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万見
- PDB-6n2p: Helical assembly of the CARD9 CARD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n2p
タイトルHelical assembly of the CARD9 CARD
要素Caspase recruitment domain-containing protein 9
キーワードSIGNALING PROTEIN / CARD / filament / helical assembly / death domain / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-2 production / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / response to peptidoglycan / antifungal innate immune response / CARD domain binding / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neutrophil mediated immunity / positive regulation of innate immune response / positive regulation of T-helper 17 type immune response ...regulation of interleukin-2 production / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / response to peptidoglycan / antifungal innate immune response / CARD domain binding / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / neutrophil mediated immunity / positive regulation of innate immune response / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of macrophage cytokine production / response to aldosterone / : / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-17 production / response to muramyl dipeptide / immunoglobulin mediated immune response / signaling adaptor activity / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of cytokine production / positive regulation of JNK cascade / NOD1/2 Signaling Pathway / protein homooligomerization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / defense response to virus / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CARD9, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Holliday, M.J. / Rohou, A. / Arthur, C.P. / Dueber, E.C. / Fairbrother, W.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of autoinhibited and polymerized forms of CARD9 reveal mechanisms of CARD9 and CARD11 activation.
著者: Michael J Holliday / Axel Witt / Alejandro Rodríguez Gama / Benjamin T Walters / Christopher P Arthur / Randal Halfmann / Alexis Rohou / Erin C Dueber / Wayne J Fairbrother /
要旨: CARD9 and CARD11 drive immune cell activation by nucleating Bcl10 polymerization, but are held in an autoinhibited state prior to stimulation. Here, we elucidate the structural basis for this ...CARD9 and CARD11 drive immune cell activation by nucleating Bcl10 polymerization, but are held in an autoinhibited state prior to stimulation. Here, we elucidate the structural basis for this autoinhibition by determining the structure of a region of CARD9 that includes an extensive interface between its caspase recruitment domain (CARD) and coiled-coil domain. We demonstrate, for both CARD9 and CARD11, that disruption of this interface leads to hyperactivation in cells and to the formation of Bcl10-templating filaments in vitro, illuminating the mechanism of action of numerous oncogenic mutations of CARD11. These structural insights enable us to characterize two similar, yet distinct, mechanisms by which autoinhibition is relieved in the course of canonical CARD9 or CARD11 activation. We also dissect the molecular determinants of helical template assembly by solving the structure of the CARD9 filament. Taken together, these findings delineate the structural mechanisms of inhibition and activation within this protein family.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9332
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9332
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase recruitment domain-containing protein 9
B: Caspase recruitment domain-containing protein 9
C: Caspase recruitment domain-containing protein 9
D: Caspase recruitment domain-containing protein 9
E: Caspase recruitment domain-containing protein 9
F: Caspase recruitment domain-containing protein 9
G: Caspase recruitment domain-containing protein 9
H: Caspase recruitment domain-containing protein 9
I: Caspase recruitment domain-containing protein 9
J: Caspase recruitment domain-containing protein 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,51910
ポリマ－173,51910
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12790 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area44960 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 10 / Rise per n subunits: 5.11 Å / Rotation per n subunits: -101.6 °)

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要素

#1: タンパク質
Caspase recruitment domain-containing protein 9 / hCARD9


分子量: 17351.873 Da / 分子数: 10 / 変異: I107E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARD9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H257

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helical assembly of the CARD9 CARD. / タイプ: COMPLEX
詳細: Formed from CARD9 2-152 dimer with an I107E mutation, purified with 1:1 Zn. 1 mM EDTA was added to 0.5 mM protein, followed by 10 minute incubation at 25C.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 34.0 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
30.5 mMTCEPC9H15O6P1
40.5 mMZincZn1
51 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 8.67 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Formed from CARD9 2-152 dimer with an I107E mutation, purified with 1:1 Zn. 1 mM EDTA was added to 0.5 mM protein, followed by 10 minute incubation at 25C. Sample was subsequently diluted 1:5 ...詳細: Formed from CARD9 2-152 dimer with an I107E mutation, purified with 1:1 Zn. 1 mM EDTA was added to 0.5 mM protein, followed by 10 minute incubation at 25C. Sample was subsequently diluted 1:5 before adding to grid.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Sample was incubated on the grid for 1 minute, subsequently washed/blotted 6 times in buffer, followed by addition of 3.5 ul buffer, which was blotted by vitrobot for 5 seconds prior to plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4403 / 詳細: Collected in movie-mode at 4 frames per second
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2粒子像選択Filaments were manually selected using e2helixboxer.py.
2RELION2.1粒子像選択Segments were extracted from filaments using RELION.
3SerialEM画像取得
5CTFFINDCTF補正CTFfind was used, implemented in cisTEM 1.0.0.
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11Cootモデル精密化
12RELION2.1初期オイラー角割当
13FREALIGN初期オイラー角割当Frealign, as implemented by cisTEM 1.0.0.
14FREALIGN9.11最終オイラー角割当
15FREALIGN9.11分類
16FREALIGN9.11３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -101.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.11 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 141592
詳細: Filaments were manually selected using e2helixboxer.py. Segments were extracted from filaments using RELION, using a 30 A shift between particles.
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31908
詳細: A 5.0 A high-resolution limit was used for particle alignment in frealign.
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: "Fit in map" in UCSF Chimera was used to fit the previously determined, lowest energy NMR solution structure (PDB ID 6E26) into the sharpened density and to generate 9 symmetry-mates ...詳細: "Fit in map" in UCSF Chimera was used to fit the previously determined, lowest energy NMR solution structure (PDB ID 6E26) into the sharpened density and to generate 9 symmetry-mates according to the determined helical parameters. The map was then iteratively refined in Phenix and Coot, maintaining strict non-crystallographic symmetry among the CARDs.
原子モデル構築PDB-ID: 6.0E+26 / PDB chain-ID: A / Accession code: 6.0E+26 / Pdb chain residue range: 8-95 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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