PDB-6ni1: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class A penP from Bacillu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ni1

タイトル

Crystal Structure of the Beta Lactamase Class A penP from Bacillus subtilis

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta lactamase class A / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class A penP from Bacillus subtilis
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年12月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ni1.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ni1.ent.gz	182.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ni1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ni1_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ni1_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	6ni1_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	6ni1_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6ni1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6ni1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qhyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4znl-2 6eci-5 2e3p-1 5iaj-d 2aa2-d 5hx9-d 6bfk-1 6jw9-2 4hv7-d 6bfk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07475

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

60.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.849, 87.849, 149.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30101.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 遺伝子: penP, S101441_02191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y0WMN3, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M magnesium formate 15 %(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 51645 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 2555 / CC_1/2: 0.825 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 3QHY

3qhy

解像度: 1.9→43.924 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1908	2505	4.86 %
R_work	0.1558	-	-
obs	0.1575	51584	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.924 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4146	0	31	319	4496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.926	5774
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.641	2603
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	667
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	743

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8944-1.9308	0.2342	110	0.1971	2466	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9308-1.9702	0.237	136	0.1871	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9702-2.0131	0.2175	153	0.1731	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0131-2.0599	0.2171	153	0.1701	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0599-2.1114	0.172	144	0.1543	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1114-2.1685	0.1788	145	0.1483	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1685-2.2323	0.1818	148	0.1499	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2323-2.3044	0.1985	163	0.1496	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3044-2.3867	0.1719	103	0.1494	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3867-2.4823	0.1932	151	0.1491	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4823-2.5952	0.1928	131	0.1513	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5952-2.732	0.2082	137	0.1621	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.732-2.9032	0.2078	134	0.168	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9032-3.1273	0.21	129	0.1773	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1273-3.4419	0.1992	127	0.1688	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4419-3.9396	0.1656	154	0.1553	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9396-4.9624	0.1807	130	0.1348	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9624-43.9363	0.1889	157	0.1498	2753	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7654	-0.0894	0.4394	4.2884	-0.787	4.0094	0.0592	-1.1213	-0.4914	1.1066	-0.0028	0.1354	-0.1999	-0.2728	-0.0219	0.467	-0.0257	0.0202	0.6207	0.0214	0.36	-16.2968	33.0272	-29.2417
2	2.4649	0.2917	0.7398	1.5167	0.1637	1.5295	-0.0367	0.2958	-0.1402	-0.2212	0.042	-0.1674	0.0178	0.2606	0.02	0.2344	0.0068	-0.0033	0.2669	-0.025	0.2371	-2.5733	29.9789	-54.083
3	2.8286	0.4128	0.9396	0.8392	0.3117	0.8871	-0.1897	-0.0837	0.4714	0.027	-0.0363	0.0908	-0.2042	-0.173	0.2213	0.254	0.0248	-0.0479	0.2674	-0.0284	0.3076	-11.0512	36.1548	-44.5522
4	3.5428	-0.8104	1.832	3.5433	-1.5408	7.5078	-0.1777	-0.6308	0.2759	0.5631	0	-0.0651	-0.3283	0.2151	0.1953	0.3203	0.0223	-0.0296	0.3808	-0.0794	0.3023	-8.6347	39.1321	-35.5716
5	1.9881	0.3469	0.1502	2.4553	0.2716	1.4464	-0.1202	0.4379	0.1038	-0.6644	0.0725	-0.1055	-0.2182	0.0873	0.0066	0.3584	-0.0306	0.0122	0.2809	0.0037	0.2608	-22.4462	24.8558	-16.6516
6	1.3408	0.3709	0.0597	2.8842	0.0431	2.5575	0.1177	-0.4389	-0.0908	0.5549	-0.0686	0.0158	0.1866	-0.0858	-0.0077	0.3394	-0.04	-0.0196	0.3931	0.0268	0.3003	-28.9393	10.0517	14.3506
7	1.1034	0.2536	0.3995	1.0838	-0.0974	1.4132	0.0503	-0.1202	-0.0848	0.0379	-0.0402	-0.0839	0.0488	-0.1123	-0.0142	0.201	0.0008	-0.0029	0.2323	-0.019	0.2285	-26.0223	16.1612	0.0661
8	2.4717	-0.1804	-0.054	4.0706	2.0538	5.5473	-0.0463	0.3035	0.166	-0.5201	-0.0628	0.2066	-0.0893	-0.2429	0.0755	0.2921	0.0076	-0.0402	0.2782	0.0069	0.2753	-32.8331	24.7316	-14.4385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 267 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 268 through 290 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 291 through 306 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 38 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 135 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 136 through 290 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 291 through 306 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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