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万見
- PDB-6ndx: Lysinoalanine cross-linked FlgE dimer from Treponema denticola -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndx
タイトルLysinoalanine cross-linked FlgE dimer from Treponema denticola
要素(Flagellar hook protein FlgE) x 2
キーワードMOTOR PROTEIN / hook / lysinoalanine / crosslinking / spirochetes / periodontal disease / FlgE / dehydroalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal ...Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook protein FlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Lynch, M.J. / Crane, B.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35-122535 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure and chemistry of lysinoalanine crosslinking in the spirochaete flagella hook.
著者: Lynch, M.J. / Miller, M. / James, M. / Zhang, S. / Zhang, K. / Li, C. / Charon, N.W. / Crane, B.R.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Flagellar hook protein FlgE
A: Flagellar hook protein FlgE
C: Flagellar hook protein FlgE
D: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9834
ポリマ－108,9834
非ポリマー00
水905
1
B: Flagellar hook protein FlgE
D: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4912
ポリマ－54,4912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Flagellar hook protein FlgE
C: Flagellar hook protein FlgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4912
ポリマ－54,4912
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.565, 136.352, 112.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Flagellar hook protein FlgE


分子量: 35533.832 Da / 分子数: 2 / 変異: C178A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FlgE(N91-S423) degraded prior to crystallization, N and C termini are missing from structure
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
遺伝子: flgE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RQB6
#2: タンパク質 Flagellar hook protein FlgE


分子量: 18957.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 4 residues on C-termini missing from density, D-alanine present instead of cysteine
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
遺伝子: flgE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RQB6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: crystallized in two conditions: (1) 100 mM Tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG8000, 200 mM magnesium chloride and (2) 200 mM magnesium acetate, 20% PEG3350 (w/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→43.1 Å / Num. obs: 28592 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.04→3.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.04→43.1 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3157 1849 6.97 %
Rwork0.2477 --
obs0.2525 26528 89.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→43.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5769 0 0 5 5774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5678011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1793456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0915-3.2020.40891410.331853X-RAY DIFFRACTION86
3.202-3.33010.3621390.2931885X-RAY DIFFRACTION91
3.3301-3.48160.31851590.27112020X-RAY DIFFRACTION94
3.4816-3.66510.31181530.26641971X-RAY DIFFRACTION96
3.6651-3.89460.32441500.24172055X-RAY DIFFRACTION97
3.8946-4.1950.32331510.22532087X-RAY DIFFRACTION97
4.195-4.61680.27571560.20531968X-RAY DIFFRACTION93
4.6168-5.28380.28521550.19752080X-RAY DIFFRACTION99
5.2838-6.65310.31181560.25372087X-RAY DIFFRACTION99
6.6531-43.10.27881600.22242053X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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