PDB-6ncs: Crystal structure of N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ncs

タイトル

Crystal structure of N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthetase from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis in complex with citrate

要素

N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthetase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / SSGCID / N-acetylneuraminic acid synthase / Sialic acid synthetase / Leptospira borgpetersenii / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acylneuraminate-9-phosphate synthase activity / glycosylation / carbohydrate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthetase from Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis in complex with citrate
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ncs.cif.gz	249.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ncs.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ncs_validation.pdf.gz	484.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ncs_full_validation.pdf.gz	486.8 KB	表示
XML形式データ	6ncs_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	6ncs_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6ncs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6ncs	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6qku-d 5hk9-2 5tnh-2 6qhq-d 4eus-1 5tnq-2 7clz-1 5tni-1 4eus-2 6kxh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LpboA.19655.b TargetTrack: LpboA.19655.b

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthetase

B: N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthetase

ヘテロ分子

67.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.880, 49.120, 88.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.410, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthetase 分子量: 32286.080 Da / 分子数: 2 / 断片: LpboA.19655.b.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) (バクテリア) 株: JB197 / 遺伝子: LBJ_1133 / プラスミド: LpboA.19655.b.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04TM5

#1: タンパク質

N-acetylneuraminic acid (Sialic acid) synthetase

分子量: 32286.080 Da / 分子数: 2 / 断片: LpboA.19655.b.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis (strain JB197) (バクテリア)
株: JB197 / 遺伝子: LBJ_1133 / プラスミド: LpboA.19655.b.B1
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04TM5

-
非ポリマー , 7種, 545分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#7: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition G8: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM each: sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L- ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition G8: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM each: sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate: 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: LpboA.19655.b.B1.PS38488 at 22.9mg/ml. For phasing, the crystal was incubated for 20sec in reservoir solution with additional 10% of 5M NaI in ethylene glycol (500mM final concentration). Cryo: direct: tray: 303852g8: puck hyz8-5.

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen, condition G8: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM each: sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月10日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→43.375 Å / Num. obs: 50583 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 10.241 % / B_iso Wilson estimate: 26.797 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 517998 / Scaling rejects: 470

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	6.728	0.398	4.23	3381	0.941	0.428	88.2
1.85-1.9	6.764	0.344	4.99	3383	0.962	0.371	90.1
1.9-1.95	6.731	0.263	6.67	3361	0.976	0.284	92.9
1.95-2.01	6.936	0.199	8.24	3328	0.985	0.214	95.1
2.01-2.08	6.883	0.167	10.42	3331	0.988	0.18	96.9
2.08-2.15	7.916	0.138	13.08	3228	0.993	0.147	98.4
2.15-2.23	9.16	0.119	16.18	3183	0.995	0.127	99.1
2.23-2.32	9.545	0.101	19.68	3069	0.996	0.107	99.5
2.32-2.43	10.26	0.092	21.57	2928	0.997	0.097	99.5
2.43-2.55	10.884	0.081	24.71	2802	0.998	0.085	99.5
2.55-2.68	11.692	0.075	28.1	2692	0.998	0.079	99.8
2.68-2.85	13.632	0.066	34.54	2527	0.999	0.068	99.9
2.85-3.04	14.758	0.057	40.53	2410	0.999	0.059	99.8
3.04-3.29	14.806	0.053	46.05	2237	0.999	0.055	99.9
3.29-3.6	14.749	0.046	52.84	2043	0.999	0.047	99.9
3.6-4.02	14.472	0.04	57.86	1879	0.999	0.041	99.9
4.02-4.65	14.506	0.038	60.59	1655	1	0.039	99.6
4.65-5.69	14.286	0.041	58.8	1415	0.999	0.043	99.7
5.69-8.05	13.653	0.046	53.75	1099	0.999	0.048	99.8
8.05-43.375	12.704	0.037	62.58	632	0.999	0.039	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_3339	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
PARROT		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→43.375 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.82

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1983	2017	3.99 %	0
R_work	0.1556	-	-	-
obs	0.1573	50574	97.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.63 Å² / B_iso mean: 24.9485 Å² / B_iso min: 8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→43.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4337	0	68	524	4929
B_iso mean	-	-	48.39	34.24	-
残基数	-	-	-	-	570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.824	6218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.204	2842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	817

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.2387	144	0.1835	3120	3264	88
1.845-1.8949	0.2464	149	0.177	3203	3352	90
1.8949-1.9507	0.1953	125	0.1721	3286	3411	93
1.9507-2.0136	0.2031	153	0.1611	3333	3486	95
2.0136-2.0856	0.223	139	0.1571	3470	3609	97
2.0856-2.1691	0.1848	134	0.153	3501	3635	99
2.1691-2.2678	0.1939	139	0.1558	3517	3656	99
2.2678-2.3874	0.2146	145	0.1581	3536	3681	100
2.3874-2.5369	0.2102	142	0.1668	3564	3706	100
2.5369-2.7328	0.2271	130	0.1676	3588	3718	100
2.7328-3.0077	0.2105	151	0.1683	3569	3720	100
3.0077-3.4428	0.1899	174	0.1561	3563	3737	100
3.4428-4.3369	0.1655	165	0.1323	3578	3743	100
4.3369-43.3876	0.1944	127	0.1493	3729	3856	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9655	0.4493	-0.5621	1.1022	0.6437	1.9183	0.046	0.0809	-0.022	-0.1563	0.024	-0.0475	-0.011	0.0042	-0.0237	0.23	0.0231	0.006	0.0786	0.0041	0.1375	39.6665	15.3203	40.8803
2	4.9075	-0.2948	1.7143	1.5921	-0.456	4.7357	-0.0615	0.4476	0.0117	-0.4432	-0.0104	-0.2893	-0.1088	0.3767	0.1325	0.2926	-0.0108	0.0907	0.1197	0.0127	0.1747	48.7928	17.1991	32.6096
3	2.9513	1.7432	0.4188	2.0763	1.1359	2.0714	-0.0361	0.13	-0.1135	-0.3317	0.0516	-0.0631	-0.0922	-0.073	-0.0382	0.2538	0.0372	0.0185	0.1011	0.0071	0.1317	39.9303	8.2132	35.0275
4	3.8386	0.0396	0.2734	1.1269	0.5286	3.0539	-0.0025	0.0417	-0.3124	-0.2001	0.0475	0.0014	0.1944	-0.2188	0.011	0.228	-0.0131	-0.0278	0.0706	-0.0091	0.1456	32.2993	2.7337	37.5676
5	3.1232	-0.4657	-0.5361	1.5735	0.5743	2.5138	0.0573	0.1335	-0.1695	-0.2653	-0.1682	0.2106	-0.0252	-0.3508	0.0826	0.1753	0.0025	-0.038	0.1203	-0.0094	0.0982	26.9364	6.8234	46.6198
6	0.9721	0.4214	-0.0923	1.7529	-1.8841	2.2484	0.0989	-0.0073	0.2861	-0.3408	-0.1005	0.0839	-0.3771	-0.2641	-0.0863	0.338	0.0729	0.0119	0.0495	0.0194	0.1504	33.3489	23.1227	46.3083
7	4.4222	3.6774	-4.7675	4.5883	-5.367	7.6957	0.0494	-0.1619	0.0908	-0.1253	-0.0418	-0.0037	-0.1572	0.1423	-0.0264	0.1333	0.0104	0.0064	0.0942	-0.0365	0.1143	38.5074	21.0346	57.7682
8	1.9562	0.106	-0.5825	0.9777	0.3263	7.4862	-0.0844	-0.2975	-0.1702	0.1572	-0.0608	-0.0082	0.3283	0.267	0.1572	0.1246	0.0246	-0.024	0.1567	0.0656	0.1847	32.2904	7.7852	85.271
9	0.4501	-0.431	-0.6188	0.6928	0.6026	0.8565	0.0379	0.2789	-0.2803	-0.0047	-0.2865	0.3817	0.2886	-0.6577	0.2881	0.2012	-0.0641	-0.0264	0.3773	-0.1244	0.2723	12.0966	12.7558	68.965
10	3.3783	-0.6611	2.0617	1.3417	0.1575	5.9909	0.0892	-0.1598	0.2737	0.0885	-0.0623	0.0663	-0.2636	-0.1509	0.0102	0.096	-0.0003	0.0279	0.2059	-0.0617	0.173	13.7826	31.4915	84.2718
11	1.9971	-0.708	-0.2693	1.4363	0.1459	0.9414	-0.0546	-0.2677	-0.1364	0.1672	-0.0026	0.141	0.0532	-0.1406	0.0552	0.1005	-0.0356	-0	0.2104	-0.0094	0.1214	17.078	13.8924	85.382
12	4.0386	0.387	-0.7592	3.0181	-1.0412	2.0064	0.0329	0.2943	-0.3683	-0.1552	-0.1815	0.175	0.3047	-0.2761	0.0991	0.1059	-0.0143	-0.0144	0.139	-0.0479	0.1104	23.5535	6.9624	69.3703
13	1.2685	-0.248	0.2161	2.8289	2.725	4.4212	0.0632	-0.0832	0.1594	0.0251	-0.0977	-0.0093	0.0031	-0.0496	0.0278	0.057	-0.0038	0.0011	0.1275	-0.0212	0.1017	24.8724	24.6832	75.6354
14	0.3227	-0.9697	-0.7431	7.6726	5.8235	4.4181	0.0313	0.0034	0.0117	-0.2068	-0.1894	0.1674	-0.1724	-0.2998	0.1853	0.1131	0.0309	-0.0168	0.1851	-0.0141	0.108	19.1207	24.9942	64.1093
15	3.1117	-0.6383	-2.6243	0.9268	0.617	2.2261	0.0796	0.7038	0.1393	-0.3403	-0.1068	0.1755	-0.0392	-1.0775	0.0384	0.2968	0.0256	-0.0686	0.3762	-0.0044	0.276	19.3099	11.365	36.9661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 70 )	A	-2 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 91 )	A	71 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 125 )	A	92 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 126 through 147 )	A	126 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 201 )	A	148 - 201
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 202 through 240 )	A	202 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 241 through 258 )	A	241 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 259 through 282 )	A	259 - 282
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid -2 through 25 )	B	-2 - 25
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 26 through 44 )	B	26 - 44
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 45 through 182 )	B	45 - 182
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 183 through 201 )	B	183 - 201
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 202 through 240 )	B	202 - 240
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 241 through 258 )	B	241 - 258
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 259 through 282 )	B	259 - 282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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