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- PDB-6nfx: MBTD1 MBT repeats -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfx
タイトルMBTD1 MBT repeats
要素MBT domain-containing protein 1,Enhancer of polycomb homolog 1
キーワードPROTEIN BINDING / MBT domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NuA4 histone acetyltransferase complex binding / : / : / vascular associated smooth muscle cell differentiation / piccolo histone acetyltransferase complex / embryonic skeletal system development / regulation of double-strand break repair / negative regulation of G0 to G1 transition / regulation of growth / negative regulation of gene expression, epigenetic ...NuA4 histone acetyltransferase complex binding / : / : / vascular associated smooth muscle cell differentiation / piccolo histone acetyltransferase complex / embryonic skeletal system development / regulation of double-strand break repair / negative regulation of G0 to G1 transition / regulation of growth / negative regulation of gene expression, epigenetic / NuA4 histone acetyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / methylated histone binding / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome / chromatin organization / site of double-strand break / HATs acetylate histones / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / nuclear body / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Enhancer of polycomb, C-terminal / Enhancer of Polycomb C-terminus / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Enhancer of polycomb protein / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 ...Enhancer of polycomb, C-terminal / Enhancer of Polycomb C-terminus / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Enhancer of polycomb protein / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like
類似検索 - ドメイン・相同性
MBT domain-containing protein 1 / Enhancer of polycomb homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhang, H. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for EPC1-Mediated Recruitment of MBTD1 into the NuA4/TIP60 Acetyltransferase Complex.
著者: Zhang, H. / Devoucoux, M. / Song, X. / Li, L. / Ayaz, G. / Cheng, H. / Tempel, W. / Dong, C. / Loppnau, P. / Cote, J. / Min, J.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MBT domain-containing protein 1,Enhancer of polycomb homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,37941
ポリマ－52,2631
非ポリマー11540
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.607, 124.724, 70.057
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-715-

UNX

21A-729-

UNX

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要素

#1: タンパク質 MBT domain-containing protein 1,Enhancer of polycomb homolog 1


分子量: 52263.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBTD1, EPC1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q05BQ5, UniProt: Q9H2F5
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 38 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 10% PEG-6000, 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.6 Å / Num. obs: 42419 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 145714 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-23.41.2421013629690.3310.7861.475198.8
8.94-46.63.30.02614724450.9990.0170.03140.697.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 3feo

3feo


解像度: 1.95→44.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.005 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 2154 5.1 %
Rwork0.1854 --
obs0.1872 40261 99.05 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.95 Å2 / Biso mean: 33.087 Å2 / Biso min: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20.66 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 45 87 3449
Biso mean--39.93 37.19 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.6344694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3861.5667078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6915427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.97621.688160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10215503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1081517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1033.5181716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1023.521717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.145.2572141
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 148 -
Rwork0.303 2963 -
all-3111 -
obs--98.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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