PDB-6n70: Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R191A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n70

タイトル

Crystal Structure of ATPase delta1-79 Spa47 R191A

要素

ATP synthase SpaL/MxiB

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.738 Å

データ登録者

Morales, Y. / Olsen, K.J. / Johnson, S.J. / Demler, H.J. / Dickenson, N.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Interfacial amino acids support Spa47 oligomerization and shigella type three secretion system activation.
著者: Demler, H.J. / Case, H.B. / Morales, Y. / Bernard, A.R. / Johnson, S.J. / Dickenson, N.E.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n70.cif.gz	280.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n70.ent.gz	228.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n70_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n70_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	6n70_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	6n70_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/6n70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n6lC 6n6mC 6n6zC 6n71C 6n72C 6n73C 6n74C 6n75C 6n76C 5swjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5syp-1 5ybi-2 6rae-d 6n6l-1 6n6l-2 6auk-d 3itz-d 6l3m-4 2roq-d 5swj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ATP synthase SpaL/MxiB

B: ATP synthase SpaL/MxiB

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP synthase SpaL/MxiB

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP synthase SpaL/MxiB

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.773, 154.238, 55.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP synthase SpaL/MxiB 分子量: 39038.340 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, R191A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ATP synthase SpaL/MxiB

分子量: 39038.340 Da / 分子数: 2 / 変異: delta 1-79, R191A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: spaL, mxiB, spa47, CP0149 / プラスミド: pTYB21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C1, H+-transporting two-sector ATPase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.25 % / Mosaicity: 0.518 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Ammonium Acetate, Lithium Sulfate, PEG 4000, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.954 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
詳細: Rh coated flat bent mirror , toroidal focusing post monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.954 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 17848 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 56.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.18 / Χ²: 1.774 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 96333

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	3.3	0.746	836	0.671	0.457	0.88	0.621	96.8
2.8-2.85	3.7	0.701	859	0.664	0.403	0.813	0.572	98.8
2.85-2.9	4.2	0.657	956	0.757	0.357	0.751	0.656	99
2.9-2.96	4.6	0.658	866	0.8	0.335	0.741	0.64	99.3
2.96-3.03	4.9	0.567	884	0.499	0.287	0.639	0.721	99
3.03-3.1	5.2	0.525	911	0.881	0.249	0.583	0.766	98.8
3.1-3.17	5.6	0.453	881	0.913	0.207	0.5	0.812	98.9
3.17-3.26	5.6	0.418	899	0.916	0.189	0.46	0.98	98.6
3.26-3.36	5.5	0.384	874	0.893	0.177	0.424	1.126	97.3
3.36-3.46	5.7	0.348	890	0.886	0.16	0.385	1.51	98.1
3.46-3.59	6.1	0.259	902	0.953	0.114	0.284	1.311	99.6
3.59-3.73	6	0.259	908	0.977	0.115	0.284	2.102	99.5
3.73-3.9	6	0.197	899	0.975	0.088	0.217	1.912	99.3
3.9-4.11	5.9	0.179	887	0.995	0.083	0.198	2.297	99.4
4.11-4.36	5.8	0.133	909	0.983	0.06	0.146	2.412	98.5
4.36-4.7	5.8	0.118	870	0.985	0.054	0.13	2.906	97.8
4.7-5.17	6.2	0.108	907	0.991	0.048	0.118	2.505	98.6
5.17-5.92	6	0.117	899	0.988	0.052	0.128	2.558	98.9
5.92-7.46	5.8	0.104	904	0.99	0.046	0.114	2.767	97.9
7.46-50	5.7	0.079	907	0.993	0.036	0.087	4.023	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5SWJ

5swj

解像度: 2.738→43.091 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	894	5.02 %
R_work	0.1955	16913	-
obs	0.1985	17807	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 287.64 Å² / B_iso mean: 72.3444 Å² / B_iso min: 19.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.738→43.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5357	0	0	32	5389
B_iso mean	-	-	-	47.32	-
残基数	-	-	-	-	687

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7384-2.91	0.3667	144	0.2851	2790	2934	97
2.91-3.1346	0.3213	149	0.2618	2809	2958	99
3.1346-3.4499	0.2933	151	0.2188	2800	2951	98
3.4499-3.9489	0.2617	158	0.2077	2847	3005	99
3.9489-4.974	0.2367	142	0.1603	2834	2976	99
4.974-43.0963	0.1984	150	0.169	2833	2983	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2778	-0.3467	0.5568	3.0346	-0.5586	1.4462	-0.1235	0.0287	-0.0202	0.573	-0.106	-0.3193	-0.2666	0.0907	-0.0756	0.3582	-0.0741	-0.0773	0.2503	0.0882	0.206	23.9603	20.4843	-13.2653
2	0.0736	-0.205	0.1187	0.0955	0.0409	0.0543	0.0416	-0.1412	0.4565	0.4399	-0.101	0.059	-0.5966	0.0586	-0.0189	0.8616	-0.1032	0.0128	0.3857	0.0246	0.6802	22.8673	35.1994	-16.9383
3	0.7332	-0.8092	0.9281	1.4526	-0.4287	-0.2462	0.0082	0.0712	0.1197	0.2157	-0.0944	0.1044	0.055	-0.0838	-0.0002	0.2441	0.0387	0.0631	0.2311	0.0673	0.3039	5.5096	35.4347	-31.5936
4	0.6681	0.7969	-0.5721	0.9117	-0.3806	0.5388	0.0539	-0.1352	0.032	-0.2701	-0.0548	-0.1313	0.0557	0.0389	0.0004	0.4144	0.062	-0.0034	0.3703	0.0631	0.3018	22.3062	1.6662	-43.9496
5	0.5797	-0.3935	-0.3282	2.1172	-0.9038	2.2583	-0.0527	-0.1268	-0.0121	-0.7342	-0.1935	-0.0326	0.4745	0.1399	-0.1383	0.4469	0.0841	0.0786	0.2814	0.0432	0.2318	18.1085	-8.6116	-42.5131
6	0.0384	-0.0305	-0.2064	0.1601	0.2846	0.7115	-0.077	-0.1354	-0.8818	-0.0105	-0.2472	0.2169	0.8737	0.8721	0.059	1.2465	-0.0478	0.1754	0.6564	0.1344	1.0951	18.5923	-26.8038	-36.8803
7	0.7207	0.5934	-0.7484	1.0617	-0.5993	1.0501	-0.0164	0.1069	-0.1612	-0.179	-0.0404	0.2369	0.1232	0.022	0	0.24	-0.0044	-0.0223	0.353	0.0626	0.4141	1.7012	-17.7711	-22.883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 83 through 296 )	A	83 - 296
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 297 through 322 )	A	297 - 322
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 323 through 430 )	A	323 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 83 through 140 )	B	83 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 141 through 305 )	B	141 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 306 through 320 )	B	306 - 320
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 321 through 430 )	B	321 - 430

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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