PDB-6nfr: CopC from Pseudomonas fluorescens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nfr

タイトル

CopC from Pseudomonas fluorescens

要素

CopC

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CopC / metallochaperone / copper binding

機能・相同性

機能・相同性情報

copper ion transport / response to copper ion / periplasmic space / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Maher, M.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of the CopC protein from Pseudomonas fluorescens reveals amended classifications for the CopC protein family.
著者: Udagedara, S.R. / Wijekoon, C.J.K. / Xiao, Z. / Wedd, A.G. / Maher, M.J.

履歴

登録	2018年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nfr.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nfr.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nfr_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nfr_full_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示
XML形式データ	6nfr_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	6nfr_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/6nfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/6nfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nfqC 6nfsC 2c9qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rl1-d 5xj3-11 4l1h-d 3dvf-d 4bd4-5 1sro-d 3tqm-1 5dxw-d 4hei-2 4yud-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CopC

ヘテロ分子

12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.034, 35.565, 95.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CopC 分子量: 12650.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3JYL7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→33.36 Å / Num. obs: 56023 / % possible obs: 92.72 % / 冗長度: 2.4 % / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1→1.03 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	5.8.0230	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2C9Q

2c9q

解像度: 1→33.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 0.823 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17178	2611	5 %	RANDOM
R_work	0.14881	-	-	-
obs	0.14995	49387	92.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.624 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1→33.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	719	0	15	222	956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.014	760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.686	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	1.656	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.958	5	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.947	24.8	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.018	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.501	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.654	0.874	393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.644	0.87	392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.896	1.318	491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.897	1.321	492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.385	1.115	367
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.943	1.087	355
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.197	1.54	527
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.813	14.509	908
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.075	12.346	811
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.922	3	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	17.412	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.243	5	1566

LS精密化シェル

解像度: 1.002→1.028 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	206	-
R_work	0.299	3338	-
obs	-	-	87.01 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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