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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n7e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the cytosolic domain of human CNNM2 in complex with AMP-PNP and Mg2+ | ||||||
要素 | Metal transporter CNNM2,Metal transporter CNNM2 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / CNNM2 / Mg2+ transporter / cystathionine-beta-synthase domain / cyclic nucleotide-binding homology domain / ATP-bound / closed conformation / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y.S. / Gehring, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Mg2+-ATP Sensing in CNNM, a Putative Magnesium Transporter. 著者: Chen, Y.S. / Kozlov, G. / Fakih, R. / Yang, M. / Zhang, Z. / Kovrigin, E.L. / Gehring, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n7e.cif.gz | 684.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n7e.ent.gz | 569.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n7e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40802.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM2, ACDP2 / プラスミド: pET-29a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H8M5 #2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.5 M magnesium formate, 5 mM AMP-PNP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 36991 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 683 / CC1/2: 0.148 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4P1O, 6DJ3 解像度: 3.5→48.76 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.76 Å
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