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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nh3 | ||||||
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タイトル | Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with (S)-6-(3-fluoro-5-(2-(pyrrolidin-2-yl)ethyl)phenethyl)-4-methylpyridin-2-amine | ||||||
![]() | Endothelial nitric oxide synthase splice variant eNOS13A | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor complex heme enzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / smooth muscle hyperplasia / response to fluid shear stress / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of guanylate cyclase activity / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / aortic valve morphogenesis / arginine binding / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / cadmium ion binding / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / actin monomer binding / negative regulation of platelet activation / endothelial cell migration / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / blood vessel remodeling / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / eNOS activation / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of sodium ion transport / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / removal of superoxide radicals / blood vessel diameter maintenance / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to hormone / cell redox homeostasis / mitochondrion organization / caveola / establishment of localization in cell / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / lung development / potassium ion transport / regulation of blood pressure / vasodilation / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / endocytic vesicle membrane / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to heat / scaffold protein binding / angiogenesis / in utero embryonic development / response to lipopolysaccharide / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / calmodulin binding / negative regulation of cell population proliferation / Golgi membrane / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chreifi, G. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Optimization of Blood-Brain Barrier Permeability with Potent and Selective Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors Having a 2-Aminopyridine Scaffold. 著者: Do, H.T. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 707 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 585.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ng1C ![]() 6ng2C ![]() 6ng4C ![]() 6ng5C ![]() 6ng6C ![]() 6ng7C ![]() 6ng8C ![]() 6ngaC ![]() 6ngbC ![]() 6ngcC ![]() 6ngdC ![]() 6ngeC ![]() 6ngfC ![]() 6nghC ![]() 6ngiC ![]() 6ngjC ![]() 6ngkC ![]() 6nglC ![]() 6ngmC ![]() 6ngnC ![]() 6ngpC ![]() 6ngqC ![]() 6ngrC ![]() 6ngsC ![]() 6ngtC ![]() 6nguC ![]() 6ngvC ![]() 6ngwC ![]() 6ngxC ![]() 6ngyC ![]() 6ngzC ![]() 6nh0C ![]() 6nh1C ![]() 6nh2C ![]() 6nh4C ![]() 6nh5C ![]() 6nh6C ![]() 6nh7C ![]() 6nh8C ![]() 6nhbC ![]() 6nhcC ![]() 6nhdC ![]() 6nheC ![]() 6nhfC ![]() 4dipS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49345.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 624分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/KL4.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/KL4.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-KL4 / #4: 化合物 | ChemComp-BTB / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | ChemComp-GD / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12-15% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→90 Å / Num. obs: 129352 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.175 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 3.021 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6454 / CC1/2: 0.333 / Rpim(I) all: 2.052 / Rsym value: 3.021 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DIP 解像度: 2.01→88.868 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→88.868 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 83.9069 Å / Origin y: -2.0249 Å / Origin z: -191.0088 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |