PDB-6nkd: Crystal Structure of the Lipase Lip_vut3 from Goat Rumen metagenome.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nkd

タイトル

Crystal Structure of the Lipase Lip_vut3 from Goat Rumen metagenome.

要素

Lip_vut3, C2L

キーワード

HYDROLASE / Lipase / goat rumen metagenomics

機能・相同性

spore wall / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / 加水分解酵素 / SGNH hydrolase superfamily / sporulation resulting in formation of a cellular spore / hydrolase activity / FORMIC ACID / Spore germination lipase LipC

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kim, Y. / Welk, L. / Mukendi, G. / Nkhi, G. / Motloi, T. / Jedrzejczak, R. / Feto, N. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Lipase Lip_vut3 from Goat Rumen metagenome.
著者: Kim, Y. / Welk, L. / Jedrzejczak, R. / Feto, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2019年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nkd.cif.gz	180.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nkd.ent.gz	154.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nkd_validation.pdf.gz	471.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nkd_full_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示
XML形式データ	6nkd_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	6nkd_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6q1v-d 2ehj-d 1l1l-1 6rmc-1 4qdv-2 5osy-d 1st4-d 3bl7-d 3q1k-2 3q75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lip_vut3, C2L

B: Lip_vut3, C2L

ヘテロ分子

51.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lip_vut3, C2L

B: Lip_vut3, C2L

ヘテロ分子

A: Lip_vut3, C2L

B: Lip_vut3, C2L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.120, 93.120, 196.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lip_vut3, C2L 分子量: 25264.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65NA4

-
非ポリマー , 5種, 31分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.40 M Ammonium Sulfate, 150 mM Formate pH 4.0, 3.0 % (v/v) 2-Butanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 13353 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.2 % / B_iso Wilson estimate: 66.15 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 32.9
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 30.6 % / R_merge(I) obs: 0.879 / Num. unique obs: 654 / CC_1/2: 0.945 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→42.09 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2565	701	5.27 %
R_work	0.2198	-	-
obs	0.2218	13298	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3366	0	42	20	3428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.469	4643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.498	2103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	592

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7857-3.0008	0.3553	130	0.3005	2442	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0008-3.3027	0.3277	149	0.2688	2438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3027-3.7803	0.2751	141	0.2415	2471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7803-4.7617	0.2284	144	0.2048	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7617-42.095	0.2285	137	0.1942	2716	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0772	2.2937	-0.7998	2.9556	-1.1864	4.3505	-0.3343	-0.4191	-0.2252	0.3129	-0.1416	0.0287	1.0782	0.0068	0.4971	0.8455	0.0482	0.0301	0.4346	-0.0397	0.6383	25.96	17.1423	34.0168
2	6.0081	2.1334	3.4441	5.1611	1.9254	5.6918	0.111	0.3527	-0.4519	-1.0535	0.1292	-0.5562	1.1068	1.8814	0.0412	0.7599	0.2451	0.1785	0.9286	-0.1777	0.6313	37.3403	12.8136	19.872
3	5.0875	-2.2671	2.4352	8.4731	1.6744	3.402	0.6936	-0.2012	-0.4843	0.6102	-0.574	-0.3831	2.2782	0.5062	0.0997	1.194	0.1974	-0.0799	0.5467	-0.0406	0.7666	31.6479	6.705	27.6617
4	3.4537	0.877	0.5861	8.0054	-4.683	8.5924	-0.1613	0.5136	-1.1295	-0.5999	0.4699	-0.4372	-0.0186	0.5914	-0.4348	0.5453	-0.0597	0.1431	0.9551	-0.0575	0.5681	34.2078	28.4977	5.3879
5	6.3672	3.4692	-1.4536	3.4172	-1.8199	1.022	-0.3661	0.8311	0.2444	-0.1496	0.8416	0.2111	1.8891	0.341	-0.2859	1.6812	0.1377	0.1241	0.2971	-0.2699	0.6553	29.6633	10.0275	12.5926
6	3.4691	-0.7742	-0.6246	4.9143	-1.4044	3.415	0.2566	0.507	-0.2611	0.3082	-0.1201	0.9141	1.2143	-0.4119	-0.0386	0.8903	-0.1519	-0.1035	0.5341	-0.0741	0.5601	20.9099	16.0931	16.0047
7	4.619	-2.2448	0.4352	1.5408	-0.0225	3.1615	-0.0411	0.1132	0.0798	0.0261	0.1287	0.303	0.5084	-0.3712	-0.1273	0.4892	-0.0649	-0.007	0.3165	-0.0086	0.4846	20.118	25.6988	25.3385
8	4.6125	0.1533	-0.194	1.7522	-0.8493	2.8645	0.0477	0.4411	-0.0651	0.0653	-0.0409	-0.5038	1.1816	0.9444	-0.1075	1.1717	0.4149	-0.0439	0.69	-0.109	0.4524	39.9485	10.9593	41.3613
9	4.2096	-0.7186	0.1187	2.1621	-0.69	4.7164	-0.0227	0.3517	0.1293	-0.3235	0.23	0.0068	0.5183	0.3072	-0.1853	0.682	0.2095	-0.0675	0.4702	0.0615	0.5563	35.2608	22.0627	45.3532
10	3.2768	0.9964	0.5652	5.3216	-0.6978	7.6774	0.0533	-0.9767	0.547	0.2382	0.0956	-0.3676	-0.5089	1.2529	-0.1267	0.796	0.1477	-0.0052	1.0276	-0.0847	0.7939	61.4031	31.9925	43.6368
11	9.4492	4.6389	1.184	2.47	0.6208	4.603	-0.1188	-0.0748	0.5462	1.1613	0.27	0.1644	-0.0889	-0.0454	-0.1824	0.8142	0.2066	-0.0199	0.5503	-0.0383	0.7509	39.9836	27.5033	54.7179
12	5.1617	0.1412	-0.5512	2.358	0.5283	3.3354	-0.1891	-0.3759	-0.2766	0.4179	0.1554	-0.5398	0.9977	0.8782	-0.1589	0.8592	0.3354	-0.0539	0.7781	-0.018	0.6111	50.0081	19.0873	53.8306
13	4.3935	-0.0601	0.0969	2.8965	-0.0535	3.7054	-0.5384	0.1348	-0.3328	0.5133	0.5934	-0.5867	1.1962	1.1219	-0.0658	0.9797	0.4677	-0.0752	0.918	-0.1206	0.6198	51.3062	9.6179	44.6033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 81 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 98 through 122 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 123 through 170 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 171 through 211 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 37 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 38 through 80 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 81 through 105 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 106 through 122 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 123 through 170 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 171 through 211 )

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