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- PDB-6nbr: Crystal Structure of Piper methysticum Kavalactone Reductase 1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nbr
タイトルCrystal Structure of Piper methysticum Kavalactone Reductase 1 in complex with NADP
要素Kavalactone reductase 1
キーワードTRANSFERASE / phenylpropanoid pathway / kavalactone biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Kavalactone reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Piper methysticum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pluskal, T. / Weng, J.K.
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2019
タイトル: The biosynthetic origin of psychoactive kavalactones in kava.
著者: Pluskal, T. / Torrens-Spence, M.P. / Fallon, T.R. / De Abreu, A. / Shi, C.H. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kavalactone reductase 1
B: Kavalactone reductase 1
C: Kavalactone reductase 1
D: Kavalactone reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0618
ポリマ－146,0874
非ポリマー2,9744
水88349
1
A: Kavalactone reductase 1
C: Kavalactone reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5304
ポリマ－73,0442
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Kavalactone reductase 1
C: Kavalactone reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5304
ポリマ－73,0442
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Kavalactone reductase 1
D: Kavalactone reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5304
ポリマ－73,0442
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Kavalactone reductase 1
D: Kavalactone reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5304
ポリマ－73,0442
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.220, 63.239, 333.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質
Kavalactone reductase 1


分子量: 36521.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piper methysticum (植物) / プラスミド: pHis8-4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4Y5QR90*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NH4Ac 0.35 M, HEPES 0.1M, PEG 3350 25% w/v

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→83.44 Å / Num. obs: 33052 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / Num. unique obs: 3212

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Phyre2 model

解像度: 2.8→62.13 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 101 / 位相誤差: 26.3238
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 3444 10.47 %
Rwork0.2179 --
obs0.2375 32903 96.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→62.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9874 0 192 49 10115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005610285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.790113976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04811602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.79523740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.850.32861740.32181415X-RAY DIFFRACTION84.13
2.85-2.90.37381570.31981446X-RAY DIFFRACTION85.77
2.9-2.960.36891640.32741407X-RAY DIFFRACTION85.43
2.96-3.020.35191430.30451453X-RAY DIFFRACTION85.37
3.02-3.080.28571700.30211428X-RAY DIFFRACTION86.13
3.08-3.150.34171720.30421411X-RAY DIFFRACTION83.99
3.15-3.230.30171700.30781390X-RAY DIFFRACTION85.02
3.23-3.320.34031540.29131456X-RAY DIFFRACTION84.55
3.32-3.420.28791500.27171419X-RAY DIFFRACTION86.63
3.42-3.530.32081980.26611406X-RAY DIFFRACTION81.65
3.53-3.650.28521510.25081413X-RAY DIFFRACTION85.84
3.65-3.80.28451450.25031472X-RAY DIFFRACTION85.98
3.8-3.970.26781600.22941474X-RAY DIFFRACTION85.9
3.97-4.180.25441870.21741492X-RAY DIFFRACTION87.71
4.18-4.440.23541600.20821520X-RAY DIFFRACTION90.1
4.44-4.780.25911570.1971539X-RAY DIFFRACTION90.11
4.78-5.260.25441830.19651584X-RAY DIFFRACTION89.64
5.26-6.020.2341780.21361520X-RAY DIFFRACTION89.52
6.02-7.560.26861700.19661606X-RAY DIFFRACTION90.38
7.56-30.420.2341800.19751693X-RAY DIFFRACTION89.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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