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万見
- PDB-4q0c: 3.1 A resolution crystal structure of the B. pertussis BvgS perip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q0c
タイトル3.1 A resolution crystal structure of the B. pertussis BvgS periplasmic domain
要素Virulence sensor protein BvgS
キーワードTRANSFERASE / Bacterial extracellular solute-binding proteins / family 3 / venus fly trap / periplasmic binding protein / sensor domain / virulence regulation / environmental signals / signal perception
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF ...: / : / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Periplasmic binding protein-like II / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Virulence sensor protein BvgS
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Dupre, E. / Herrou, J. / Lensink, M.F. / Wintjens, R. / Lebedev, A. / Crosson, S. / Villeret, V. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Virulence Regulation with Venus Flytrap Domains: Structure and Function of the Periplasmic Moiety of the Sensor-Kinase BvgS.
著者: Dupre, E. / Herrou, J. / Lensink, M.F. / Wintjens, R. / Vagin, A. / Lebedev, A. / Crosson, S. / Villeret, V. / Locht, C. / Antoine, R. / Jacob-Dubuisson, F.
履歴
登録2014年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence sensor protein BvgS
B: Virulence sensor protein BvgS
C: Virulence sensor protein BvgS
D: Virulence sensor protein BvgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,4204
ポリマ－256,4204
非ポリマー00
水00
1
A: Virulence sensor protein BvgS
B: Virulence sensor protein BvgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2102
ポリマ－128,2102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area38860 Å2
手法PISA
2
C: Virulence sensor protein BvgS
D: Virulence sensor protein BvgS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2102
ポリマ－128,2102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area38810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.450, 285.820, 128.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Virulence sensor protein BvgS


分子量: 64105.113 Da / 分子数: 4 / 断片: periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GB1-tag and C-terminal His-tag / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 株: TohamaI / 遺伝子: BP1877, bvgS, bvgS (BP1877) / プラスミド: pGEV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: P16575, histidine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM Sodium Acetate (pH 4.6), 1.6 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月16日
放射モノクロメーター: Bruker AXS Microstar optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 316034 / Num. obs: 48847 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 11.89
反射 シェル解像度: 3.1→3.19 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MPK

3mpk


解像度: 3.1→19.989 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 2000 4.1 %
Rwork0.1807 --
obs0.1833 48795 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15649 0 0 0 15649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01115981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45221820
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8145728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082854
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1003-3.17760.32891330.26993092X-RAY DIFFRACTION93
3.1776-3.26310.29781400.23933299X-RAY DIFFRACTION100
3.2631-3.35870.31041410.22133292X-RAY DIFFRACTION100
3.3587-3.46660.29671420.21213339X-RAY DIFFRACTION100
3.4666-3.58980.29341420.20653320X-RAY DIFFRACTION100
3.5898-3.73260.26441420.1983303X-RAY DIFFRACTION100
3.7326-3.90130.28681410.19073312X-RAY DIFFRACTION100
3.9013-4.10530.2371440.17223364X-RAY DIFFRACTION100
4.1053-4.36010.21931430.15753339X-RAY DIFFRACTION100
4.3601-4.69270.19711420.14573351X-RAY DIFFRACTION100
4.6927-5.15760.20981460.14893395X-RAY DIFFRACTION100
5.1576-5.88710.22891450.16993398X-RAY DIFFRACTION100
5.8871-7.35520.22791470.17893440X-RAY DIFFRACTION100
7.3552-19.98920.18791520.14753551X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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