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- PDB-6nfu: Structure of the KcsA-G77A mutant or the 2,4-ion bound configurat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfu
タイトルStructure of the KcsA-G77A mutant or the 2,4-ion bound configuration of a K+ channel selectivity filter.
要素
  • (antibody fragment ...) x 2
  • pH-gated potassium channel KcsA
キーワードmembrane protein (膜タンパク質) / metal transport / ion channel (イオンチャネル) / membrane transport / potassium channel (カリウムチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / イオンチャネル / Helix Hairpins / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1EM / 1-ノナノール / : / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Streptomyces lividans (スナパリシン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Tilegenova, C. / Cortes, D.M. / Jahovic, N. / Hardy, E. / Parameswaran, H. / Guan, L. / Cuello, L.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM097159-06 米国
Robert A. Welch FoundationBI-1949 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM122759 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R21NS105863 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structure, function, and ion-binding properties of a K+channel stabilized in the 2,4-ion-bound configuration.
著者: Tilegenova, C. / Cortes, D.M. / Jahovic, N. / Hardy, E. / Hariharan, P. / Guan, L. / Cuello, L.G.
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody fragment heavy chain
B: antibody fragment light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5839
ポリマ－57,8403
非ポリマー7436
水5,495305
1
A: antibody fragment heavy chain
B: antibody fragment light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: antibody fragment heavy chain
B: antibody fragment light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: antibody fragment heavy chain
B: antibody fragment light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: antibody fragment heavy chain
B: antibody fragment light chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,33236
ポリマ－231,35912
非ポリマー2,97324
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area36200 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area85070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.086, 155.086, 75.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1002-

K

21C-1003-

K

31C-1004-

K

41C-1005-

K

51C-1134-

HOH

61C-1136-

HOH

71C-1137-

HOH

81C-1150-

HOH

91C-1151-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1


分子量: 10992.763 Da / 分子数: 1 / Mutation: G77C, L90C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (スナパリシン)
遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 antibody fragment heavy chain /


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mammalia (哺乳類)
#2: 抗体 antibody fragment light chain /


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mammalia (哺乳類)

-
非ポリマー , 4種, 311分子

#4: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル / 1-ノナノール


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#5: 化合物 ChemComp-1EM / (1S)-2-HYDROXY-1-[(NONANOYLOXY)METHYL]ETHYL MYRISTATE


分子量: 442.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H50O5
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG400, magnesium acetate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→34.678 Å / Num. obs: 53355 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 35.46 Å2 / Net I/σ(I): 30.38
反射 シェル解像度: 2.09→34.678 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000v1.0データ削減
HKL-2000v1.0データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1k4c

1k4c


解像度: 2.09→34.678 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 1208 2.27 %
Rwork0.2097 --
obs0.21 53330 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.01 Å2 / Biso mean: 43.4086 Å2 / Biso min: 19.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→34.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4006 0 45 305 4356
Biso mean--57.66 48.52 -
残基数----534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.09-2.17370.29981330.248457355868
2.1737-2.27260.2691350.2457995934
2.2726-2.39240.29081290.237557705899
2.3924-2.54220.27741380.23557605898
2.5422-2.73850.29531300.230657455875
2.7385-3.01390.2431360.228357755911
3.0139-3.44970.2431360.217358165952
3.4497-4.34490.16811370.192858055942
4.3449-34.6830.20111340.188459176051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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