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万見
- PDB-6nii: Crystal structure of RavD (residues 1-200) from Legionella pneumo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nii
タイトルCrystal structure of RavD (residues 1-200) from Legionella pneumophila (strain Corby)
要素Uncharacterized protein RavD
キーワードHYDROLASE / Deubiquitinase / Bacterial effector
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wang, X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
資金援助 中国, 英国, 7件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81530068 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81322024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31370722 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81561130162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81501717 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
Royal SocietyNA140239 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: A bacterial effector deubiquitinase specifically hydrolyses linear ubiquitin chains to inhibit host inflammatory signalling.
著者: Wan, M. / Wang, X. / Huang, C. / Xu, D. / Wang, Z. / Zhou, Y. / Zhu, Y.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Uncharacterized protein RavD
A: Uncharacterized protein RavD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4752
ポリマ－45,4752
非ポリマー00
水1,74797
1
B: Uncharacterized protein RavD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7371
ポリマ－22,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uncharacterized protein RavD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7371
ポリマ－22,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Uncharacterized protein RavD
A: Uncharacterized protein RavD

B: Uncharacterized protein RavD
A: Uncharacterized protein RavD

B: Uncharacterized protein RavD
A: Uncharacterized protein RavD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,4256
ポリマ－136,4256
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area43040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.335, 142.335, 55.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein RavD


分子量: 22737.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Corby / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M MMT (Malic Acid, MES and TRIS (1:2:2 Molar Ratio), pH 4.5 adjusted with HCl), 0.2 M ammonium chloride, 15% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50.01 Å / Num. obs: 22916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.056 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.197.20.80311290.8350.3130.8630.45799.8
2.19-2.237.80.83111420.8960.3130.8890.48499.9
2.23-2.2780.60711200.8860.2240.6470.549100
2.27-2.328.20.7912140.9120.290.8420.496100
2.32-2.378.40.48811240.9460.1770.5190.51100
2.37-2.428.40.42711620.9570.1560.4550.554100
2.42-2.4880.36311130.9690.1360.3880.582100
2.48-2.558.20.30411780.9740.1120.3240.65100
2.55-2.628.90.26811190.9760.0950.2850.648100
2.62-2.718.90.23711580.9830.0840.2520.708100
2.71-2.818.90.19311370.9850.0690.2050.776100
2.81-2.928.90.16511810.9880.0590.1750.893100
2.92-3.058.70.1410980.9880.0510.1491.015100
3.05-3.218.10.12211680.9890.0460.1311.251100
3.21-3.418.40.10811400.9920.040.1151.527100
3.41-3.689.10.10211680.9930.0360.1091.739100
3.68-4.058.80.08911400.9940.0320.0951.925100
4.05-4.638.20.07911290.9950.030.0852.178100
4.63-5.838.40.07511460.9950.0280.081.995100
5.83-508.30.07211500.9960.0270.0771.98699.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000715.5データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000715.5データ削減
PHENIX1.14-3228位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NJD

6njd


解像度: 2.15→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 12.058 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.184
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2321 1218 5.4 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.197 21459 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.05 Å2 / Biso mean: 53.159 Å2 / Biso min: 24.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0.57 Å20 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---3.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 0 97 2804
Biso mean---48.74 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.9263747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89635875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5185341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.36125.115131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67215450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.407156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02672
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 107 -
Rwork0.277 1570 -
all-1677 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82430.2977-0.27061.5496-0.01810.1384-0.1225-0.1158-0.4576-0.1246-0.0234-0.2941-0.0064-0.01360.14590.09620.04650.07870.08920.06320.30366.9643-25.6726-10.5383
21.1124-0.358-0.08970.65990.18670.28920.04540.0088-0-0.0815-0.007-0.206-0.05390.0598-0.03830.04330.02420.05940.11770.00930.14725.0702-7.9641-21.7289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B13 - 195
2X-RAY DIFFRACTION2A13 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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