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- PDB-6mtx: Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mtx | ||||||
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Title | Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ1 isolated following ZPIV vaccination | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Vaccination | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Choe, M. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Potent Zika and dengue cross-neutralizing antibodies induced by Zika vaccination in a dengue-experienced donor. Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / ...Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Gromowski, G.D. / Donofrio, G. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Zaky, W. / Mendez-Rivera, L. / Choe, M. / Davidson, E. / McCracken, M.K. / Brien, J.D. / Abbink, P. / Bai, H. / Bryan, A.L. / Bias, C.H. / Berry, I.M. / Botero, N. / Cook, T. / Doria-Rose, N.A. / Escuer, A.G.I. / Frimpong, J.A. / Geretz, A. / Hernandez, M. / Hollidge, B.S. / Jian, N. / Kabra, K. / Leggat, D.J. / Liu, J. / Pinto, A.K. / Rutvisuttinunt, W. / Setliff, I. / Tran, U. / Townsley, S. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / McDermott, A.B. / Georgiev, I.S. / Thomas, R. / Robb, M.L. / Eckels, K.H. / Barranco, E. / Koren, M. / Smith, D.R. / Jarman, R.G. / George, S.L. / Stephenson, K.E. / Barouch, D.H. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 208 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 439.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6mtyC ![]() 6nipC ![]() 6nisC ![]() 6niuC ![]() 4utaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23927.770 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
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#2: Antibody | Mass: 22981.408 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 25% (w/v) polyethylene glycol 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 1, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 35548 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.22 / Rsym value: 0.2 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 3263 / Rpim(I) all: 0.54 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4UTA Resolution: 2.051→19.975 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 151.63 Å2 / Biso mean: 36.3243 Å2 / Biso min: 11.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.051→19.975 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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