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万見
- PDB-6nan: NMR structure determination of Ixolaris and Factor X interaction ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nan
タイトルNMR structure determination of Ixolaris and Factor X interaction reveals a noncanonical mechanism of Kunitz inhibition
要素Ixolaris
キーワードBLOOD CLOTTING / coagulation blood inhibitor / Factor Xa / Tissue Factor / tick saliva
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated inhibition of voltage-gated potassium channel activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ixodes scapularis (ダニ)
手法溶液NMR / na
データ登録者De Paula, V.S. / Sgourakis, N.G. / Francischetti, I.M.B. / Almeida, F.C.L. / Monteiro, R.Q. / Valente, A.P.
引用
ジャーナル: Blood / 年: 2019
タイトル: NMR structure determination of Ixolaris and factor X(a) interaction reveals a noncanonical mechanism of Kunitz inhibition.
著者: De Paula, V.S. / Sgourakis, N.G. / Francischetti, I.M.B. / Almeida, F.C.L. / Monteiro, R.Q. / Valente, A.P.
#1: ジャーナル: Protein Expr. Purif. / 年: 2017
タイトル: Recombinant expression of Ixolaris, a Kunitz-type inhibitor from the tick salivary gland, for NMR studies.
著者: De Paula, V.S. / Silva, F.H.S. / Francischetti, I.M.B. / Monteiro, R.Q. / Valente, A.P.
履歴
登録2018年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ixolaris


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7531
ポリマ－15,7531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7080 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ixolaris


分子量: 15753.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes scapularis (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q964Q0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic13D 1H-15N NOESY
122anisotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131anisotropic22D 1H-15N HSQC
143anisotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1100 uM [U-100% 15N] Ixolaris, 90% H2O/10% D2O15N_Ixolaris90% H2O/10% D2O
solution2100 uM [U-13C; U-15N] Ixolaris, 90% H2O/10% D2O15N13C_Ixolaris90% H2O/10% D2O
solution3100 uM [U-15N; U-2H] Ixolaris, 90% H2O/10% D2O15N2H_Ixolaris90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 uMIxolaris[U-100% 15N]1
100 uMIxolaris[U-13C; U-15N]2
100 uMIxolaris[U-15N; U-2H]3
試料状態詳細: 20 mM phosphate buffer / イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software名称: CS-ROSETTA / バージョン: RASREC / 開発者: Shen, Vernon, Baker and Bax / 分類: structure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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