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万見
- PDB-6nej: scoulerine 9-O-methyltransferase from Thalictrum flavum complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nej
タイトルscoulerine 9-O-methyltransferase from Thalictrum flavum complexed (13aS)-3,10-dimethoxy-5,8,13,13a-tetrahydro-6H-isoquino[3,2-a]isoquinoline-2,9-diol and with S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
要素(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Scoulerine / Methyltransferase / Benzylisoquinoline Alkaloid / Plant natural products
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-scoulerine 9-O-methyltransferase / (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase activity / : / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-SLX / (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Valentic, T.R. / Smolke, C.D. / Payne, J.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)DP1AT007886-05 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional characterization of the scoulerine 9-O methyltransferase from Thalictrum flavum.
著者: Valentic, T.R. / Smolke, C.S. / Payne, J.T.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase
B: (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0216
ポリマ－81,5972
非ポリマー1,4244
水11,367631
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area25560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.635, 70.775, 67.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase


分子量: 40798.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5C9L2, (S)-scoulerine 9-O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SLX / (13aS)-3,10-dimethoxy-5,8,13,13a-tetrahydro-6H-isoquino[3,2-a]isoquinoline-2,9-diol / (S)-scoulerine / (S)-スクレリン


分子量: 327.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21NO4 / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.49 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 3350 and 0.22M AmSO4 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 106 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127085 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.72 Å / Num. obs: 74066 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3634 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.322 / Rrim(I) all: 0.953 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Thalictrum Flavum scoulerine 9-O-methyltranserase N191D F205S

解像度: 1.6→47.159 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 2015 2.72 %
Rwork0.1827 --
obs0.1833 74039 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5291 0 100 631 6022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0767493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0591997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.27781470.24175057X-RAY DIFFRACTION97
1.64-1.68440.26231370.24285152X-RAY DIFFRACTION97
1.6844-1.73390.26641530.23435091X-RAY DIFFRACTION97
1.7339-1.78990.26251280.21555101X-RAY DIFFRACTION97
1.7899-1.85390.23081490.20825113X-RAY DIFFRACTION97
1.8539-1.92810.21071400.20335150X-RAY DIFFRACTION97
1.9281-2.01590.2231490.19655097X-RAY DIFFRACTION97
2.0159-2.12210.21351380.19285188X-RAY DIFFRACTION98
2.1221-2.25510.23541380.18215151X-RAY DIFFRACTION97
2.2551-2.42920.20531450.18125183X-RAY DIFFRACTION98
2.4292-2.67360.19881430.18345206X-RAY DIFFRACTION98
2.6736-3.06050.19391470.17895113X-RAY DIFFRACTION96
3.0605-3.85560.19431440.15875046X-RAY DIFFRACTION95
3.8556-47.17950.16791570.15975376X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77330.00220.13670.3220.08911.2460.0092-0.0199-0.07930.0148-0.0206-0.01590.2115-0.15820.00950.1388-0.0242-0.00060.09990.00190.112810.50682.659614.9989
21.1051-0.1927-0.35260.5294-0.03251.03740.01750.10890.10220.00790.04590.1209-0.0719-0.3021-0.01510.13710.0291-0.00150.17320.00820.112.741112.238139.4129
30.94090.3336-0.23210.939-0.02931.4143-0.0157-0.0809-0.06770.0678-0.0165-0.0359-0.0014-0.18070.00210.0915-0.0011-0.01020.13630.0050.10195.29386.713749.2013
41.20960.26960.1360.15050.05741.4077-0.0003-0.0678-0.1258-0.00430.0015-0.01110.02730.07690.02170.13740.01840.00770.0736-0.00770.153225.57989.002227.8367
51.0575-0.06120.21280.8255-0.32451.1928-0.02850.1112-0.02030.0004-0.0042-0.0706-0.01550.19770.03570.08660.0036-0.00190.0988-0.00280.10737.986110.96173.0995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 117 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 223 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 224 through 351 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -2 through 157 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 158 through 348 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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