+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nc3 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | AMC011 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with fusion peptide targeting antibody VRC34 fragment antigen binding | ||||||||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 Env / SOSIP / trimer / broadly neutralizing antibody / fusion peptide / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / membrane => GO:0016020 / viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane / Env polyprotein 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Cottrell, C.A. / Ozorowski, G. / Torres, J.L. / Ward, A.B. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019 タイトル: Conformational Plasticity in the HIV-1 Fusion Peptide Facilitates Recognition by Broadly Neutralizing Antibodies. 著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / ...著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson / 要旨: The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as ...The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as a site of vulnerability. We delineate X-ray and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of bnAb ACS202, from an HIV-infected elite neutralizer, with an FP and with a soluble Env trimer (AMC011 SOSIP.v4.2) derived from the same patient. We show that ACS202 CDRH3 forms a "β strand" interaction with the exposed hydrophobic FP and recognizes a continuous region of gp120, including a conserved N-linked glycan at N88. A cryo-EM structure of another previously identified bnAb VRC34.01 with AMC011 SOSIP.v4.2 shows that it also penetrates through glycans to target the FP. We further demonstrate that the FP can twist and present different conformations for recognition by bnAbs, which enables approach to Env from diverse angles. The variable recognition of FP by bnAbs thus provides insights for vaccine design. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nc3.cif.gz | 981 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6nc3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6nc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nc3_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6nc3_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6nc3_validation.xml.gz | 136.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nc3_validation.cif.gz | 207.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6nc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6nc3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP ... , 2種, 12分子 ACDEFGBIJKMN
#1: タンパク質 | 分子量: 57668.938 Da / 分子数: 6 / 変異: H66R, A316W, A501C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: タンパク質 | 分子量: 17300.666 Da / 分子数: 6 / 変異: L543Q, I559P, Q567K, T605C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q78156*PLUS |
---|
-抗体 , 2種, 12分子 HOPQRSLTUVWX
#3: 抗体 | 分子量: 23668.436 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 22880.512 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
---|
-糖 , 5種, 60分子
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.57 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Detergent (DDM) added immediately prior to grid preparation | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: SEC purified sample after overnight incubation of molar excess Fab to trimer | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Gatan Solarus 950 Plasma system / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 4C | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2834 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 48 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35611 / 詳細: Postprocessing performed in Relion 2.1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |