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- PDB-6nfn: Fab fragment of anti-cocaine antibody h2E2 bound to benzoylecgonine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfn
タイトルFab fragment of anti-cocaine antibody h2E2 bound to benzoylecgonine
要素
  • Fab h2E2 heavy chain
  • Fab h2E2 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-benzoylecgonine complex Fab fragment anti-cocaine antibody humanized mAb h2E2
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / Chem-BCG / FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R. / Tan, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of free and liganded forms of the Fab fragment of a high-affinity anti-cocaine antibody, h2E2.
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Ahrendt, A.J. / Duke, N.E.C. / Tabaja, N. / Ball, W.J. / Kirley, T.L. / Norman, A.B. / Joachimiak, A. / Schiffer, M. / Wilton, R. / Pokkuluri, P.R.
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab h2E2 light chain
H: Fab h2E2 heavy chain
A: Fab h2E2 light chain
B: Fab h2E2 heavy chain
C: Fab h2E2 light chain
D: Fab h2E2 heavy chain
E: Fab h2E2 light chain
F: Fab h2E2 heavy chain
I: Fab h2E2 light chain
J: Fab h2E2 heavy chain
O: Fab h2E2 light chain
P: Fab h2E2 heavy chain
Q: Fab h2E2 light chain
R: Fab h2E2 heavy chain
M: Fab h2E2 light chain
N: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,00336
ポリマ－371,91316
非ポリマー3,09020
水3,117173
1
L: Fab h2E2 light chain
H: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0366
ポリマ－46,4892
非ポリマー5474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
2
A: Fab h2E2 light chain
B: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8374
ポリマ－46,4892
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
3
C: Fab h2E2 light chain
D: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8374
ポリマ－46,4892
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
4
E: Fab h2E2 light chain
F: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8374
ポリマ－46,4892
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
5
I: Fab h2E2 light chain
J: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8374
ポリマ－46,4892
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
6
O: Fab h2E2 light chain
P: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9436
ポリマ－46,4892
非ポリマー4534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
7
Q: Fab h2E2 light chain
R: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8374
ポリマ－46,4892
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
8
M: Fab h2E2 light chain
N: Fab h2E2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8374
ポリマ－46,4892
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.049, 85.836, 164.397
Angle α, β, γ (deg.)82.929, 81.768, 71.281
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

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抗体 , 2種, 16分子 LACEIOQMHBDFJPRN

#1: 抗体
Fab h2E2 light chain


分子量: 22768.576 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
Fab h2E2 heavy chain


分子量: 23720.492 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 193分子

#3: 化合物
ChemComp-BCG / 3-(BENZOYLOXY)-8-METHYL-8-AZABICYCLO[3.2.1]OCTANE-2-CARBOXYLIC ACID / BENZOYLECGONINE / (1R,5S,8R)-2β-カルボキシ-3β-(ベンゾイルオキシ)トロパン


分子量: 289.326 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H19NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: G10 of PEG/Ion HT (2% Tascimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 104134 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 46.63 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1.405 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 5217 / CC1/2: 0.572 / Rpim(I) all: 0.537 / Rrim(I) all: 0.97 / Χ2: 0.881 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T2N

3t2n


解像度: 2.63→38.67 Å / SU ML: 0.3452 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 5131 4.93 %random
Rwork0.1851 98920 --
obs0.1881 104051 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→38.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24869 0 220 173 25262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004125693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.719935118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05014087
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00464464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.63189041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.660.34561040.28421995X-RAY DIFFRACTION58.94
2.66-2.690.37881740.27163405X-RAY DIFFRACTION98.7
2.69-2.720.33651480.26273298X-RAY DIFFRACTION98.71
2.72-2.760.33261430.25193334X-RAY DIFFRACTION98.75
2.76-2.790.32771790.25153405X-RAY DIFFRACTION99.01
2.79-2.830.32031810.24133289X-RAY DIFFRACTION98.92
2.83-2.870.35451550.24743393X-RAY DIFFRACTION99.05
2.87-2.910.29712000.24623292X-RAY DIFFRACTION98.9
2.91-2.960.36531770.25043362X-RAY DIFFRACTION98.94
2.96-3.010.35751610.24243303X-RAY DIFFRACTION98.94
3.01-3.060.28761720.2323406X-RAY DIFFRACTION99.03
3.06-3.120.27641480.2123301X-RAY DIFFRACTION98.94
3.12-3.170.26271770.20913428X-RAY DIFFRACTION98.96
3.17-3.240.28061890.20713274X-RAY DIFFRACTION98.91
3.24-3.310.29221790.20323365X-RAY DIFFRACTION98.88
3.31-3.390.26261740.20623332X-RAY DIFFRACTION98.9
3.39-3.470.26931560.18613347X-RAY DIFFRACTION98.84
3.47-3.570.24961810.18443330X-RAY DIFFRACTION98.99
3.57-3.670.26111760.183356X-RAY DIFFRACTION98.94
3.67-3.790.26211660.17783319X-RAY DIFFRACTION99.09
3.79-3.920.25061670.17593394X-RAY DIFFRACTION99
3.92-4.080.21011700.15583353X-RAY DIFFRACTION99.04
4.08-4.270.2091760.1483313X-RAY DIFFRACTION99.03
4.27-4.490.191840.13733331X-RAY DIFFRACTION99.15
4.49-4.770.18051780.13343362X-RAY DIFFRACTION99.19
4.77-5.140.20271590.14863352X-RAY DIFFRACTION99.18
5.14-5.660.21171780.15843355X-RAY DIFFRACTION99.47
5.66-6.470.2261780.18863358X-RAY DIFFRACTION99.27
6.47-8.140.21961880.18423320X-RAY DIFFRACTION99.26
8.14-38.670.19362130.16933248X-RAY DIFFRACTION97.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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