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万見
- PDB-6n64: Crystal structure of mouse SMCHD1 hinge domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n64
タイトルCrystal structure of mouse SMCHD1 hinge domain
要素
  • Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
  • Uncharacterized peptide from Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SMCHD1 Epigenetic control DNA binding SMC protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / nose development / chromosome, telomeric region => GO:0000781 / Barr body / dosage compensation by inactivation of X chromosome / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...: / : / : / nose development / chromosome, telomeric region => GO:0000781 / Barr body / dosage compensation by inactivation of X chromosome / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair / double-strand break repair / site of double-strand break / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Chen, K. / Czabotar, P.E. / Blewitt, M.E. / Murphy, J.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1098290 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the hinge domain of Smchd1 reveals its dimerization mode and nucleic acid-binding residues.
著者: Chen, K. / Birkinshaw, R.W. / Gurzau, A.D. / Wanigasuriya, I. / Wang, R. / Iminitoff, M. / Sandow, J.J. / Young, S.N. / Hennessy, P.J. / Willson, T.A. / Heckmann, D.A. / Webb, A.I. / Blewitt, ...著者: Chen, K. / Birkinshaw, R.W. / Gurzau, A.D. / Wanigasuriya, I. / Wang, R. / Iminitoff, M. / Sandow, J.J. / Young, S.N. / Hennessy, P.J. / Willson, T.A. / Heckmann, D.A. / Webb, A.I. / Blewitt, M.E. / Czabotar, P.E. / Murphy, J.M.
履歴
登録2018年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
B: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
C: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
D: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
E: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
F: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
G: Uncharacterized peptide from Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
H: Uncharacterized peptide from Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9408
ポリマ－155,9408
非ポリマー00
水00
1
A: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
B: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7772
ポリマ－50,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
2
C: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
D: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7772
ポリマ－50,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
3
E: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1
F: Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7772
ポリマ－50,7772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
4
G: Uncharacterized peptide from Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8051
ポリマ－1,8051
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1000 Å2
手法PISA
5
H: Uncharacterized peptide from Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8051
ポリマ－1,8051
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.549, 123.549, 232.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 / SMC hinge domain-containing protein 1


分子量: 25388.342 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smchd1, Kiaa0650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6P5D8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: タンパク質・ペプチド Uncharacterized peptide from Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smchd1, Kiaa0650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細Chains G and H are portions of helix that are included in the SMCHD1 construct, but could not be ...Chains G and H are portions of helix that are included in the SMCHD1 construct, but could not be assigned to one of the chains A-F. In addition the resolution was not sufficient to dock sequence so they have been modeled as poly alanine helices, and since the registry is unknown, they are marked as UNKs. There should be 6 copies of these, but only 2 were sufficiently ordered to model as helices.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.35
詳細: 0.1 M Sodium Bicine pH 9.35, 0.18 M MgCl2, 20% (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.45 Å / Num. obs: 27936 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 117.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.04826 / Rrim(I) all: 0.2053 / Net I/σ(I): 14.81
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / 冗長度: 17.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2722 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.461 / Rrim(I) all: 1.956 / % possible all: 99.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.424
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1399 5.01 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 27936 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 220.68 Å2 / Biso mean: 117.23 Å2 / Biso min: 61.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0151 Å20 Å20 Å2
2--4.0151 Å20 Å2
3----8.0303 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8412 0 0 0 8412
残基数----1071
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2978SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1460HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8602HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1146SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9922SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8602HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11672HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.02
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3534 25 4.47 %
Rwork0.2636 534 -
all0.2675 559 -
obs--94.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99591.99250.76973.9023.45414.5798-0.42980.24930.3993-0.67250.40890.0477-0.76110.07870.0210.1238-0.14360.0244-0.27510.02-0.140140.703848.916563.3233
24.20982.4212-0.89144.01071.67733.0835-0.13020.1046-0.70770.28990.6407-1.08850.30040.7215-0.5105-0.15030.0762-0.0025-0.2687-0.25770.041154.473335.248471.9755
32.6598-0.1697-0.54424.4625-1.93334.0525-0.1302-0.07480.00250.73190.3862-0.2651-0.5471-0.0466-0.2560.01840.0957-0.0902-0.2025-0.0448-0.180887.855767.8883103.073
42.5807-0.99540.93564.092-1.95013.59560.00980.1498-0.3724-0.46350.3211-0.07830.821-0.1915-0.33090.001-0.1282-0.0471-0.2125-0.0872-0.114987.276353.451787.0686
56.4143-3.69450.4113.866-0.33611.4381-0.18160.04990.7869-0.27170.1637-0.7939-0.1796-0.10190.0179-0.1305-0.06260.0107-0.3088-0.1380.083753.517290.200389.4575
64.3003-2.8488-0.66836.01382.19442.4376-0.6304-0.4346-0.60510.39620.45810.30870.4713-0.44330.1723-0.03530.00260.0429-0.20920.0733-0.174938.93876.340496.6238
70-0.12450.228700.29160-0.0006-0.0147-0.0034-0.01260.01050.0167-0.0043-0.0039-0.00990.09240.11270.027-0.050.0507-0.000857.974617.941987.8769
800.7754-0.87350-0.076800.020.0430.0918-0.0803-0.0089-0.0408-0.01910.0041-0.0112-0.1194-0.15840.2177-0.01010.11030.194984.7598.4744114.113
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1715 - 1884
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1712 - 1884
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1710 - 1884
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1710 - 1884
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1714 - 1886
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1713 - 1884
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G273 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H273 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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