[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3lst: Crystal Structure of CalO1, Methyltransferase in Calicheamicin Bi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lst | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of CalO1, Methyltransferase in Calicheamicin Biosynthesis, SAH bound form | ||||||
Components | CalO1 Methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Calicheamicin / Methyltransferase / CalO1 / enediyne / SAH / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Micromonospora echinospora (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Chang, A. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2011 Title: Structural characterization of CalO1: a putative orsellinic acid methyltransferase in the calicheamicin-biosynthetic pathway. Authors: Chang, A. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lst.cif.gz | 271 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3lst.ent.gz | 228.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lst.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3lst_validation.pdf.gz | 943.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3lst_full_validation.pdf.gz | 948.7 KB | Display | |
Data in XML | 3lst_validation.xml.gz | 26.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3lst_validation.cif.gz | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lst | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||
Details | The biological unit is a dimer. There are half of 2 biological units in the asymmetric unit. The dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x, -y,-z and -x, y,-z+1/2 |
-Components
#1: Protein | Mass: 37936.082 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Micromonospora echinospora (bacteria) / Gene: calO1 / Plasmid: pET16b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 P(RARE2) / References: UniProt: Q8KNE5 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.89 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: Protein Solution 20mg/ml CalO1 protein, 20mM Tris pH 8, mixed in a 1:1 ratio with the well solution 20% MEPEG 5K, 0.2M Glycine, 0.1M BTP pH 7.0. Cryoprotected with 20% ethylene glycol, 20% ...Details: Protein Solution 20mg/ml CalO1 protein, 20mM Tris pH 8, mixed in a 1:1 ratio with the well solution 20% MEPEG 5K, 0.2M Glycine, 0.1M BTP pH 7.0. Cryoprotected with 20% ethylene glycol, 20% MEPEG 5K, 0.2M Glycine, 0.1M BTP pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.9794, 0.9641 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 6, 2009 / Details: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Double Crystal Monochromater / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 12.3 % / Av σ(I) over netI: 22.53 / Number: 344828 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.39 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 28057 / % possible obs: 97.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 28057 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.44 Å / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Num. unique all: 1182 / Χ2: 1.051 / % possible all: 83.4 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MAD | D res high: 2.4 Å / D res low: 48.17 Å / FOM acentric: 0.462 / FOM centric: 0.305 / Reflection acentric: 25104 / Reflection centric: 2856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell |
|