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- PDB-6n9g: Crystal Structure of RGS7-Gbeta5 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9g
タイトルCrystal Structure of RGS7-Gbeta5 dimer
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
  • Regulator of G-protein signaling 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / RGS / G protein SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion ...Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / light adaption / dark adaptation / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein gamma-subunit binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Ca2+ pathway / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / G alpha (12/13) signalling events / cell tip / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activating protein binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / GTPase activator activity / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / myelin sheath / presynapse / protein-folding chaperone binding / presynaptic membrane / cell body / postsynaptic membrane / intracellular signal transduction / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / dendrite / synapse / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #60 / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / : / : / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. ...Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #60 / Regulator of G-protein signalling, DHEX domain / : / : / Regulator of G-protein signalling DHEX domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Arc Repressor Mutant, subunit A / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of G-protein signaling 7 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.129 Å
データ登録者Patil, D.N. / Rangarajan, E. / Izard, T. / Martemyanov, K.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA036596 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural organization of a major neuronal G protein regulator, the RGS7-G beta 5-R7BP complex.
著者: Patil, D.N. / Rangarajan, E.S. / Novick, S.J. / Pascal, B.D. / Kojetin, D.J. / Griffin, P.R. / Izard, T. / Martemyanov, K.A.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of G-protein signaling 7
B: Regulator of G-protein signaling 7
C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,0814
ポリマ－187,0814
非ポリマー00
水8,629479
1
A: Regulator of G-protein signaling 7
D: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5402
ポリマ－93,5402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area34660 Å2
手法PISA
2
B: Regulator of G-protein signaling 7
C: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5402
ポリマ－93,5402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area34780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.323, 162.760, 95.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Regulator of G-protein signaling 7 / RGS7


分子量: 54761.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RGS7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O46470
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / Gbeta5 / Transducin beta chain 5


分子量: 38778.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnb5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62881
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.25
詳細: 0.1M sodium malonate (pH 6.25) and 10% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.129→94.28 Å / Num. obs: 54345 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.13→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.817 / Num. unique obs: 2718 / CC1/2: 0.546 / Rpim(I) all: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PBI

2pbi


解像度: 2.129→37.535 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.93
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 2610 4.8 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1764 54330 46.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.129→37.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12040 0 0 480 12520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48816690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8197421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1286-2.16730.450860.296175X-RAY DIFFRACTION1
2.1673-2.2090.393560.3621103X-RAY DIFFRACTION2
2.209-2.2540.342550.3634149X-RAY DIFFRACTION3
2.254-2.3030.442690.3113250X-RAY DIFFRACTION4
2.303-2.35660.4515260.35425X-RAY DIFFRACTION7
2.3566-2.41550.3557270.3133634X-RAY DIFFRACTION11
2.4155-2.48080.3497400.2865906X-RAY DIFFRACTION15
2.4808-2.55380.3702560.30871206X-RAY DIFFRACTION21
2.5538-2.63620.3421820.29071573X-RAY DIFFRACTION27
2.6362-2.73040.32191000.28431940X-RAY DIFFRACTION33
2.7304-2.83970.27011400.26482486X-RAY DIFFRACTION43
2.8397-2.96890.31251500.25083516X-RAY DIFFRACTION60
2.9689-3.12530.29991990.23474242X-RAY DIFFRACTION72
3.1253-3.3210.282620.21595058X-RAY DIFFRACTION86
3.321-3.57730.23593030.18865727X-RAY DIFFRACTION99
3.5773-3.93690.22173090.16125831X-RAY DIFFRACTION100
3.9369-4.50580.16952670.13075852X-RAY DIFFRACTION100
4.5058-5.67370.1683140.13485849X-RAY DIFFRACTION100
5.6737-37.54040.19083090.16645898X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9999-1.27051.34974.868-1.77731.97950.0112-0.48890.50580.5727-0.01950.6145-0.0152-0.47070.07740.3698-0.03760.14740.3095-0.09940.589310.766329.04255.8063
22.593-0.33840.12761.63-1.02995.01230.02780.22720.066-0.1462-0.07470.37980.1989-0.8274-0.20670.2877-0.0123-0.04870.37610.02060.53111.832332.1282-15.6674
30.9297-0.3296-0.50271.5538-0.8281.1080.0546-0.1822-0.05450.1568-0.0567-0.06190.2823-0.00370.04120.5225-0.0828-0.13360.2146-0.03850.379129.4388-0.84275.7866
41.50340.15950.382.95442.05873.97140.0775-0.1492-0.20690.07510.0262-0.8617-0.0277-0.2203-0.10920.37960.0036-0.22330.19420.08220.639750.3827-18.92832.3093
53.1647-1.69082.36922.5016-0.56693.99830.52870.49560.0874-0.2478-0.6077-1.08830.20441.17450.14920.9530.03380.32531.0790.52351.623340.840636.9038-45.3927
60.58440.1241-0.34814.9356-2.99743.7675-0.02920.51150.7826-0.689-0.3538-1.31370.27930.47310.33460.59090.04390.17030.57760.33841.062633.091528.2588-35.9387
70.7605-0.489-0.23981.34670.0171.8586-0.14050.22760.2159-0.4818-0.2898-0.4835-0.27130.0350.44420.6677-0.0866-0.08640.50130.23190.825815.708252.7988-48.432
84.91711.42991.59153.9422-0.50582.4644-0.3871-0.2850.35570.26180.1724-0.1269-0.4913-0.4210.21610.96020.2035-0.32360.59120.020.5926-12.567376.152-48.589
91.326-0.4130.45321.26090.30432.384-0.2510.38640.1634-0.3863-0.2687-0.5468-0.40170.03260.34570.6460.0016-0.20970.32010.19340.71079.69554.8294-47.6758
104.8425-0.4497-0.65136.4556-0.74776.2052-0.2169-0.0150.1003-0.47460.00390.40210.0062-0.64440.12540.6044-0.0068-0.2720.38120.00270.378-5.54849.8295-42.0136
111.43080.1501-0.03872.0539-0.41411.8708-0.14310.69490.1311-0.8998-0.5068-1.1558-0.20470.330.31150.88070.0231-0.04310.36750.35140.889814.435155.9221-47.6855
121.9150.4661-0.14712.4789-0.16020.81240.12420.0450.01890.0123-0.108-0.2703-0.07150.03920.03450.28890.01-0.11180.160.0240.241430.1886-0.1755-4.9594
132.1174-0.6058-1.93244.77981.18425.23150.3478-0.0379-0.41110.0118-0.15260.18450.34760.08-0.1690.4001-0.085-0.15090.14880.03820.248228.9446-9.5314-8.3393
141.8645-0.6907-0.1322.5725-0.22271.33410.046-0.20750.06290.387-0.0802-0.04670.08-0.12610.01330.3154-0.0702-0.06220.17230.0010.236727.1124.90194.2346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 107 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 108 through 200 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 317 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 318 through 450 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 18 through 58 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 59 through 182 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 183 through 317 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 318 through 450 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 3 through 118 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 119 through 216 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 217 through 353 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 2 through 172 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 173 through 216 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 217 through 353 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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