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- PDB-6mtx: Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtx
タイトルCrystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ1 isolated following ZPIV vaccination
要素
  • MZ1 Heavy Chain
  • MZ1 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Vaccination
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Choe, M. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Nat Med / : 2020
タイトル: Potent Zika and dengue cross-neutralizing antibodies induced by Zika vaccination in a dengue-experienced donor.
著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / ...著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / Abbink, P. / Bai, H. / Bryan, A.L. / Bias, C.H. / Berry, I.M. / Botero, N. / Cook, T. / Doria-Rose, N.A. / Escuer, A.G.I. / Frimpong, J.A. / Geretz, A. / Hernandez, M. / Hollidge, B.S. / Jian, N. / Kabra, K. / Leggat, D.J. / Liu, J. / Pinto, A.K. / Rutvisuttinunt, W. / Setliff, I. / Tran, U. / Townsley, S. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / McDermott, A.B. / Georgiev, I.S. / Thomas, R. / Robb, M.L. / Eckels, K.H. / Barranco, E. / Koren, M. / Smith, D.R. / Jarman, R.G. / George, S.L. / Stephenson, K.E. / Barouch, D.H. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年9月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / reflns_shell
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _reflns_shell.d_res_low
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MZ1 Heavy Chain
L: MZ1 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0934
ポリマ-46,9092
非ポリマー1842
5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Heavy and light chain of the Fab come together to form a heterodimer.
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.773, 66.806, 138.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 MZ1 Heavy Chain


分子量: 23927.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV4-59*08 / 詳細 (発現宿主): pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 MZ1 Light Chain


分子量: 22981.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV1-44*01 / 詳細 (発現宿主): pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 35548 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.22 / Rsym value: 0.2 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 3263 / Rpim(I) all: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UTA
解像度: 2.051→19.975 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 1544 5 %
Rwork0.1755 29325 -
obs0.1772 30869 87.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 151.63 Å2 / Biso mean: 36.3243 Å2 / Biso min: 11.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.051→19.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3236 0 28 289 3553
Biso mean--47 39.49 -
残基数----433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073343
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8894568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7621999
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.051-2.11690.32273361120
2.1169-2.19250.264397183761
2.1925-2.28010.2369134256985
2.2801-2.38370.2292153289395
2.3837-2.50920.2419156298098
2.5092-2.66610.22391593011100
2.6661-2.87130.20241593033100
2.8713-3.15930.21991613049100
3.1593-3.61410.18821613053100
3.6141-4.54450.15421630.1467309399
4.54450.2393168319698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9567-0.8392-1.91931.57390.16782.9009-0.1329-0.6148-0.14530.23220.0793-0.1140.17310.31540.01970.1689-0.0397-0.00610.23690.06430.1703-5.4177-15.972373.2483
24.28111.242-0.44283.2471-1.2321.2816-0.0529-0.0623-0.0206-0.23050.05430.10170.2626-0.08210.0850.08640.0292-0.00570.1830.04430.1821-13.1704-12.952767.7014
31.1620.2647-1.19531.21640.21181.6047-0.0143-0.2269-0.2430.1594-0.09120.04450.0177-0.07140.08760.1106-0.009-0.0160.23310.06890.1825-9.2203-18.608467.6487
43.5168-0.9892-0.81983.14161.31823.3466-0.0481-1.09890.4830.75610.05380.3398-0.090.22530.12640.3561-0.07250.03710.343-0.00570.4096-12.0863-3.343477.2396
51.6781-0.4107-0.07550.7502-0.21592.4720.1770.15070.1608-0.12730.097-0.0898-0.10.0398-0.20490.18690.00120.01840.1134-0.00490.20234.9666-12.293937.7087
62.37370.8555-1.89283.6572-0.85933.66870.2810.33370.1576-0.4971-0.11560.05230.1510.071-0.06820.18980.0520.01190.1592-0.03020.21678.0784-16.338228.6056
76.622-0.8554-0.51770.7144-0.42664.6948-0.0499-0.08820.22750.04850.15120.0859-0.216-0.18350.01610.3020.0092-0.00410.11090.02010.1467-5.82868.99858.828
81.75730.719-1.01731.9804-1.01882.30690.1026-0.29880.12440.3061-0.02670.083-0.40270.0596-0.06010.20510.00070.0240.2064-0.01430.1747-7.46264.812465.447
91.86890.93421.3063.66450.96542.9326-0.00020.0183-0.0014-0.0597-0.07420.05910.0282-0.07210.03910.133-0.00290.03660.10070.01790.1486-6.53-3.461139.3845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 39 )H1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 40 through 59 )H40 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 60 through 95 )H60 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 96 through 106 )H96 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 107 through 188 )H107 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 189 through 214 )H189 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 24 )L1 - 24
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 25 through 114 )L25 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 115 through 210 )L115 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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