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- PDB-6ner: Synthetic Haliangium ochraceum BMC shell -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ner
タイトルSynthetic Haliangium ochraceum BMC shell
要素BMC-H tandem fusion protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacterial microcompartment
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment protein homohexamer
類似検索 - 構成要素
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Sutter, M. / McGuire, S. / Aussignargues, C. / Kerfeld, C.A.
引用ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2019
タイトル: Structural Characterization of a Synthetic Tandem-Domain Bacterial Microcompartment Shell Protein Capable of Forming Icosahedral Shell Assemblies.
著者: Sutter, M. / McGuire, S. / Ferlez, B. / Kerfeld, C.A.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: BMC-H tandem fusion protein
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L: BMC-H tandem fusion protein
M: BMC-H tandem fusion protein
N: BMC-H tandem fusion protein
O: BMC-H tandem fusion protein
P: BMC-H tandem fusion protein
Q: BMC-H tandem fusion protein
R: BMC-H tandem fusion protein
S: BMC-H tandem fusion protein
T: BMC-H tandem fusion protein
U: BMC-H tandem fusion protein
V: BMC-H tandem fusion protein
W: BMC-H tandem fusion protein
X: BMC-H tandem fusion protein
Y: BMC-H tandem fusion protein
Z: BMC-H tandem fusion protein
a: BMC-H tandem fusion protein
b: BMC-H tandem fusion protein
c: BMC-H tandem fusion protein
d: BMC-H tandem fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)655,95140
ポリマ－654,99030
非ポリマー96110
水00
1
A: BMC-H tandem fusion protein
B: BMC-H tandem fusion protein
C: BMC-H tandem fusion protein
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G: BMC-H tandem fusion protein
H: BMC-H tandem fusion protein
I: BMC-H tandem fusion protein
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K: BMC-H tandem fusion protein
L: BMC-H tandem fusion protein
M: BMC-H tandem fusion protein
N: BMC-H tandem fusion protein
O: BMC-H tandem fusion protein
P: BMC-H tandem fusion protein
Q: BMC-H tandem fusion protein
R: BMC-H tandem fusion protein
S: BMC-H tandem fusion protein
T: BMC-H tandem fusion protein
U: BMC-H tandem fusion protein
V: BMC-H tandem fusion protein
W: BMC-H tandem fusion protein
X: BMC-H tandem fusion protein
Y: BMC-H tandem fusion protein
Z: BMC-H tandem fusion protein
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ヘテロ分子

A: BMC-H tandem fusion protein
B: BMC-H tandem fusion protein
C: BMC-H tandem fusion protein
D: BMC-H tandem fusion protein
E: BMC-H tandem fusion protein
F: BMC-H tandem fusion protein
G: BMC-H tandem fusion protein
H: BMC-H tandem fusion protein
I: BMC-H tandem fusion protein
J: BMC-H tandem fusion protein
K: BMC-H tandem fusion protein
L: BMC-H tandem fusion protein
M: BMC-H tandem fusion protein
N: BMC-H tandem fusion protein
O: BMC-H tandem fusion protein
P: BMC-H tandem fusion protein
Q: BMC-H tandem fusion protein
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T: BMC-H tandem fusion protein
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X: BMC-H tandem fusion protein
Y: BMC-H tandem fusion protein
Z: BMC-H tandem fusion protein
a: BMC-H tandem fusion protein
b: BMC-H tandem fusion protein
c: BMC-H tandem fusion protein
d: BMC-H tandem fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,967,853120
ポリマ－1,964,97190
非ポリマー2,88230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)325.513, 325.513, 325.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 ...
BMC-H tandem fusion protein


分子量: 21833.012 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (バクテリア)
遺伝子: Hoch_5815 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LID5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 8.0, 2% tryptone [w/v], 14% [w/v] PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→49.64 Å / Num. obs: 133312 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.4 % / CC1/2: 0.938 / Rmerge(I) obs: 0.581 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.59→3.65 Å / 冗長度: 38.8 % / Rmerge(I) obs: 4.073 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 6556 / CC1/2: 0.808 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DJB

5djb


解像度: 3.59→49.64 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 1676 1.26 %
Rwork0.1708 --
obs0.1713 133107 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.59→49.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39460 0 50 0 39510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00139974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.34454251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.11824019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5901-3.69570.30471380.278310867X-RAY DIFFRACTION100
3.6957-3.81490.31041420.244710911X-RAY DIFFRACTION100
3.8149-3.95120.30881400.245210797X-RAY DIFFRACTION100
3.9512-4.10940.29371400.224310952X-RAY DIFFRACTION100
4.1094-4.29630.23821390.197810881X-RAY DIFFRACTION100
4.2963-4.52270.23691330.17810925X-RAY DIFFRACTION100
4.5227-4.80580.20571390.160610894X-RAY DIFFRACTION100
4.8058-5.17650.19131400.138310934X-RAY DIFFRACTION100
5.1765-5.69680.17981440.148310998X-RAY DIFFRACTION100
5.6968-6.51950.18761410.161510971X-RAY DIFFRACTION100
6.5195-8.20790.16131420.138411057X-RAY DIFFRACTION100
8.2079-49.6450.17641380.146211244X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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