PDB-6nbk: Crystal structure of Arginase from Bacillus cereus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nbk

タイトル

Crystal structure of Arginase from Bacillus cereus

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE / CSGID / structural genomics / arginase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine metabolic process / arginase / arginase activity / urea cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis DB27 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Chang, C. / Evdokimova, E. / Mcchesney, M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Arginase from Bacillus cereus
著者: Chang, C. / Evdokimova, E. / Mcchesney, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2018年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pH / _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nbk.cif.gz	664.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nbk.ent.gz	548 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nbk_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nbk_full_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示
XML形式データ	6nbk_validation.xml.gz	75.6 KB	表示
CIF形式データ	6nbk_validation.cif.gz	112.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cevS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4crg-1 6day-2 1pq3-2 3mmr-1 3sl0-1 3cev-2 1vkd-6 4ixv-d 2rla-d 3qtl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07367

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

E: Arginase

F: Arginase

ヘテロ分子

195 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
97.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Arginase

E: Arginase

F: Arginase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
97.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.022, 153.803, 83.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 32349.789 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis DB27 (バクテリア) 遺伝子: BTDB27_005763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: W8YSI5, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG3350 25%, 0.2M NH4Acte, 0.1M BisTr

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 144946 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 0.866 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 848033

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	4.4	0.595	6575	0.799	0.295	0.668	0.9	91.2
1.93-1.97	4.6	0.555	7011	0.849	0.272	0.621	0.888	96.1
1.97-2.01	4.9	0.468	7127	0.908	0.226	0.522	0.899	99.2
2.01-2.05	5.1	0.419	7229	0.937	0.198	0.465	0.92	99.6
2.05-2.09	5.4	0.382	7171	0.952	0.177	0.422	0.926	99.3
2.09-2.14	5.5	0.323	7220	0.956	0.149	0.357	0.931	99
2.14-2.19	5.7	0.277	7143	0.972	0.125	0.305	0.93	98.6
2.19-2.25	6.3	0.246	7252	0.98	0.107	0.268	0.933	99.9
2.25-2.32	6.3	0.195	7268	0.985	0.085	0.213	0.936	100
2.32-2.39	6.3	0.163	7265	0.987	0.07	0.178	0.924	100
2.39-2.48	6.2	0.135	7257	0.989	0.059	0.148	0.923	100
2.48-2.58	6.1	0.103	7319	0.993	0.045	0.112	0.892	99.6
2.58-2.7	6	0.088	7192	0.992	0.039	0.097	0.859	99.1
2.7-2.84	6.4	0.072	7330	0.994	0.031	0.078	0.836	100
2.84-3.02	6.4	0.062	7316	0.995	0.026	0.067	0.824	100
3.02-3.25	6.3	0.054	7351	0.995	0.023	0.059	0.816	100
3.25-3.58	6	0.049	7317	0.994	0.021	0.053	0.855	99.6
3.58-4.09	6.6	0.045	7407	0.996	0.019	0.048	0.779	99.9
4.09-5.16	6.1	0.043	7459	0.995	0.019	0.047	0.716	99.7
5.16-50	6.2	0.049	7737	0.993	0.022	0.054	0.729	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1cev.pdb

1cev

解像度: 1.91→48.444 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	6774	4.96 %
R_work	0.1611	-	-
obs	0.1631	136503	92.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.59 Å² / B_iso mean: 23.163 Å² / B_iso min: 3.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.91→48.444 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13058	0	17	1615	14690
B_iso mean	-	-	20.85	33.67	-
残基数	-	-	-	-	1726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.777	17981
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2073
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.731	7980

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9103-1.932	0.2628	96	0.2043	1923	2019	41
1.932-1.9547	0.2561	149	0.2056	2893	3042	63
1.9547-1.9786	0.2465	199	0.1983	3115	3314	68
1.9786-2.0036	0.2103	167	0.1956	3413	3580	74
2.0036-2.03	0.2518	195	0.1897	3645	3840	79
2.03-2.0578	0.2407	221	0.1831	3858	4079	84
2.0578-2.0872	0.2367	209	0.1878	4057	4266	88
2.0872-2.1184	0.2323	225	0.1839	4332	4557	93
2.1184-2.1515	0.2239	223	0.1743	4472	4695	96
2.1515-2.1867	0.2342	237	0.1722	4481	4718	97
2.1867-2.2244	0.2122	222	0.1736	4611	4833	100
2.2244-2.2649	0.2471	222	0.1692	4653	4875	100
2.2649-2.3084	0.223	233	0.166	4625	4858	100
2.3084-2.3556	0.2282	214	0.1648	4638	4852	100
2.3556-2.4068	0.21	267	0.1614	4616	4883	100
2.4068-2.4628	0.2175	239	0.1634	4661	4900	100
2.4628-2.5244	0.1977	255	0.1611	4624	4879	100
2.5244-2.5926	0.2036	239	0.1628	4603	4842	99
2.5926-2.6689	0.2354	248	0.1734	4601	4849	99
2.6689-2.755	0.2295	263	0.1657	4626	4889	100
2.755-2.8535	0.2181	246	0.1611	4661	4907	100
2.8535-2.9677	0.1979	233	0.1614	4702	4935	100
2.9677-3.1028	0.2147	247	0.1714	4640	4887	100
3.1028-3.2663	0.2059	234	0.1592	4693	4927	100
3.2663-3.4709	0.174	227	0.1536	4698	4925	99
3.4709-3.7388	0.1858	246	0.1479	4682	4928	100
3.7388-4.1149	0.1812	253	0.1364	4719	4972	100
4.1149-4.7099	0.1591	237	0.1264	4756	4993	100
4.7099-5.9322	0.166	265	0.1476	4773	5038	100
5.9322-48.4598	0.1999	263	0.1747	4958	5221	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.001	-0.0006	0	0.0014	-0.0008	0.0009	0.0047	0.0008	0.0223	0.0008	0.0139	-0.0128	0.0004	-0.0031	-0	0.0926	0.031	0.0097	0.1079	0.0255	0.0851	175.5169	69.1242	-34.5131
2	0.0029	-0.0012	-0.0021	0.0025	0.0007	0.002	-0.0074	0.0085	-0.003	-0.0101	-0.0095	-0.0094	0.0119	-0.0028	-0.0111	0.0644	0.0366	0.0075	0.1021	0.0049	0.0227	173.143	58.397	-42.3287
3	0.0023	-0.0025	-0.0008	0.0051	0.0004	0.0035	0.0095	0.0125	0.0204	-0.0046	0.005	-0.0103	-0.0073	-0.0062	0.0239	0.0881	0.0293	0.002	0.0946	0.0814	0.1068	173.6303	78.3848	-37.2258
4	0.0041	-0.0016	-0.0035	0.0051	0	0.0041	0.0032	0.0031	0.0071	-0.0147	0.0042	0.0043	0.0058	0.004	0.0033	0.0593	0.0553	0.0125	0.1004	0.0814	0.0467	165.7039	71.7782	-38.374
5	0.0045	-0.0031	-0.0006	0.002	0.0011	0.0013	0.0078	-0.0006	0.0162	0.0107	0.0037	0.0035	-0.0067	-0.0106	-0.0003	0.0933	0.0587	0.0166	0.1015	0.025	0.0731	162.4325	72.8897	-25.9733
6	0.003	-0.0059	-0.0033	0.0102	0.0074	0.005	0.0087	0.0072	0.0365	0.0138	0.0181	-0.0051	-0.0069	-0.0143	0.0195	0.072	0.0868	0.0083	0.0644	0.0298	0.0618	164.2109	77.7284	-25.4221
7	0.007	-0.0026	-0.0013	0.0073	-0.0095	0.0146	-0.0193	-0.0062	-0.002	0.0317	0.0055	0.0142	-0.0085	-0.0313	-0.0149	0.0736	0.0622	0.0515	0.105	0.0141	0.0709	156.9821	65.4561	-21.5499
8	0.0014	0.0008	0.0002	0.0013	0.0015	0.0032	0.0023	-0.0033	-0.0016	0.0041	-0.0001	-0.0013	-0.0001	0.003	0.0004	0.1011	0.0303	0.0007	0.063	0.0101	0.0221	172.8445	57.4005	-20.497
9	0.0007	-0.0007	0	0.0005	0.0001	0.0002	-0.0036	0.0017	-0.0034	0.0028	-0.0013	0.0062	0.0031	-0.0001	-0.0001	0.0533	0.0016	0.0136	0.0835	-0.0078	0.0443	159.3981	53.0849	-30.0795
10	0.0019	0.0007	0.0013	0.0019	-0.0003	0.0045	0.0012	0.0085	-0.0042	0.0024	-0.0072	-0.003	0.0096	-0.0056	-0.0028	0.0744	0.0321	0.0053	0.0869	0.0192	0.026	169.4636	56.8015	-33.2515
11	0.0042	0.0011	0.0122	0.0104	0.0011	0.0453	-0.0379	0.0461	-0.0842	0.0089	-0.0288	0.046	0.0172	-0.004	-0.0528	0.0755	-0.0699	0.0401	0.0157	-0.145	0.2236	173.4371	18.8944	-27.2142
12	0.0004	-0.0003	0.0005	0.0005	-0.0003	0.0012	-0.0018	0.0099	-0.0014	-0.0012	-0.0001	0.0075	-0.0029	0.0031	-0.0008	0.0915	-0.0452	-0.0183	0.1084	-0.082	0.1532	161.5956	26.9267	-34.2354
13	0.0659	0.0105	0.0025	0.0075	0.0019	-0.0014	-0.0219	0.0712	-0.0958	-0.0109	-0.0327	0.14	-0.0099	-0.0672	-0.0152	-0.0312	-0.118	-0.0599	-0.062	-0.1621	0.1371	163.4666	31.0448	-27.5343
14	0.0132	0.0071	-0.0109	0.0077	-0.0094	0.0175	-0.0077	-0.0769	0.0164	0.0172	-0.0333	-0.0044	0.0001	0.0111	-0.0299	0.1152	-0.0052	0.0048	0.192	-0.0483	0.0269	179.9845	54.4612	9.9851
15	0.0083	0.0016	-0.0006	0.0006	-0.002	0.0059	-0.0004	-0.0516	-0.0132	0.0146	-0.0025	-0.0021	-0.0089	-0.0074	0.0039	0.1425	-0.0424	0.0592	0.239	0.0058	0.0082	171.2339	46.4097	11.4246
16	0.0144	0.0116	-0.0126	0.0049	-0.0075	0.0082	0.0055	-0.1051	-0.0433	0.0428	-0.0198	0.0303	0.0215	-0.0386	-0.0019	0.0586	-0.0791	0.1159	0.1817	0.0302	-0.0707	164.8712	42.923	4.5745
17	0.0012	-0.0002	0.0022	0.0007	-0.0001	0.0049	-0.0049	-0.004	0.0055	-0.0029	0.0004	0.0035	-0.0035	-0.0088	-0.0003	0.115	0.0015	0.0404	0.1362	-0.0126	0.0442	162.4979	56.3273	-5.1007
18	0.0039	0.0039	-0.001	0.0046	-0.0034	0.0155	-0.0113	-0.0095	0.0017	0.0004	-0.0209	0.0039	-0.0006	-0.0045	-0.0293	0.0841	-0.0191	0.0277	0.1194	-0.0305	0.0059	173.875	56.0038	-1.9616
19	0.0256	-0.0175	0.0046	0.0125	-0.0114	0.0319	-0.0183	0.064	0.0787	-0.011	-0.0421	-0.0533	-0.0034	0.0095	-0.0569	0.0901	0.0345	0.0291	0.0636	0.0925	0.1272	194.7221	68.9674	-41.1867
20	0.0125	-0.0106	0.0088	0.0092	-0.0088	0.008	-0.0109	0.0335	0.0222	-0.0183	-0.0313	-0.0332	0.0206	0.0099	-0.0421	0.1193	0.0586	0.1025	0.0948	0.1388	0.1481	203.0141	62.5253	-46.8905
21	0.0251	0.0015	-0.0225	0.007	-0.0053	0.0193	0.0123	0.089	0.0913	-0.0563	-0.0649	-0.1903	0.0383	0.0621	-0.0348	0.0701	0.031	0.0407	-0.0119	0.1754	0.1204	207.4806	57.97	-38.8222
22	0.0036	0.0016	-0.0001	0.0017	0.0026	0.0043	-0.0128	-0.0281	0.022	0.0119	-0.0134	0.0167	0.0193	-0.007	0	0.1331	0.0152	-0.0049	0.0967	-0.0114	0.086	200.2588	48.8408	4.3057
23	0.0135	0.0072	-0.0073	0.0106	0.0052	0.0128	-0.0326	-0.0496	0.0719	0.0242	0.0314	-0.0001	-0.0223	0.0174	0.0107	0.1379	0.0022	-0.0525	0.0927	-0.0884	0.1225	207.0538	63.2824	5.905
24	0.0134	-0.0022	-0.0033	0.0119	0.0013	0.0224	-0.0369	0.0103	0.0874	0.006	0.03	-0.0465	0.001	0.0916	-0.0009	0.0869	-0.014	-0.0139	0.069	-0.0125	0.0749	211.8602	55.0373	-6.6494
25	0.001	-0.0015	0.0009	0.0055	0.0026	0.0108	0.0131	0.019	-0.0433	0.014	0.0062	0.0091	0.0236	-0.0137	0.0307	0.0871	-0.0224	0.01	0.067	-0.1029	0.1034	196.4457	19.1902	-29.6196
26	0.0379	0.0037	-0.0013	0.0066	0.0045	0.0096	-0.0139	0.028	-0.0861	0.0627	-0.0066	-0.0402	0.0362	-0.0004	-0.0235	0.0935	-0.0032	-0.0062	-0.023	-0.0698	0.0711	208.6909	25.8678	-23.4208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 20 )	A	3 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 46 )	A	21 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 86 )	A	47 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 87 through 111 )	A	87 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 112 through 130 )	A	112 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 177 )	A	131 - 177
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 227 )	A	178 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 228 through 245 )	A	228 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 246 through 259 )	A	246 - 259
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 260 through 297 )	A	260 - 297
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 111 )	B	3 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 112 through 130 )	B	112 - 130
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 131 through 297 )	B	131 - 297
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 3 through 86 )	C	3 - 86
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 87 through 140 )	C	87 - 140
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 141 through 245 )	C	141 - 245
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 246 through 259 )	C	246 - 259
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 260 through 296 )	C	260 - 296
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 3 through 86 )	D	3 - 86
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 87 through 140 )	D	87 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 141 through 296 )	D	141 - 296
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 3 through 46 )	E	3 - 46
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 47 through 154 )	E	47 - 154
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 155 through 297 )	E	155 - 297
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 2 through 86 )	F	2 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 87 through 297 )	F	87 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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