PDB-6n3f: Structure of HIV Tat-specific factor 1 U2AF Homology Motif bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n3f

タイトル

Structure of HIV Tat-specific factor 1 U2AF Homology Motif bound to SF3b1 ULM5

要素

HIV Tat-specific factor 1
SF3b1 U2AF ligand motif

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / HIV Tat-specific factor 1 / TAT-SF1 / RNA SPLICING FACTOR / U2AF HOMOLOGY MOTIF / UHM / RNA BINDING PROTEIN / U2AF LIGAND MOTIF / ULM / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / PRE-MRNA SPLICING FACTOR / Sf3b1

機能・相同性

機能・相同性情報

U11/U12 snRNP / chromatin-protein adaptor activity / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / protein localization to site of double-strand break / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.099 Å

データ登録者

Leach, J.R. / Jenkins, J.L. / Kielkopf, C.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	GM117005	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	GM070503	米国

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: The pre-mRNA splicing and transcription factor Tat-SF1 is a functional partner of the spliceosome SF3b1 subunit via a U2AF homology motif interface.
著者: Loerch, S. / Leach, J.R. / Horner, S.W. / Maji, D. / Jenkins, J.L. / Pulvino, M.J. / Kielkopf, C.L.

履歴

登録	2018年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n3f.cif.gz	134.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n3f.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n3f_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n3f_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	6n3f_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	6n3f_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/6n3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/6n3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n3dC 6n3eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cse-d 5yxk-2 5os9-d 2c0g-2 1gy1-d 3sfj-d 2qaz-2 1tjc-d 3g8k-d 2j43-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV Tat-specific factor 1

C: HIV Tat-specific factor 1

D: SF3b1 U2AF ligand motif

ヘテロ分子

23.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.319, 58.710, 125.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HIV Tat-specific factor 1 / Tat-SF1 分子量: 11217.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTATSF1 / プラスミド: pGEX-6p / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43719
#2: タンパク質・ペプチド	SF3b1 U2AF ligand motif 分子量: 563.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 15% PEG 8000, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.099→37.314 Å / Num. obs: 37604 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 33.59 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.16	5	0.65	1591	0.999	0.361	0.753	97
8.91-37.314	4.9	0.034	268	1	0.017	0.038	88.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_3051	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.099→37.314 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	3675	9.77 %
R_work	0.1751	-	-
obs	0.1794	37604	97.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.1 Å² / B_iso mean: 48.211 Å² / B_iso min: 20.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.099→37.314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1601	0	31	151	1783
B_iso mean	-	-	91.16	46.68	-
残基数	-	-	-	-	193

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0994-2.127	0.2972	135	0.2959	1226	1361	92
2.127-2.1561	0.3155	137	0.2568	1282	1419	98
2.1561-2.1869	0.2856	150	0.2464	1355	1505	97
2.1869-2.2196	0.2663	141	0.2194	1304	1445	98
2.2196-2.2542	0.2858	145	0.216	1313	1458	97
2.2542-2.2912	0.2426	141	0.2286	1297	1438	97
2.2912-2.3307	0.2631	147	0.2143	1331	1478	98
2.3307-2.3731	0.2446	135	0.1932	1272	1407	97
2.3731-2.4187	0.2507	138	0.1937	1318	1456	98
2.4187-2.4681	0.2353	143	0.2019	1295	1438	96
2.4681-2.5217	0.2749	143	0.2095	1273	1416	95
2.5217-2.5804	0.2865	144	0.2044	1339	1483	98
2.5804-2.6449	0.2473	143	0.2093	1290	1433	98
2.6449-2.7164	0.2276	140	0.1936	1334	1474	98
2.7164-2.7963	0.2506	147	0.1974	1333	1480	98
2.7963-2.8865	0.261	142	0.1896	1321	1463	98
2.8865-2.9896	0.2088	137	0.1923	1312	1449	98
2.9896-3.1093	0.2272	139	0.1895	1302	1441	96
3.1093-3.2507	0.2312	138	0.1785	1280	1418	95
3.2507-3.422	0.196	139	0.1742	1310	1449	98
3.422-3.6362	0.2327	144	0.1493	1324	1468	98
3.6362-3.9167	0.1859	142	0.1497	1326	1468	98
3.9167-4.3103	0.1788	138	0.133	1299	1437	98
4.3103-4.9328	0.1477	145	0.1276	1303	1448	96
4.9328-6.2102	0.204	136	0.1489	1336	1472	99
6.2102-37.3196	0.1994	146	0.1751	1254	1400	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0831	0.3076	0.7004	1.4454	-0.4012	0.7176	-0.1924	0.0712	-0.1619	-0.3864	-0.3594	-0.3023	0.8087	0.3393	-0	0.4059	0.0552	0.0858	0.3458	0.0703	0.343	7.3734	-8.7121	-40.6408
2	0.9842	-0.1291	-0.1582	0.6152	-0.0554	1.4399	0.1699	-0.7864	-0.6777	1.4837	-0.1971	0.659	-0.5508	0.1167	-0.0205	0.6951	-0.0203	0.2055	0.3671	0.0045	0.5134	-2.7114	-16.2521	-21.411
3	0.7891	-0.1926	0.8672	0.6808	-0.7854	1.4702	0.3273	-0.3719	-0.1859	0.7995	0.0297	0.9097	-0.2998	-0.2446	0.0011	0.5833	0.0187	0.2595	0.4066	0.0537	0.639	-7.4634	-6.4734	-24.9648
4	1.269	-0.1334	-0.6856	0.3924	-0.0399	0.4015	0.3902	0.2372	0.2688	0.5041	-0.0806	0.9389	-0.47	-0.0435	0.0078	0.3521	-0.0047	0.0344	0.3224	0.0259	0.3904	-3.244	-5.6252	-36.1074
5	0.5211	-0.3715	-0.5104	1.7538	-0.8236	3.6638	0.0815	0.1033	0.092	0.169	-0.1291	0.2919	-0.0846	0.259	0	0.322	-0.0019	0.0416	0.259	0.01	0.2819	3.1969	-6.7254	-34.1832
6	3.5371	1.3984	-1.2029	2.9358	-1.9338	1.3003	0.453	-0.5948	-0.1125	0.388	-0.6938	-0.3476	-0.0821	-0.0036	0.0003	0.5925	-0.1097	0.0303	0.4163	0.0421	0.3577	6.3804	-12.0271	-29.251
7	0.2855	0.4346	-1.0566	2.1072	-0.973	4.1886	-0.292	-0.1586	0.6865	0.4328	-0.3562	1.1845	0.2747	-2.3562	0.0164	0.2815	0.0469	0.0336	0.5796	-0.1702	0.4102	10.0895	-2.3293	16.2277
8	1.2148	-0.8708	0.3085	0.8173	-0.09	0.4243	-0.2129	0.0755	-0.2346	-0.1881	-0.0127	0.2001	-0.1055	-0.1927	-0.0003	0.1952	-0.0112	0.0102	0.4116	-0.0019	0.3467	5.186	-12.7679	-4.8063
9	3.9526	-1.3783	-0.4743	1.6507	-1.1243	2.31	-0.1318	0.8124	-0.4668	-0.2026	0.3799	-0.0426	-0.0912	0.1272	0.0003	0.2491	-0.0203	0.0272	0.4204	-0.0566	0.2878	15.4296	-13.5074	-7.5969
10	0.7924	0.2836	0.2024	2.1911	1.0962	1.1197	-0.2835	0.0917	0.0521	-0.5767	0.2455	-0.0748	-0.183	0.3052	-0.0121	0.2343	0.0328	-0.0065	0.3229	-0.0546	0.2885	16.6693	-8.8815	4.2653
11	1.0232	-0.383	-0.4121	0.566	-0.1453	1.387	-0.0449	0.3099	-0.2141	0.0756	0.2174	-0.0026	0.0066	-0.0004	0	0.211	0.0023	-0.0124	0.2821	-0.0184	0.2356	8.6151	-12.1414	2.5606
12	0.5222	0.2384	0.3292	0.3185	0.3162	0.3375	-0.2733	0.2993	0.1753	-0.5289	0.0828	0.106	-0.8795	0.3727	-0	0.3949	0.0218	-0.0901	0.2996	0.0065	0.299	12.507	2.1099	4.3855
13	2.6787	1.9803	1.4104	2.2499	1.7601	1.3985	-0.8324	0.7352	0.7067	-0.9431	0.6957	0.0791	-1.0512	0.6665	-0.0092	0.604	-0.0163	-0.1259	0.4105	0.0776	0.4894	5.5981	-3.2403	-9.011
14	0.7752	0.4562	0.0087	0.4965	0.3043	0.3902	0.0486	-0.452	0.1295	-0.0081	-0.2223	0.414	0.0678	-0.6214	0	0.3064	0.0401	-0.0379	0.4867	-0.0482	0.3647	3.2215	-9.3917	7.7602
15	8.5065	-7.3502	-1.5682	6.3511	1.3549	0.2893	0.2173	0.2232	2.0511	-0.1174	-0.8743	-1.0238	-0.2187	1.4092	0.5067	1.3698	-0.3186	-0.1478	1.0738	0.0806	0.6838	12.8532	-4.8109	-11.8883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 259 through 269 )	A	259 - 269
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 270 through 277 )	A	270 - 277
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 278 through 297 )	A	278 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 298 through 307 )	A	298 - 307
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 308 through 332 )	A	308 - 332
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 333 through 353 )	A	333 - 353
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 260 through 264 )	C	260 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 265 through 277 )	C	265 - 277
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 278 through 297 )	C	278 - 297
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 298 through 306 )	C	298 - 306
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 307 through 321 )	C	307 - 321
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 322 through 332 )	C	322 - 332
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 333 through 342 )	C	333 - 342
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 343 through 353 )	C	343 - 353
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 336 through 339 )	D	336 - 339

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)