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- PDB-6nfk: Crystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nfk
タイトルCrystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B with loop 7 from APOBEC3G bound to iodide
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
キーワードHYDROLASE / APOBEC / deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body / defense response to virus / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like C-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Shi, K. / Orellana, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Faseb Bioadv / 年: 2020
タイトル: Active site plasticity and possible modes of chemical inhibition of the human DNA deaminase APOBEC3B
著者: Shi, K. / Demir, O. / Carpenter, M.A. / Banerjee, S. / Harki, D.A. / Amaro, R.E. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2018年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1575
ポリマ－22,8441
非ポリマー3134
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.600, 50.600, 149.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B / A3B / Phorbolin-1-related protein / Phorbolin-2/3


分子量: 22843.818 Da / 分子数: 1
変異: F200S, W228S, L230K, A242S, Y250S, E255Q, F308K, Y315D, D316Q, P317G, L318R, Y319C, K320Q
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UH17, single-stranded DNA cytosine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium Iodide, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→35.8 Å / Num. obs: 17023 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.86→1.92 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1631 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.54 / Rrim(I) all: 1.41 / Rsym value: 1.3 / % possible all: 98.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3366: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CQD

5cqd


解像度: 1.86→35.78 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 873 5.13 %
Rwork0.1888 --
obs0.1914 17020 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→35.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1502 0 13 74 1589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151569
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.222124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.907930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.97660.35231420.26452595X-RAY DIFFRACTION99
1.9766-2.12910.27351330.19912659X-RAY DIFFRACTION100
2.1291-2.34340.24351410.18052632X-RAY DIFFRACTION99
2.3434-2.68240.2111530.17532674X-RAY DIFFRACTION100
2.6824-3.37910.22421360.19922732X-RAY DIFFRACTION100
3.3791-35.78620.23891680.18262855X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0850.1239-0.15640.0655-0.09840.0930.00920.31910.2354-0.09080.17070.4208-0.0575-0.6170.00030.3345-0.0095-0.0210.49380.01010.4268-16.2486-10.63-21.7658
2-0.0370.10050.0380.18780.0166-0.02050.13820.0948-0.00940.3808-0.05150.29850.4238-0.4103-00.471-0.01030.05090.52760.01550.468-16.2666-12.3485-7.2828
30.67710.812-0.24521.1864-0.07220.6426-0.1550.6414-0.0466-0.62860.1816-0.01850.1057-0.12770.13310.5121-0.03680.09080.4407-0.03090.2548-5.5499-23.0781-27.9435
40.60730.0030.40811.1894-1.06341.1732-0.1828-0.2434-0.8131-0.0520.31040.59550.7524-0.27690.00570.411-0.0734-0.01270.3767-0.02040.4582-13.3639-30.442-22.7453
50.7313-0.1833-0.17530.2642-0.03760.2351-0.0502-0.4237-0.3480.17160.15540.21830.4864-0.275-00.53590.02410.02880.43620.09510.5061-9.6243-28.5859-13.6982
60.93250.9452-0.80190.9008-1.04621.10660.1352-0.0434-0.3187-0.1387-0.10580.13740.13620.2008-0.00010.42520.08640.01450.37810.02380.4145-5.47-24.353-11.3821
71.1647-0.43820.7190.1975-0.26470.49290.0189-1.7977-1.03520.8861-0.04590.41840.6588-0.3745-0.01480.5495-0.00240.07370.3940.10610.4979-5.3671-28.7029-3.7481
81.94551.24720.08321.04390.4112.0749-0.08750.24710.25440.0149-0.09090.0482-0.09620.35690.00010.28280.00410.02230.39410.0380.3625-4.2052-11.1338-14.9567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 190 through 202 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 203 through 214 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 215 through 239 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 240 through 272 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 273 through 299 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 300 through 317 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 318 through 328 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 329 through 379 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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