[日本語] English
万見
- PDB-6n8b: Crystal structure of transcription regulator AcaB from uropathoge... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n8b
タイトルCrystal structure of transcription regulator AcaB from uropathogenic E. coli
要素transcription regulator AcaB
キーワードTRANSCRIPTION / uropathogenic E. coli / New-Delhi metallo-beta-lactamase / NDM / A/C plasmid / AcaB / transcription regulation
機能・相同性Plasmid-related protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Luo, Z. / Hancock, S.J. / Schembri, M.A. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1106590 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1033799 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1067455 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1071659 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Comprehensive analysis of IncC plasmid conjugation identifies a crucial role for the transcriptional regulator AcaB.
著者: Hancock, S.J. / Phan, M.D. / Luo, Z. / Lo, A.W. / Peters, K.M. / Nhu, N.T.K. / Forde, B.M. / Whitfield, J. / Yang, J. / Strugnell, R.A. / Paterson, D.L. / Walsh, T.R. / Kobe, B. / Beatson, S.A. / Schembri, M.A.
履歴
登録2018年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: transcription regulator AcaB
B: transcription regulator AcaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9483
ポリマ－47,9082
非ポリマー401
水18010
1
A: transcription regulator AcaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9942
ポリマ－23,9541
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: transcription regulator AcaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9541
ポリマ－23,9541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.188, 167.188, 167.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Space group name HallI2b2c3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLNGLN(chain A and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...AA19 - 3519 - 35
12VALVALLEULEU(chain A and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...AA37 - 5637 - 56
13ILEILEVALVAL(chain A and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...AA58 - 6858 - 68
14THRTHRASPASP(chain A and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...AA70 - 10070 - 100
15METMETILEILE(chain A and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...AA102 - 127102 - 127
16LYSLYSALAALA(chain A and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...AA129 - 166129 - 166
17ILEILELYSLYS(chain A and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...AA169 - 211169 - 211
21SERSERGLNGLN(chain B and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...BB19 - 3519 - 35
22VALVALLEULEU(chain B and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...BB37 - 5637 - 56
23ILEILEVALVAL(chain B and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...BB58 - 6858 - 68
24THRTHRASPASP(chain B and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...BB70 - 10070 - 100
25METMETILEILE(chain B and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...BB102 - 127102 - 127
26LYSLYSALAALA(chain B and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...BB129 - 166129 - 166
27ILEILELYSLYS(chain B and (resseq 19:22 or (resid 23 and (name...BB169 - 211169 - 211

-
要素

#1: タンパク質 transcription regulator AcaB


分子量: 23954.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4NVV6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 23% (w/v) PEG 350 monomethyl ether, in the presence of alpha-chymotrypsin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→44.68 Å / Num. obs: 16642 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.2 % / Biso Wilson estimate: 57.2293254425 Å2 / Net I/σ(I): 19.33
反射 シェル解像度: 2.94→3.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.94→44.68 Å / SU ML: 0.354139512882 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34606795746 / 位相誤差: 25.1849787301
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257851722805 917 5.52343091194 %
Rwork0.227957000307 --
obs0.229569350883 16602 99.5323741007 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.992440657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 1 10 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004987778626953098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8844132696624178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514417647727488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00468815481027542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9762828591934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9408-3.09580.3383275234321450.3113316751032129X-RAY DIFFRACTION96.7247979583
3.0958-3.28970.2946333914131070.3013931622392251X-RAY DIFFRACTION100
3.2897-3.54370.2851946126721570.2681886866672211X-RAY DIFFRACTION100
3.5437-3.90010.2800016910691430.2369587464882222X-RAY DIFFRACTION100
3.9001-4.4640.2421578330031280.2008333445452241X-RAY DIFFRACTION100
4.464-5.62240.2157837281021100.2105553255582286X-RAY DIFFRACTION100
5.6224-44.6880.2303251411741270.1918206948022345X-RAY DIFFRACTION99.9595632835
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.097436124512.90644673952-0.2288416846362.63048476149-0.5078383203772.28969595376-0.0451144474699-0.522360598322-0.3321499674540.0358296812682-0.321854591695-0.2327880795080.1192825314350.372038192890.2855584937110.2536474124750.03945679541470.07213854950820.3429253538860.07568203914570.347652876957-20.6046262229.8550641424-8.8340321865
28.562859871933.96816531775-0.9390996486214.9089348405-0.6036074640341.220753207080.1132241614-0.109885946527-0.2607374682970.11251073727-0.1648934646050.1488072127220.229273525399-0.08492795920440.06364605061690.276930244697-0.01708750054410.01284081604570.2973741123960.01911834212320.289034887856-30.2173948228.0346550616-10.8774158505
35.056442970.2995566960450.06628863761762.27456347254-0.409812459536.30771762110.0967619367814-1.02964742351.007994623480.0875410926211-0.2516012516660.474917609774-0.615280420628-0.1916999173030.05661307143070.384509431099-0.03915981636380.07128135052810.475877406457-0.1646932819330.588258919105-18.929636228946.7974623723-6.08808268035
44.23256211833-2.892555182131.549660084333.68147901362-0.09636453711722.59441734925-0.345764495441-0.1598376758460.3006625893160.3229531833150.5099254108720.480227861635-0.64426660271-0.430816028141-0.1422812580430.4183509826040.07401027043780.07492504341850.4239520371690.06963499615460.462133245317-28.536662016419.065551427424.9114394317
54.1368415132-1.707588542991.320748723894.59003275741-0.1759079276774.313909353590.29287581870.4530765323740.42377562182-1.4532154991-0.0174077654275-0.2159154206750.196549835814-0.119801749833-0.275012512220.3440528844610.09821991716840.01912254552030.5454362580010.02225128914730.340317157664-21.4305799611.928593694611.0870449748
63.87889842845-2.34016426820.5522853374697.90996092795-1.224600604833.426348674910.04749223959620.025184829448-0.0410579960399-0.1813697374510.06426093821440.0558766392456-0.02923433762250.00359887586113-0.07999147711730.235523880674-0.0004727326992760.001759654563320.275998174870.00378769209490.141122143278-20.06450816628.3587825244722.5187774553
74.78614645413-2.641277602932.554488147876.91688258158-3.795620480796.62277512722-0.526708491425-0.4559694175340.9959275912980.5886052005090.483621495792-0.143723359011-0.736911452256-0.005267205402060.08204569989480.603377243496-0.1138838962390.05043192632070.3404601797050.01202620515540.596334833711-19.300130550930.408684507326.2527882222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 96 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 182 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 183 through 212 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 19 through 61 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 62 through 96 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 97 through 182 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 183 through 212 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る