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- PDB-6nis: Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nis
タイトルCrystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ24 isolated following ZPIV vaccination
要素
  • MZ24 antibody heavy chain
  • MZ24 antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ZIKV-DENV / Antibody / human / Vaccination / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.113 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Choe, M. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentW81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Nat Med / 年: 2020
タイトル: Potent Zika and dengue cross-neutralizing antibodies induced by Zika vaccination in a dengue-experienced donor.
著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / ...著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / Abbink, P. / Bai, H. / Bryan, A.L. / Bias, C.H. / Berry, I.M. / Botero, N. / Cook, T. / Doria-Rose, N.A. / Escuer, A.G.I. / Frimpong, J.A. / Geretz, A. / Hernandez, M. / Hollidge, B.S. / Jian, N. / Kabra, K. / Leggat, D.J. / Liu, J. / Pinto, A.K. / Rutvisuttinunt, W. / Setliff, I. / Tran, U. / Townsley, S. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / McDermott, A.B. / Georgiev, I.S. / Thomas, R. / Robb, M.L. / Eckels, K.H. / Barranco, E. / Koren, M. / Smith, D.R. / Jarman, R.G. / George, S.L. / Stephenson, K.E. / Barouch, D.H. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J.
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年4月7日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_redundancy
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MZ24 antibody heavy chain
L: MZ24 antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,27312
ポリマ－46,8052
非ポリマー46810
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel-filtration and native PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.850, 66.667, 134.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 MZ24 antibody heavy chain


分子量: 23876.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV4-59*08 / 詳細 (発現宿主): pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 MZ24 antibody light chain


分子量: 22928.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV1-44*01 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 % / 解説: Rod shape
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M Citric acid/NaOH (pH 4.0), 1M LiCl and 20% PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→28.8 Å / Num. obs: 35154 / % possible obs: 99.7 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.11→2.12 Å / Num. unique obs: 5276 / Rsym value: 0.677

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MTX

6mtx


解像度: 2.113→14.984 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 1668 4.99 %
Rwork0.1647 --
obs0.1665 33454 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.113→14.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 20 357 3648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7674613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3932021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.113-2.1750.25621330.22122553X-RAY DIFFRACTION98
2.175-2.2450.24611360.20932615X-RAY DIFFRACTION100
2.245-2.3250.29951400.20322607X-RAY DIFFRACTION100
2.325-2.41770.23851340.20842604X-RAY DIFFRACTION100
2.4177-2.52720.26151410.20352639X-RAY DIFFRACTION100
2.5272-2.65980.22971390.19642643X-RAY DIFFRACTION100
2.6598-2.82540.2451370.18362627X-RAY DIFFRACTION100
2.8254-3.04190.19661390.17772662X-RAY DIFFRACTION100
3.0419-3.34490.19981360.16492652X-RAY DIFFRACTION100
3.3449-3.82190.18651440.14712659X-RAY DIFFRACTION100
3.8219-4.78890.16461440.12882712X-RAY DIFFRACTION100
4.7889-14.98430.16911450.1512813X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.32620.7172-0.20283.2603-0.64494.7845-0.19450.19250.6199-0.34640.17820.444-0.1565-0.48990.02160.24250.0198-0.05090.25050.02350.364341.658524.816359.1475
20.4756-0.3527-0.23210.69290.41241.18610.0345-0.0027-0.0811-0.0921-0.0460.1165-0.0047-0.17310.01070.2708-0.0194-0.02290.2586-0.00090.312953.593115.630141.7808
32.3856-0.2123-1.67772.2182-0.41913.4384-0.32160.1157-0.2734-0.29980.1113-0.20470.57050.02840.16550.3223-0.01970.0930.2882-0.02410.299242.28412.627965.7689
42.5378-1.9464-4.21631.62133.01888.3453-0.1948-0.03730.0340.29770.05660.08250.5317-0.22450.1950.22-0.07150.02290.2753-0.03530.338252.6933.136758.3239
52.42510.4347-0.59337.4594-1.21843.88420.0563-0.09660.05910.308-0.0477-0.4879-0.04940.247-0.02260.22560.0002-0.02310.194-0.03930.261871.65274.704136.0753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 77 through 216 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 1 through 93 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 94 through 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 119 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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