[日本語] English
万見
- PDB-6n63: Crystal structure of an Iron binding protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n63
タイトルCrystal structure of an Iron binding protein
要素ENCAPSULIN CARGO PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / IRON STORAGE / MINERALIZATION / ENCAPSULIN / FERROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity
類似検索 - 分子機能
ACETATE ION / : / GLYCOLIC ACID / Ferritin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermotolerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Birrane, G. / Geissen, T.W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Large protein organelles form a new iron sequestration system with high storage capacity.
著者: Tobias W Giessen / Benjamin J Orlando / Andrew A Verdegaal / Melissa G Chambers / Jules Gardener / David C Bell / Gabriel Birrane / Maofu Liao / Pamela A Silver /
要旨: Iron storage proteins are essential for cellular iron homeostasis and redox balance. Ferritin proteins are the major storage units for bioavailable forms of iron. Some organisms lack ferritins, and ...Iron storage proteins are essential for cellular iron homeostasis and redox balance. Ferritin proteins are the major storage units for bioavailable forms of iron. Some organisms lack ferritins, and it is not known how they store iron. Encapsulins, a class of protein-based organelles, have recently been implicated in microbial iron and redox metabolism. Here, we report the structural and mechanistic characterization of a 42 nm two-component encapsulin-based iron storage compartment from . Using cryo-electron microscopy and x-ray crystallography, we reveal the assembly principles of a thermostable T = 4 shell topology and its catalytic ferroxidase cargo and show interactions underlying cargo-shell co-assembly. This compartment has an exceptionally large iron storage capacity storing over 23,000 iron atoms. Our results reveal a new approach for survival in diverse habitats with limited or fluctuating iron availability via an iron storage system able to store 10 to 20 times more iron than ferritin.
履歴
登録2018年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENCAPSULIN CARGO PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6624
ポリマ－23,4711
非ポリマー1913
水1,22568
1
A: ENCAPSULIN CARGO PROTEIN
ヘテロ分子

A: ENCAPSULIN CARGO PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3248
ポリマ－46,9422
非ポリマー3826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.390, 81.390, 65.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

ACT

-
要素

#1: タンパク質 ENCAPSULIN CARGO PROTEIN / IRON-MINERALIZING ENCAPSULIN-ASSOCIATED FIRMICUTE CARGO PROTEIN (IMEF)


分子量: 23471.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thermotolerans (バクテリア)
遺伝子: QY95_01593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F5HNH9
#2: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH) and 10% butanol
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.719→58 Å / Num. obs: 24131 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2353 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.504 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 1.72→40.7 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.87
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1164 4.84 %Random selection
Rwork0.193 ---
obs0.194 24065 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→40.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1191 0 10 68 1269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.361656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1091048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7194-1.79760.3081520.31272772X-RAY DIFFRACTION99
1.7976-1.89240.32091310.2782839X-RAY DIFFRACTION100
1.8924-2.0110.2481600.24882802X-RAY DIFFRACTION100
2.011-2.16620.25331270.21352824X-RAY DIFFRACTION100
2.1662-2.38420.2031330.1952864X-RAY DIFFRACTION100
2.3842-2.72910.22121470.1852867X-RAY DIFFRACTION100
2.7291-3.43820.21551610.19752879X-RAY DIFFRACTION100
3.4382-40.70640.20131530.17523054X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る