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- PDB-6n4o: Human Argonaute2-miR-122 bound to a seed and supplementary paired... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n4o
タイトルHuman Argonaute2-miR-122 bound to a seed and supplementary paired target
要素
  • Protein argonaute-2
  • RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA binding protein/rna / RNA-binding protein / microRNA / target directed microRNA decay / HYDROLASE-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / positive regulation of trophoblast cell migration / Transcriptional Regulation by MECP2 / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / siRNA processing / regulation of synapse maturation / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / P-body assembly / miRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / RNA endonuclease activity / post-embryonic development / positive regulation of translation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / MAPK6/MAPK4 signaling / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / postsynapse / translation / dendrite / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain ...Protein argonaute-2 / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.899 Å
データ登録者Sheu-Gruttadauria, J. / MacRae, I.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104475 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115649 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: Beyond the seed: structural basis for supplementary microRNA targeting by human Argonaute2.
著者: Sheu-Gruttadauria, J. / Xiao, Y. / Gebert, L.F. / MacRae, I.J.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-2
C: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7833
ポリマ－109,7833
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area38760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.132, 66.328, 247.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-2 / hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / ...hAgo2 / Argonaute RISC catalytic component 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / eIF2C 2 / PAZ Piwi domain protein / PPD / Protein slicer


分子量: 97358.188 Da / 分子数: 1 / 変異: D669A, S387D, S824A, S828D, S831D, S834A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGO2, EIF2C2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UKV8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量: 6788.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: miR-122 21mer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 5636.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 26% MPD, 5% PEG 3350, 50 mM imidazole pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→39 Å / Num. obs: 24197 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.89→3.06 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rpim(I) all: 0.213 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W5O

4w5o


解像度: 2.899→39 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 1236 5.12 %
Rwork0.2073 --
obs0.2099 24133 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.899→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6384 680 0 0 7064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68410006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6132835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8991-3.01520.32241330.28712474X-RAY DIFFRACTION95
3.0152-3.15240.32761340.26532543X-RAY DIFFRACTION98
3.1524-3.31850.30841310.23982523X-RAY DIFFRACTION97
3.3185-3.52630.29741260.23792434X-RAY DIFFRACTION94
3.5263-3.79830.2831450.21822571X-RAY DIFFRACTION99
3.7983-4.18020.23341430.18862556X-RAY DIFFRACTION98
4.1802-4.78420.22441280.1742536X-RAY DIFFRACTION95
4.7842-6.02420.26161340.192633X-RAY DIFFRACTION98
6.0242-39.65030.21851620.19542627X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.47490.1037-0.65068.873-1.76088.516-0.0767-1.0521.0143-0.30480.2939-0.1101-0.8273-0.1494-0.25390.50130.0045-0.05290.4611-0.15250.4525-18.873430.1778-9.6827
25.8927-0.42461.34070.9749-0.33291.2599-0.3436-1.1895-0.148-0.01530.3084-0.14560.16380.05370.0620.409-0.02520.08250.6553-0.05470.2379-14.012611.2183-7.347
33.12820.31632.3462.35431.39742.3467-0.62471.9486-0.0174-1.7192-0.0987-1.1028-0.00021.50040.3591.21520.14730.35381.5130.06010.575214.23565.8984-25.1837
44.7079-1.05744.56696.1518-1.77834.68-0.13321.4149-1.2366-0.02030.09090.29290.6231-0.2884-0.27090.4041-0.07120.14890.94-0.27650.665511.7906-2.0809-14.8228
53.6881.8309-4.90585.6431-6.02979.25880.1245-0.7143-0.19451.47460.3650.6750.2158-0.4032-0.4621.19630.0959-0.1571.1186-0.18980.491111.85120.2217-3.3114
61.52630.1619-0.48935.1785.09845.9911-0.3267-0.1563-0.0478-0.11860.1308-0.06390.1538-0.0936-0.10140.2925-0.19370.0480.98-0.50290.42355.33243.8544-12.3195
73.7259-1.0821-2.31584.02362.5612.9745-0.5879-0.1886-0.258-0.41270.2577-0.156-0.0923-0.33260.42030.2058-0.154-0.01190.7691-0.03550.51158.48248.7942-10.3049
86.3788-1.4931-0.4691.4644-0.05562.1795-0.3111-0.74640.50270.32340.0175-0.395-0.2865-0.3034-0.2041-0.29190.2135-0.01911.3408-0.45640.692119.364313.9434-8.056
94.9184-0.2913-0.49393.20194.84477.3568-0.1983-0.0158-0.3931-0.41950.5224-0.6506-0.20750.9377-0.30930.48540.0392-0.0260.85920.13760.69919.7444-0.7172-17.336
102.1231-0.6734-0.5134.79760.57962.95030.02411.1267-0.0405-1.2358-0.20280.0951-0.5183-0.1311-0.01770.5284-0.11120.09250.9468-0.30880.28314.29599.0279-14.3052
114.0395-4.9025-0.2556.31020.31360.0166-0.3775-1.65650.94730.9370.6512-0.43530.05020.0266-0.11220.24810.1862-0.01620.8376-0.22960.4717-7.343418.8411-1.3547
123.7504-1.4178-3.1994.01943.93194.9579-0.3512-0.048-0.2519-0.24320.7067-0.4912-0.18590.228-0.32750.4273-0.0352-0.06110.7384-0.02180.3339-4.89647.0389-15.1517
132.97250.2477-1.06932.33291.78714.98520.16971.0229-0.6167-0.1045-0.459-0.30880.5943-0.86480.33210.37520.01370.05310.8403-0.20070.5706-12.00250.4157-23.4629
145.40953.75090.58972.81321.34328.3151-1.1015-0.7743-1.3242-0.4378-0.29141.08371.2162-1.72251.15440.8896-0.12640.15911.661-0.38281.1644-5.2871-14.2918-45.4388
159.064.522-2.10143.2726-3.98138.9899-1.7324-0.21810.0561-1.85840.51070.87371.5904-0.70640.95461.26890.02420.02291.6281-0.75891.4261-8.8484-19.9837-51.2746
167.25126.0605-0.00597.0746-0.62310.18550.83321.11410.4995-3.2531-0.06960.25540.2225-0.3664-0.4151.73450.68470.29241.6079-0.06630.7781-1.7547-6.997-52.759
178.4829-5.47616.11658.4272-4.50484.49490.6428-0.37140.1859-0.6194-0.7049-0.35390.8895-0.00790.0491.29280.38260.50240.99620.0840.9776.7763-12.2046-37.8326
181.3041.17640.75484.40111.1652.899-0.45930.44852.41230.24590.1673-0.3655-0.01561.82920.27260.73060.08020.28781.293-0.16771.737910.6298-9.6671-35.0221
194.6101-3.58080.53184.92742.02232.8226-1.71020.4358-0.2081-1.3044-0.0365-1.30380.82290.9521.53390.92240.020.13251.05610.01920.71227.2873-6.2572-48.2741
200.7195-0.94020.43658.827-1.26180.33560.37220.3971-0.204-1.0934-0.02150.4081-0.00121.9626-0.42531.36350.39940.54361.5604-0.07741.303913.7597-14.2889-55.0326
212.1833-1.0699-0.82654.4617-0.8340.70550.292-0.00851.1778-0.7988-0.7705-1.8642-0.08130.5990.21231.20820.29870.90991.03750.60732.020622.787-16.994-53.083
220.8864-2.08481.47976.45-0.34998.11811.0014-0.06090.9675-1.9959-0.5809-0.82372.40310.25730.47581.830.54050.37351.2187-0.18310.938811.8345-23.7518-47.1699
235.26625.04495.87997.11986.04566.63-0.38960.9314-0.37410.52511.4444-1.12510.27180.7314-0.99861.44150.12220.38611.5916-0.25910.683210.4706-8.5499-46.5503
245.5077-1.6779-3.66250.95731.04812.0424-0.48221.919-0.9345-0.5109-0.21510.08760.4294-0.29010.53430.74580.00120.04681.2153-0.10210.6953-10.112-5.3818-33.1534
251.2059-0.32560.64620.8982-0.39562.82310.1095-0.07920.0117-0.3633-0.03570.14190.0737-0.1896-0.08270.4052-0.0386-0.00110.1432-0.04950.379-34.138318.7649-43.7072
261.58820.2890.16151.3288-0.19962.6906-0.0915-0.25190.2926-0.0890.0235-0.102-0.52690.19490.08710.3439-0.0135-0.00430.3139-0.08060.3662-24.249327.5884-26.7893
273.2302-0.86892.52131.0505-1.07932.18070.44790.41450.3372-0.3243-0.94090.2742-1.4655-1.27720.31971.616-0.1270.7610.9262-0.29560.9952-7.034833.907-48.0132
287.8714-2.37050.45083.05962.31582.58790.541-1.502-0.2639-0.3932-0.3981-0.8644-1.61860.93220.01950.5691-0.21520.0970.9047-0.09280.4856-15.290834.1525-47.7682
291.9598-2.84081.38517.4984-3.46342.0094-0.148-0.15071.28160.54110.8357-0.6752-0.9144-0.1875-0.42750.73710.00160.08740.2811-0.11810.6172-26.021337.7035-49.2697
302.5911-3.0986-1.78245.1905-0.82319.00520.1456-0.55210.9633-1.08640.17560.4187-1.1733-0.36370.16830.6592-0.04280.06880.4981-0.08610.3083-28.8832.2571-42.8622
311.2063-1.0033-0.09955.2285-4.10294.12380.1205-0.2331-0.2921-0.2812-0.0794-0.50880.64641.1127-0.05520.49310.0786-0.07050.412-0.0140.5068-25.882710.5722-37.0874
325.0991-2.9583-5.46345.48814.82866.56820.01850.49193.1387-0.46940.7272-0.7239-0.1874-0.6251-0.98081.394-0.0037-0.08321.74010.1861.99585.17714.4488-34.1815
339.1705-2.63571.91512.8796-2.35372.0927-0.7959-0.47821.03440.4657-0.3532-1.5029-1.05920.40071.09141.3670.00630.08081.8444-0.24872.325719.3584-13.8743-41.0705
340.3406-0.69960.33692.7482-0.74083.84630.4994-0.7770.44120.15440.7242-0.7021.01481.1465-1.32391.33960.0182-0.35822.9042-0.24291.2134.48138.672-42.5501
353.5068-0.5185-3.38647.3946-1.34413.7981-0.09550.715-0.69410.07350.28190.2047-0.6148-0.4124-0.38320.7878-0.036-0.17460.5396-0.08330.679-29.95176.1612-39.2964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 58 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 67 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 68 through 85 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 86 through 90 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 91 through 95 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 96 through 107 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 108 through 112 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 113 through 120 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 126 through 139 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 140 through 148 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 149 through 185 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 190 through 229 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 230 through 238 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 239 through 246 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 251 through 262 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 263 through 272 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 276 through 280 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 281 through 285 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 286 through 295 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 303 through 307 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 308 through 325 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 326 through 332 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 334 through 384 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 385 through 571 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 572 through 819 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 838 through 842 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'A' and (resid 843 through 847 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'A' and (resid 848 through 852 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'A' and (resid 853 through 859 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 1 through 9 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 11 through 18 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 20 through 21 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 1 through 6 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 9 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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