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- PDB-6nig: Crystal structure of the human TLR2-Diprovocim complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nig
タイトルCrystal structure of the human TLR2-Diprovocim complex
要素Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM/AGONIST / Toll-like receptors / innate immune agonist / IMMUNE SYSTEM-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / negative regulation of synapse assembly ...Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / negative regulation of synapse assembly / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / lipopolysaccharide immune receptor activity / toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / positive regulation of interleukin-18 production / I-kappaB phosphorylation / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / Toll-like receptor binding / central nervous system myelin formation / leukotriene metabolic process / Regulation of TLR by endogenous ligand / response to fatty acid / peptidoglycan binding / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / microglia development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / negative regulation of phagocytosis / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / nitric oxide metabolic process / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / RSV-host interactions / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / secretory granule membrane / learning / cell projection / positive regulation of interleukin-8 production / response to progesterone / lipopolysaccharide binding / microglial cell activation / response to insulin / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / Modulation by Mtb of host immune system / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / ER-Phagosome pathway / cell body / defense response to virus / receptor complex / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / Golgi apparatus / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KQD / Toll-like receptor 2 / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eptatretus stoutii (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Zhang, H. / Beutler, B.A. / Tomchick, D.R. / Su, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of TLR2/TLR1 Activation by the Synthetic Agonist Diprovocim.
著者: Su, L. / Wang, Y. / Wang, J. / Mifune, Y. / Morin, M.D. / Jones, B.T. / Moresco, E.M.Y. / Boger, D.L. / Beutler, B. / Zhang, H.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
B: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
C: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
D: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,43521
ポリマ－261,1114
非ポリマー7,32517
水68538
1
A: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
B: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,55012
ポリマ－130,5552
非ポリマー3,99410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area49840 Å2
手法PISA
2
C: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
D: Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8869
ポリマ－130,5552
非ポリマー3,3317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area49370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.098, 201.252, 109.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B / Toll/interleukin-1 receptor-like protein 4


分子量: 65277.645 Da / 分子数: 4
断片: TLR (UNP residues 1-507) + linker + VLR (UNP residues 181-248)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Eptatretus stoutii (魚類)
遺伝子: TLR2, TIL4, VLRB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60603, UniProt: Q2YE02
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-KQD / (3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} / Diprovocim


分子量: 909.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C56H56N6O6
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 0.1 M imidazole, pH 7.5, 18% PEG1900 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 118654 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 66.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.464 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 506871
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.80.74549630.7550.3760.8390.45979.2
2.34-2.383.80.70354330.7580.3620.7960.46786.4
2.38-2.433.90.60256360.8160.3140.6830.46789.9
2.43-2.483.90.54858440.8280.2890.6230.4894.5
2.48-2.533.80.47358930.8720.2580.5420.48793.5
2.53-2.594.10.42757970.9010.2240.4850.51493.8
2.59-2.664.40.32960900.9380.1660.370.55597.4
2.66-2.734.40.26461400.9590.1330.2970.6197.7
2.73-2.814.40.21561000.9710.1090.2420.68197.7
2.81-2.94.40.17461160.9810.0880.1960.79897.4
2.9-34.30.15860830.9810.0810.1780.88997.2
3-3.124.10.13959010.9810.0750.1591.03794.4
3.12-3.264.50.11360780.9890.0560.1261.41697.5
3.26-3.444.60.09561600.9920.0460.1061.89498.1
3.44-3.654.60.08561170.9940.0420.0952.38997.3
3.65-3.934.50.07461010.9950.0360.0822.88297.8
3.93-4.334.30.06759390.9950.0340.0763.11994.8
4.33-4.954.60.06161320.9960.030.0683.15197.6
4.95-6.244.40.05760220.9960.0280.0642.90495.7
6.24-504.60.04361090.9980.0220.0492.50395.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z7X

2z7x


解像度: 2.35→37.761 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 3364 3 %
Rwork0.2098 108592 -
obs0.2105 111956 94.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 263.33 Å2 / Biso mean: 93.801 Å2 / Biso min: 42.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→37.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17383 0 950 38 18371
Biso mean--82.89 59.17 -
残基数----2186
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3499-2.38350.35311360.31593819395581
2.3835-2.41910.33851470.30314025417286
2.4191-2.45690.3311340.29384289442389
2.4569-2.49710.3291350.29454371450693
2.4971-2.54020.33091430.28884366450990
2.5402-2.58640.281470.27094426457394
2.5864-2.63610.30571400.27484666480697
2.6361-2.68990.31531230.26154642476598
2.6899-2.74840.31731340.26454693482797
2.7484-2.81230.27381550.26274612476798
2.8123-2.88260.30561300.25834668479897
2.8826-2.96050.31541530.26894639479298
2.9605-3.04760.27541310.2754607473896
3.0476-3.14590.32031200.27144432455292
3.1459-3.25830.30831390.26734684482399
3.2583-3.38870.26791460.25984699484598
3.3887-3.54280.28931520.23874652480498
3.5428-3.72940.24091740.20934619479398
3.7294-3.96280.20371460.19124645479197
3.9628-4.26840.17861240.18194510463494
4.2684-4.69720.21861410.16324700484198
4.6972-5.37530.20861350.1624682481798
5.3753-6.76590.21751260.19764583470995
6.7659-37.76550.18121530.18014563471694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9351-0.87720.29584.0754-1.94613.66830.02370.1976-0.0188-0.46230.04290.1110.3508-0.5025-0.09020.5808-0.146-0.00320.59440.00420.5182-3.975220.018560.7457
28.22311.0372-4.40870.71390.45476.746-0.6816-0.0945-0.6712-0.13740.1492-0.231.35360.26050.46940.80920.04240.00340.543-0.0390.69238.32026.687384.1145
33.50712.8985-0.5364.61510.37434.2065-0.1081-0.28410.07250.12980.1898-0.10970.5860.3717-0.05620.49550.0964-0.01690.526-0.06880.524613.038416.428994.2743
41.46970.1276-0.22454.9246-2.40554.37820.01850.22640.2058-0.0686-0.0417-0.3992-0.25370.43270.04450.2937-0.0483-0.04390.6632-0.11360.764223.970246.275489.8048
51.5768-0.01190.26182.44051.44114.96320.0696-0.46180.30560.55250.4622-0.52450.37160.7549-0.51740.82940.3046-0.11241.005-0.1460.826415.534116.7219148.0206
63.8312-1.34490.35453.5465-1.45694.23140.12610.065-0.31720.07960.1322-0.01560.7888-0.0467-0.20.64720.0405-0.09580.4646-0.00540.5086-0.13819.3099117.4438
71.450.49460.40266.05112.27784.0191-0.068-0.3370.3049-0.0134-0.09690.3758-0.3772-0.30220.20340.36560.0731-0.0190.637-0.00260.5926-12.666644.2873117.1789
82.4383-0.5707-0.86482.68071.12043.6350.22350.3844-0.08-0.61120.0559-0.4036-0.2550.4743-0.28051.0315-0.24020.18560.7935-0.05510.701122.227678.535962.1537
93.98571.8845-0.21543.9683-1.80194.2941-0.00040.05520.5132-0.22260.17840.0938-0.73760.1365-0.16620.7458-0.0970.06520.4697-0.02590.54334.24888.581888.4363
100.8170.1952-0.15935.86032.22954.1902-0.10320.1513-0.0648-0.06750.06130.10730.3725-0.18050.0680.3533-0.12730.01730.58740.08120.5055-10.402654.393189.5439
111.30471.0066-0.84745.2657-1.85542.43960.0293-0.13890.07980.55270.02860.223-0.0896-0.1394-0.07820.73230.12250.05450.5984-0.00710.5543-11.979473.6134147.5858
127.7286-0.63092.22015.798-0.73787.3098-0.0356-0.24860.5180.50270.1059-0.1937-0.8228-0.0272-0.03460.57050.05740.06250.483-0.04250.52543.753989.4354128.0948
130.7625-0.89810.04333.867-0.22631.9874-0.1192-0.0491-0.15840.05190.262-0.32460.11180.3357-0.11150.354-0.0031-0.01610.7308-0.140.692118.545659.2734118.6096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 275 )A27 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 276 through 315 )A276 - 315
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 316 through 401 )A316 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 402 through 575 )A402 - 575
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 27 through 240 )B27 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 241 through 390 )B241 - 390
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 391 through 575 )B391 - 575
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 27 through 240 )C27 - 240
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 241 through 366 )C241 - 366
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 367 through 575 )C367 - 575
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 27 through 240 )D27 - 240
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 241 through 315 )D241 - 315
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 316 through 575 )D316 - 575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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