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- PDB-6nek: Crystal structure of a consensus PDZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nek
タイトルCrystal structure of a consensus PDZ domain
要素Consensus PDZ domain
キーワードDE NOVO PROTEIN / Consensus design / PDZ domain
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Sun, Y.J. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association15GRNT25740021 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Consensus PDZ domain
著者: Sun, Y.J. / Sternke, M. / Barrick, D. / Fuentes, E.J.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Consensus PDZ domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9443
ポリマ－9,8201
非ポリマー1242
水1,27971
1
A: Consensus PDZ domain
ヘテロ分子

A: Consensus PDZ domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8886
ポリマ－19,6402
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.620, 60.090, 73.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1620-

HOH

21A-1668-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Consensus PDZ domain


分子量: 9820.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MET A1, GLY A2, TRP A3, GLY A85, GLY A86, GLY A87, HIS A88, HIS A89, HIS A90, HIS A91, HIS A92, HIS A93 are expression tags
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.5M LiSO4 2% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年3月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→46.49 Å / Num. obs: 15141 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.016 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1488 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.471 / Rrim(I) all: 0.666 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W4F

2w4f


解像度: 1.63→46.47 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 720 4.76 %
Rwork0.197 --
obs0.198 15125 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数616 0 8 71 695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.921857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.975503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.75590.28371560.22942837X-RAY DIFFRACTION100
1.7559-1.93260.25931350.21262837X-RAY DIFFRACTION100
1.9326-2.21220.23591240.1932865X-RAY DIFFRACTION100
2.2122-2.78720.22751460.21052884X-RAY DIFFRACTION100
2.7872-46.48950.21671590.18892982X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.1407 Å / Origin y: 26.3951 Å / Origin z: 12.0446 Å
111213212223313233
T0.2447 Å2-0.0968 Å2-0.0253 Å2-0.2863 Å20.037 Å2--0.1916 Å2
L3.556 °2-1.6642 °20.1894 °2-2.9976 °2-0.4171 °2--1.6122 °2
S0.1895 Å °-0.5213 Å °-0.1518 Å °0.1163 Å °-0.1551 Å °0.0285 Å °0.094 Å °0.0896 Å °-0.0291 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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