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- PDB-6nip: Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nip
タイトルCrystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ1 in complex with ZIKV E glycoprotein
要素
  • Envelope protein E
  • MZ1 Heavy chain
  • MZ1 Light Chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ZIKV-DENV / Antibody / human / Vaccination / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / molecular adaptor activity / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Choe, M. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentW81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2020
タイトル: Potent Zika and dengue cross-neutralizing antibodies induced by Zika vaccination in a dengue-experienced donor.
著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / ...著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / Abbink, P. / Bai, H. / Bryan, A.L. / Bias, C.H. / Berry, I.M. / Botero, N. / Cook, T. / Doria-Rose, N.A. / Escuer, A.G.I. / Frimpong, J.A. / Geretz, A. / Hernandez, M. / Hollidge, B.S. / Jian, N. / Kabra, K. / Leggat, D.J. / Liu, J. / Pinto, A.K. / Rutvisuttinunt, W. / Setliff, I. / Tran, U. / Townsley, S. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / McDermott, A.B. / Georgiev, I.S. / Thomas, R. / Robb, M.L. / Eckels, K.H. / Barranco, E. / Koren, M. / Smith, D.R. / Jarman, R.G. / George, S.L. / Stephenson, K.E. / Barouch, D.H. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J.
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MZ1 Heavy chain
B: MZ1 Light Chain
Z: Envelope protein E
E: Envelope protein E
H: MZ1 Heavy chain
L: MZ1 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,6136
ポリマ－190,6136
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Assembly was tested by gel-filtration and native PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)417.330, 69.300, 212.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))
21(chain H and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))
12chain B
22chain L
13chain E
23chain Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNGLYGLY(chain A and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))AA1 - 1391 - 146
121LEULEUILEILE(chain A and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))AA141 - 195148 - 202
131ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))AA197 - 214204 - 221
211GLNGLNGLYGLY(chain H and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))HE1 - 1391 - 146
221LEULEUILEILE(chain H and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))HE141 - 195148 - 202
231ASNASNLYSLYS(chain H and (resid 1 through 139 or resid 141 through 195 or resid 197 through 214))HE197 - 214204 - 221
112GLNGLNTHRTHRchain BBB1 - 2101 - 214
212GLNGLNTHRTHRchain LLF1 - 2101 - 214
113ILEILESERSERchain EED1 - 4031 - 403
213ILEILESERSERchain ZZC1 - 4031 - 403

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 MZ1 Heavy chain


分子量: 23927.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV4-59*08 / 詳細 (発現宿主): pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 MZ1 Light Chain


分子量: 22981.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV1-44*01 / 詳細 (発現宿主): pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 48397.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 / 詳細 (発現宿主): pMT-BiP / 細胞株 (発現宿主): DS2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A024B7W1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.36 % / 解説: Plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.06 M MgCl2, 0.1M Imidazole MES monohydrate (pH 6.5), 20% Ethylene glycol and 10% PEG 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→50 Å / Num. obs: 32942 / % possible obs: 75.6 % / 冗長度: 2.4 % / Rpim(I) all: 0.19 / Rsym value: 0.27 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 4.1→4.25 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 3339 / Rpim(I) all: 0.56 / Rsym value: 0.78 / % possible all: 77.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MTX, 5IRE

6mtx

5ire


解像度: 4.16→14.987 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1422 5 %
Rwork0.1876 --
obs0.1901 28430 70.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 289.3 Å2 / Biso min: 21.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.16→14.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12608 0 0 0 12608
残基数----1667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6817624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.667764
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1960X-RAY DIFFRACTION7.87TORSIONAL
12H1960X-RAY DIFFRACTION7.87TORSIONAL
21B1948X-RAY DIFFRACTION7.87TORSIONAL
22L1948X-RAY DIFFRACTION7.87TORSIONAL
31E3739X-RAY DIFFRACTION7.87TORSIONAL
32Z3739X-RAY DIFFRACTION7.87TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
4.16-4.20850.18751480.1343279870
4.2085-4.35530.27107203853
4.3553-4.52510.2882132251066
4.5251-4.72490.2629139264269
4.7249-4.96540.2212148281073
4.9654-5.26380.23791460.1852277973
5.2638-5.64990.2248149282473
5.6499-6.1820.2385146277772
6.182-6.99570.2914154291875
6.9957-8.5340.20191530.1591291275
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2679-0.73131.42673.0059-1.00731.5972-0.1576-0.73280.15031.0003-0.1082-0.4512-0.237-0.03170.14190.6862-0.21410.2770.6075-0.07950.709872.549-13.86319.543
28.57131.9792-6.82660.4935-1.61555.44510.2263-0.6329-0.880.4913-1.10280.94840.5303-0.27880.23760.2388-0.23530.14040.9587-0.16281.118165.144-14.369.502
33.3727-0.3824-0.5691.0573-1.51722.8657-0.1632-0.5694-1.414-0.0217-0.24790.69631.0096-0.170.43850.5482-0.30780.22040.7343-0.07491.050767.828-20.36116.12
44.4065-4.5905-0.56914.7780.15851.4503-0.0799-0.4263-1.34740.7793-0.32850.601-0.2225-0.04160.18670.3814-0.3129-0.05480.6061-0.02560.82570.741-7.79418.207
51.9138-0.3442-0.061.07160.96421.5280.1739-0.14210.28630.16620.0710.22370.33990.3848-0.1340.4239-0.07690.08020.3861-0.06820.6671104.072-12.9175.98
61.1959-0.62730.19681.31410.09472.53210.1187-0.1115-0.1832-0.3705-0.10560.210.78410.34670.13650.47340.00580.06290.26130.12670.9414113.83-13.3171.806
73.48161.1485-1.06742.5045-0.64831.920.2706-0.1310.12330.27780.1817-0.0653-0.1762-0.5168-0.42590.5132-0.02420.10320.481-0.12580.51276.4398.15615.999
81.72620.7075-0.21880.29120.2951.40250.49970.17660.3035-0.0164-0.50170.15880.2834-0.27780.02330.4142-0.0383-0.00790.3013-0.0890.867490.455-0.9414.955
91.9138-0.692-0.24492.85130.60051.72840.2355-0.2243-0.088-0.46310.44150.5701-0.2957-0.23881.31010.14370.19990.55390.0717-0.27060.960594.883-4.6080.369
101.8514-0.33-0.62274.36993.60815.12120.824-0.1796-0.0434-0.38850.14760.3847-1.03040.23940.06010.41060.2240.25080.0705-0.48330.667795.3023.11-5.74
113.06141.59180.25453.19520.37742.554-1.03760.23220.4968-0.59010.5367-0.0896-0.1540.330.34970.7237-0.1932-0.12040.6760.01520.5851-30.682-14.965-33.284
122.11950.37650.6785-0.02420.2772-0.0064-0.4010.65990.2807-0.12840.65610.14760.22480.532-0.20551.2211-0.2985-0.47331.3556-0.03911.28562.7763.749-26.86
131.8334-0.17050.25620.72180.0334-0.0343-0.423-0.31190.57710.00330.199-0.1336-0.29290.19750.11560.7301-0.201-0.03331.1939-0.02950.7148-16.675-7.051-30.851
142.10290.86410.5261.4541-0.30553.47290.72360.1911-0.897-0.17620.2338-0.01440.45820.1538-0.50670.7646-0.2513-0.24770.81010.38010.6961-41.96-38.952-42.955
151.73940.69550.59722.8251-0.44231.3729-0.18950.3797-0.4298-0.01890.42750.35660.01850.2703-0.3380.4234-0.0651-0.0141.1392-0.41921.028733.053-5.1885.326
160.99960.9760.1020.913-0.0547-0.0217-0.91750.60390.3885-0.55830.9184-0.2636-0.07970.3471-0.02270.7912-0.1942-0.10181.6403-0.12391.3879-3.377-31.766-33.06
172.2373-0.97991.97620.7852-0.06293.441-0.99771.14760.5288-1.78160.04870.1941-0.44770.63050.68371.1057-0.3056-0.06261.1933-0.27641.278142.234-5.884-1.797
181.41340.46611.09860.1130.44760.88410.48460.2286-0.96490.27190.1349-0.00650.4618-0.4373-0.28690.9066-0.25530.04731.3099-0.04731.414416.402-19.377-11.333
191.01430.82040.26040.8739-0.54091.3316-0.0909-0.09470.5283-0.24690.2230.38970.1011-0.2227-0.15590.84740.12540.1381.2794-0.35641.289221.916-10.71-8.018
203.51210.30370.26932.63870.68662.51-0.6117-0.22220.47570.0619-0.14580.1375-0.246-0.23230.69130.5026-0.0085-0.03390.8892-0.20080.566347.53516.72411.858
211.4982-1.78090.90793.0946-0.47051.62370.2814-0.7257-0.19820.38690.30470.6499-0.735-0.7131.11991.127-0.23770.10090.84940.0098-0.0349-63.188-6.075-60.306
221.265-0.79980.74821.26510.53441.91160.3526-0.9530.55241.0235-0.1804-0.1527-0.62820.45150.31091.1801-0.37210.14081.0174-0.09420.048-55.047-2.046-58.224
232.3537-1.61662.33931.8236-1.16643.6447-0.219-0.7192-0.28060.91370.1635-0.0178-0.4759-0.9193-0.15420.5935-0.1298-0.0610.875-0.06730.3628-60.806-11.536-59.947
240.84311.1176-0.16791.3187-0.15912.6746-0.4846-0.11990.1909-0.444-0.56820.1348-0.481-0.1752-0.63990.7264-0.2073-0.20.51570.02260.0406-65.23-6.913-95.325
255.1926-1.1397-0.02587.06683.78933.42790.50640.33490.5237-0.2689-0.5410.7714-0.6169-0.0983-0.17210.6015-0.1818-0.17230.26730.01590.7457-72.284-2.855-95.157
263.9721-1.36712.66293.2991-0.90736.3904-0.09540.77110.0518-1.0124-0.1639-0.22660.60380.52140.29370.5025-0.17790.23330.5067-0.07490.4597-69.102-8.945-92.081
273.05370.1889-0.7743.5175-0.67921.72040.36360.3730.0162-1.1952-0.08870.0156-0.6465-0.33-0.42840.538-0.0456-0.05650.3453-0.070.3726-69.307-6.152-104.906
281.6649-0.4110.66062.89231.34532.77380.0410.10780.14560.09110.15830.14530.65130.4643-0.26420.6573-0.085-0.15220.56870.02870.4716-60.473-27.201-65.421
292.57980.19790.16631.7222-0.83813.39110.2183-0.08490.06740.12690.14470.57230.2828-0.1641-0.24090.5058-0.0363-0.11980.233-0.04610.3765-61.334-20.426-80.394
302.374-0.32820.68940.9731-0.31532.6668-0.22830.09640.3050.20320.4173-0.1830.79350.90330.37050.9967-0.1517-0.15320.07230.2390.4233-57.016-18.512-90.196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:51 )A1 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 52:63 )A52 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 64:82 )A64 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 83:106 )A83 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 107:177 )A107 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 178:214 )A178 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:83 )B1 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 84:150 )B84 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 151:188 )B151 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 189:210 )B189 - 210
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN Z AND RESID 1:60 )Z1 - 60
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN Z AND RESID 61:163 )Z61 - 163
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN Z AND RESID 164:316 )Z164 - 316
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN Z AND RESID 317:403 )Z317 - 403
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN E AND RESID 1:60 )E1 - 60
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 61:129 )E61 - 129
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 130:170 )E130 - 170
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 171:257 )E171 - 257
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 258:294 )E258 - 294
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 295:403 )E295 - 403
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN H AND RESID 1:51 )H1 - 51
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN H AND RESID 52:82 )H52 - 82
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN H AND RESID 83:106 )H83 - 106
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN H AND RESID 107:143 )H107 - 143
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN H AND RESID 144:157 )H144 - 157
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN H AND RESID 158:177 )H158 - 177
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN H AND RESID 178:214 )H178 - 214
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN L AND RESID 1:69 )L1 - 69
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN L AND RESID 70:140 )L70 - 140
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN L AND RESID 141:210 )L141 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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