PDB-6n3p: Crosslinked AcpP=FabZ complex from E. coli Type II FAS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n3p

タイトル

Crosslinked AcpP=FabZ complex from E. coli Type II FAS

要素

3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
Acyl carrier protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Fatty acid biosynthsis / FAS / dehydratase / crosslinking / acyl carrier protein / ACP / FabZ / AcpP / E. coli

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / : / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / acyl binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Smith, J.L. / Dodge, G.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical rationale for fatty acid unsaturation inEscherichia coli.
著者: Dodge, G.J. / Patel, A. / Jaremko, K.L. / McCammon, J.A. / Smith, J.L. / Burkart, M.D.

履歴

登録	2018年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6n3p.ent.gz	460.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6n3p_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n3p_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/6n3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/6n3p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1u1zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	10375 2ogu-2 10334 4ep8-1 1eju-1 6e1k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

C: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

D: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

E: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

F: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

G: Acyl carrier protein

H: Acyl carrier protein

I: Acyl carrier protein

J: Acyl carrier protein

K: Acyl carrier protein

L: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

159 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.136, 136.185, 152.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain G and resid 3 through 72)
2	1	(chain H and resid 3 through 72)
3	1	(chain I and resid 3 through 72)
4	1	(chain J and resid 3 through 72)
5	1	(chain K and resid 3 through 72)
6	1	(chain L and resid 3 through 72)
1	2	(chain A and resid 6 through 148)
2	2	(chain B and resid 6 through 148)
3	2	(chain C and resid 6 through 148)
4	2	(chain D and resid 6 through 148)
5	2	(chain E and resid 6 through 148)
6	2	(chain F and resid 6 through 148)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain G and resid 3 through 72)	G	G	3 - 72	6 - 75
2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain H and resid 3 through 72)	H	H	3 - 72	6 - 75
3	1	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain I and resid 3 through 72)	I	I	3 - 72	6 - 75
4	1	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain J and resid 3 through 72)	J	J	3 - 72	6 - 75
5	1	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain K and resid 3 through 72)	K	K	3 - 72	6 - 75
6	1	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain L and resid 3 through 72)	L	L	3 - 72	6 - 75
1	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain A and resid 6 through 148)	A	A	6 - 148	9 - 151
2	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain B and resid 6 through 148)	B	B	6 - 148	9 - 151
3	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain C and resid 6 through 148)	C	C	6 - 148	9 - 151
4	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain D and resid 6 through 148)	D	D	6 - 148	9 - 151
5	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain E and resid 6 through 148)	E	E	6 - 148	9 - 151
6	2	HIS	HIS	SER	SER	(chain F and resid 6 through 148)	F	F	6 - 148	9 - 151

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ / (3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydrase / ...(3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydrase / Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase 分子量: 17327.197 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fabZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MBG1, UniProt: P0A6Q6*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: タンパク質	Acyl carrier protein / ACP 分子量: 8786.522 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: acpP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7MJ81, UniProt: P0A6A8*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-XLN / N~3~-{(2R)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-N-(3-{[(1Z)-pent-1-en-1-yl]sulfonyl}propyl)-beta-alaninamide 分子量: 456.491 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₃N₂O₈PS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 200 mM MgCl2, 19% PEG 3350, 1:1 mix of 9.5 mg/mL protein and reservoir solution.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.41→49.49 Å / Num. obs: 53399 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 66.88 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.218 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.238 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 344635 / Scaling rejects: 863

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.41-2.48	6.7	2.703	30145	4487	0.303	1.13	2.933	1.3	98
9.92-49.49	5.5	0.073	4819	873	0.996	0.032	0.079	17.6	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U1Z

1u1z

解像度: 2.5→49.495 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	3390	3.75 %
R_work	0.2097	86942	-
obs	0.2115	90332	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 232.91 Å² / B_iso mean: 81.5365 Å² / B_iso min: 33.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→49.495 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10369	0	348	58	10775
B_iso mean	-	-	78.86	62.31	-
残基数	-	-	-	-	1314

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	G	4246	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
1	2	H	4246	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
1	3	I	4246	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
1	4	J	4246	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
1	5	K	4246	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
1	6	L	4246	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
2	1	A	2050	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
2	2	B	2050	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
2	3	C	2050	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
2	4	D	2050	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
2	5	E	2050	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL
2	6	F	2050	X-RAY DIFFRACTION	15.89	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5001-2.5358	0.5228	140	0.3969	3564	3704	99
2.5358-2.5736	0.4377	143	0.3896	3626	3769	100
2.5736-2.6138	0.4194	143	0.3685	3696	3839	100
2.6138-2.6567	0.38	136	0.3552	3568	3704	100
2.6567-2.7025	0.3577	144	0.3368	3634	3778	100
2.7025-2.7516	0.3283	143	0.3275	3605	3748	100
2.7516-2.8045	0.3636	143	0.3199	3633	3776	100
2.8045-2.8618	0.3799	142	0.3107	3616	3758	100
2.8618-2.924	0.3397	138	0.3102	3613	3751	100
2.924-2.992	0.3597	145	0.3265	3654	3799	100
2.992-3.0668	0.4022	144	0.331	3627	3771	100
3.0668-3.1497	0.3917	142	0.338	3607	3749	100
3.1497-3.2424	0.3563	144	0.3194	3625	3769	100
3.2424-3.347	0.3019	138	0.2612	3628	3766	100
3.347-3.4666	0.2671	142	0.2215	3626	3768	100
3.4666-3.6054	0.2731	141	0.1925	3622	3763	100
3.6054-3.7694	0.2199	139	0.1791	3639	3778	100
3.7694-3.9681	0.2152	140	0.166	3613	3753	100
3.9681-4.2166	0.2173	134	0.1662	3607	3741	100
4.2166-4.5419	0.1777	147	0.1325	3629	3776	100
4.5419-4.9986	0.1701	141	0.1306	3654	3795	100
4.9986-5.721	0.2428	140	0.175	3611	3751	100
5.721-7.2043	0.2732	141	0.2066	3641	3782	100
7.2043-49.5042	0.1865	140	0.1704	3604	3744	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7885	2.2285	1.6124	3.0195	2.3112	3.1789	0.1952	0.1863	0.0719	-0.2656	0.0436	0.1128	-0.5143	0.1096	-0.1212	0.4767	0.0303	0.0152	0.466	-0.0253	0.4568	7.8099	5.2206	21.0813
2	1.9452	1.3865	-2.5508	4.6798	-1.281	5.0918	0.2303	1.0078	0.2752	-0.8581	-0.1036	0.6045	0.5146	-0.0495	-0.0118	0.497	0.0235	-0.0954	0.4597	-0.0891	0.4773	2.2245	-3.6039	14.2093
3	3.6709	0.6681	2.2527	1.1037	-0.9688	2.7253	-0.1414	-0.1539	0.2016	0.0657	0.1237	-0.0128	-0.2107	0.1465	0.0385	0.4258	0.0049	0.0199	0.4216	-0.0761	0.4265	11.1711	-3.2008	25.846
4	1.8256	-0.519	-0.7324	2.8014	0.3926	2.4926	0.0624	-0.1205	0.1535	-0.114	0.0632	-0.3651	0.1104	0.0092	0.0165	0.5674	-0.0375	-0.0226	0.5791	-0.0511	0.5503	9.0246	-11.9239	26.6075
5	3.7948	0.024	-4.9717	1.3578	-0.1316	6.0426	-0.212	0.6808	-0.9629	-0.09	-0.1505	0.0592	0.4091	-0.8714	0.2037	0.6284	-0.0081	0.0028	0.8209	-0.1289	0.7629	-0.3357	-9.3485	20.7541
6	5.8295	-1.8463	-2.1027	2.7633	1.5003	3.077	0.1867	0.1087	0.0546	0.1067	-0.1698	-0.057	0.1083	-0.7157	0.0102	0.4423	-0.0299	-0.0031	0.6808	0.0046	0.499	1.4697	-10.4623	25.2086
7	5.7765	0.0798	-2.8204	6.2051	-1.9633	1.9321	0.7486	-1.3055	-0.3324	0.7799	-0.3417	-0.8395	0.4587	2.1725	0.0559	0.6202	-0.0437	-0.1021	0.75	0.1138	0.5968	28.3204	-13.218	48.9434
8	3.2957	-0.3249	0.2537	3.96	-2.3295	3.0887	-0.1981	0.2347	0.7518	-0.3873	-0.0813	-0.1198	0.0869	0.0122	0.4319	0.443	0.0195	-0.0003	0.4284	0.0228	0.3801	24.199	-7.296	38.1681
9	3.819	2.3414	1.3157	3.2143	3.1395	4.0342	0.1962	-0.3061	-0.7674	0.1262	-0.6915	-1.1272	0.3586	-0.5274	0.4967	0.6658	-0.0138	0.1364	0.5368	0.0209	0.589	20.6946	-20.1853	51.0971
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59	9.5916	1.182	-1.5429	4.6544	1.5392	9.5425	-0.4245	1.3124	1.5823	0.1859	0.2476	0.9137	-1.5133	-0.4215	0.2205	1.0429	0.0289	-0.0845	0.5062	0.0883	0.6059	23.9932	33.5707	-17.8487
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82	1.4723	-0.1255	0.8685	3.22	2.8749	3.1774	-0.4039	-0.5932	1.9108	-1.1353	-0.4176	-0.386	1.7908	-0.2728	-0.9792	2.0273	-0.7278	0.6099	0.7917	0.3107	2.749	61.1636	11.1259	-1.3866
83	0.7756	-1.7068	0.9898	5.6012	-1.0779	1.8601	0.6084	0.0146	0.5125	-1.6907	0.5947	0.148	0.5821	-0.4557	0.1825	2.4519	-0.5929	0.6961	1.3526	0.2808	2.0796	59.7435	17.5104	-9.3475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 27 )	A	6 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 43 )	A	28 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 89 )	A	44 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 109 )	A	90 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 110 through 121 )	A	110 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 122 through 149 )	A	122 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 5 through 16 )	B	5 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 27 )	B	17 - 27
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 28 through 36 )	B	28 - 36
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 37 through 81 )	B	37 - 81
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 82 through 89 )	B	82 - 89
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 90 through 109 )	B	90 - 109
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 110 through 121 )	B	110 - 121
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 122 through 135 )	B	122 - 135
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 136 through 149 )	B	136 - 149
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 5 through 27 )	C	5 - 27
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 28 through 43 )	C	28 - 43
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 44 through 52 )	C	44 - 52
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 53 through 81 )	C	53 - 81
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 82 through 90 )	C	82 - 90
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 91 through 121 )	C	91 - 121
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 122 through 148 )	C	122 - 148
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 4 through 16 )	D	4 - 16
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 17 through 27 )	D	17 - 27
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 28 through 36 )	D	28 - 36
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 37 through 81 )	D	37 - 81
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 82 through 89 )	D	82 - 89
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 90 through 97 )	D	90 - 97
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 98 through 109 )	D	98 - 109
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 110 through 121 )	D	110 - 121
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 122 through 135 )	D	122 - 135
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 136 through 149 )	D	136 - 149
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 5 through 16 )	E	5 - 16
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 17 through 27 )	E	17 - 27
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 28 through 36 )	E	28 - 36
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 37 through 82 )	E	37 - 82
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 83 through 96 )	E	83 - 96
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 97 through 135 )	E	97 - 135
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 136 through 150 )	E	136 - 150
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 5 through 16 )	F	5 - 16
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 17 through 27 )	F	17 - 27
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 28 through 43 )	F	28 - 43
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 44 through 62 )	F	44 - 62
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 63 through 82 )	F	63 - 82
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 83 through 97 )	F	83 - 97
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 98 through 109 )	F	98 - 109
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 110 through 121 )	F	110 - 121
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 122 through 150 )	F	122 - 150
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 2 through 14 )	G	2 - 14
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 15 through 37 )	G	15 - 37
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 38 through 50 )	G	38 - 50
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 51 through 73 )	G	51 - 73
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 2 through 19 )	H	2 - 19
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 20 through 29 )	H	20 - 29
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 30 through 35 )	H	30 - 35
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 36 through 49 )	H	36 - 49
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 50 through 55 )	H	50 - 55
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 56 through 64 )	H	56 - 64
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 65 through 76 )	H	65 - 76
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resid 0 through 20 )	I	0 - 20
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 21 through 49 )	I	21 - 49
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 50 through 75 )	I	50 - 75
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'J' and (resid 2 through 14 )	J	2 - 14
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'J' and (resid 15 through 21 )	J	15 - 21
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resid 22 through 37 )	J	22 - 37
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resid 38 through 49 )	J	38 - 49
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'J' and (resid 50 through 55 )	J	50 - 55
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resid 56 through 64 )	J	56 - 64
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'J' and (resid 65 through 74 )	J	65 - 74
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'K' and (resid 0 through 4 )	K	0 - 4
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'K' and (resid 5 through 14 )	K	5 - 14
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'K' and (resid 15 through 19 )	K	15 - 19
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'K' and (resid 20 through 35 )	K	20 - 35
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'K' and (resid 36 through 49 )	K	36 - 49
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'K' and (resid 50 through 55 )	K	50 - 55
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'K' and (resid 56 through 64 )	K	56 - 64
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'K' and (resid 65 through 76 )	K	65 - 76
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'L' and (resid 3 through 19 )	L	3 - 19
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'L' and (resid 20 through 35 )	L	20 - 35
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81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'L' and (resid 50 through 55 )	L	50 - 55
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'L' and (resid 56 through 64 )	L	56 - 64
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'L' and (resid 65 through 72 )	L	65 - 72

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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