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万見
- PDB-6ndt: Dehydroalanine intermediate of the FlgE D2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndt
タイトルDehydroalanine intermediate of the FlgE D2 domain
要素Flagellar hook protein FlgE
キーワードMOTOR PROTEIN / hook / lysinoalanine / crosslinking / spirochetes / periodontal disease / FlgE / dehydroalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal ...Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook protein FlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.424 Å
データ登録者Lynch, M.J. / Crane, B.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35-122535 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure and chemistry of lysinoalanine crosslinking in the spirochaete flagella hook.
著者: Lynch, M.J. / Miller, M. / James, M. / Zhang, S. / Zhang, K. / Li, C. / Charon, N.W. / Crane, B.R.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0871
ポリマ－19,0871
非ポリマー00
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.488, 48.344, 98.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Flagellar hook protein FlgE


分子量: 19086.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: dehydroalanine in position 11, N-terminal methionine missing
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
遺伝子: flgE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RQB6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.6 M sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.105 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 34285 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 17.57 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.42→1.45 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3064 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.424→49.473 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 2000 5.84 %
Rwork0.1729 --
obs0.1736 34275 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.424→49.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1337 0 0 187 1524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1061861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.787477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4242-1.45980.26381230.23691994X-RAY DIFFRACTION86
1.4598-1.49930.18681380.19852225X-RAY DIFFRACTION95
1.4993-1.54340.18991400.18462255X-RAY DIFFRACTION96
1.5434-1.59320.19711430.18092297X-RAY DIFFRACTION98
1.5932-1.65020.2191420.18032282X-RAY DIFFRACTION98
1.6502-1.71630.21211430.18562315X-RAY DIFFRACTION98
1.7163-1.79440.22211440.18242320X-RAY DIFFRACTION98
1.7944-1.8890.18511420.17762301X-RAY DIFFRACTION98
1.889-2.00730.19391430.1722325X-RAY DIFFRACTION98
2.0073-2.16230.17761460.16262343X-RAY DIFFRACTION98
2.1623-2.37990.17521460.16442359X-RAY DIFFRACTION99
2.3799-2.72430.19221460.17272358X-RAY DIFFRACTION98
2.7243-3.43220.19161500.17672404X-RAY DIFFRACTION99
3.4322-49.50290.1641540.16582497X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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