相決定
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HEI

3hei


解像度: 2.033→28.949 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2132 1204 4.84 %
Rwork0.1675 --
obs0.1697 24868 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.033→28.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3032 0 15 276 3323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1714312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5371859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.033-2.11440.31561250.23842442X-RAY DIFFRACTION93
2.1144-2.21060.22611280.20062596X-RAY DIFFRACTION99
2.2106-2.32710.20621390.18052594X-RAY DIFFRACTION99
2.3271-2.47280.22871340.18452584X-RAY DIFFRACTION99
2.4728-2.66360.24671410.18092627X-RAY DIFFRACTION99
2.6636-2.93150.23581300.18292635X-RAY DIFFRACTION100
2.9315-3.35510.20911410.15882665X-RAY DIFFRACTION100
3.3551-4.2250.19141340.13382692X-RAY DIFFRACTION100
4.225-28.95150.18181320.15682829X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.10063.8895-3.98023.4982-2.74433.26580.0362-0.20080.0143-0.0672-0.1919-0.0160.09820.25320.1810.10950.0261-0.00020.17270.00690.1427-23.4699-12.192937.1397
23.08912.59470.63694.30232.04931.52230.13890.03220.31310.1312-0.03540.1275-0.6346-0.03640.03690.30230.0186-0.02520.159-0.00390.1707-24.59476.445436.0288
38.7777-0.0296-2.77186.78942.09652.2616-0.1516-0.8632-0.3280.60030.3261-0.12090.80220.3794-0.04970.31080.0527-0.00510.3310.06310.279-7.0489-29.957313.8701
45.58510.25040.84315.7226-0.54787.15320.09010.50530.1331-0.80830.06170.44740.4439-0.5092-0.18580.21770.0004-0.05390.2251-0.00450.2163-41.2498-15.82331.6328
54.8662-0.09691.08127.06310.17933.2418-0.09260.1819-0.06150.51650.2332-0.5522-0.12020.46320.03670.13840.0092-0.02430.2644-0.07690.1674-4.5061-9.627717.4631
64.42330.11371.0064.3134-0.13144.4893-0.03660.0392-0.50850.20550.04950.07830.520.0444-0.00690.2037-0.02090.02870.14510.00770.1707-12.7202-23.986613.023
71.5586-0.9666-0.54351.4898-0.42352.21520.10110.0415-0.0391-0.3707-0.0659-0.0495-0.2793-0.11160.00520.1308-0.01960.00010.150.00710.1716-11.5988-13.79455.7815
82.50190.71410.19917.82241.47560.29010.14310.43370.0559-0.283-0.27870.7431-0.5915-0.75320.03460.22590.06660.0190.3790.0170.2004-23.9147-6.688518.4879
95.0735-5.46930.51837.73190.02112.0015-0.0971-0.08970.0251-0.12320.1504-0.20550.01560.136-0.00110.1461-0.06380.02440.1244-0.00230.165-7.2007-21.28412.6665
101.8679-0.3414-0.5254.3651-0.17481.64920.0203-0.01980.1635-0.21210.0916-0.2135-0.2478-0.0402-0.10120.1912-0.02190.01140.15830.00270.1112-10.0026-8.14478.3625
116.6876-0.80930.38733.6634-3.26963.2334-0.11720.11120.115-0.40470.23870.7024-0.2535-0.44120.01330.20650.0403-0.05160.21780.08130.1401-27.9756-0.089728.5819
125.87390.94860.47313.628-0.02716.1588-0.06030.30680.0285-0.33780.09570.3330.0155-0.43760.04110.2047-0.057-0.03260.1708-0.00330.1509-35.278-13.490129.2921
132.45811.3144-0.97861.7268-0.52621.783-0.0377-0.0593-0.02470.0056-0.01380.0843-0.0180.03470.05210.10420.026-0.01310.1466-0.00240.1327-26.0467-11.207439.4268
141.33412.5281-1.01168.5528-1.17563.29480.055-0.9835-0.03040.3826-0.3135-0.62710.25910.01980.26590.16180.0672-0.03890.4138-0.01510.2244-12.4332-12.080826.8021
155.51943.4552-0.33494.7455-2.43861.94470.0330.1785-0.44380.0263-0.1569-0.3930.21420.62210.15740.1310.0637-0.03420.2853-0.0180.1524-17.619-11.363941.2117
166.24763.0872-1.70362.3696-0.95371.45030.1914-0.13940.20010.1056-0.10450.2184-0.07520.0159-0.05540.16540.0464-0.00620.1338-0.01990.2325-33.5351-6.173942.6643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 177 through 188 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 189 through 204 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 2 through 12 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 2 through 12 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 26 through 43 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 44 through 82 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 83 through 126 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 127 through 135 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 136 through 163 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 164 through 200 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 26 through 43 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 44 through 69 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 70 through 126 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 127 through 135 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 136 through 146 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 147 through 176 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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