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万見
- PDB-6n1o: Oxidized rat cytochrome c mutant (S47E) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1o
タイトルOxidized rat cytochrome c mutant (S47E)
要素Cytochrome c, somatic
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidative phosphorylation / cytochrome / phosphomimetic / stability
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Respiratory electron transport / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to carbon monoxide / Cytoprotection by HMOX1 ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Respiratory electron transport / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes / response to carbon monoxide / Cytoprotection by HMOX1 / apoptosome / positive regulation of cellular respiration / Regulation of the apoptosome activity / negative regulation of hydrogen peroxide biosynthetic process / response to gravity / glial cell apoptotic process / response to copper ion / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / hydrogen peroxide metabolic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / response to ischemia / mitochondrial intermembrane space / response to oxidative stress / electron transfer activity / apoptotic process / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXACYANOFERRATE(3-) / HEME C / Cytochrome c, somatic
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Huttemann, M. / Edwards, B.F.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM1166807 米国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2019
タイトル: Serine-47 phosphorylation of cytochromecin the mammalian brain regulates cytochromecoxidase and caspase-3 activity.
著者: Kalpage, H.A. / Vaishnav, A. / Liu, J. / Varughese, A. / Wan, J. / Turner, A.A. / Ji, Q. / Zurek, M.P. / Kapralov, A.A. / Kagan, V.E. / Brunzelle, J.S. / Recanati, M.A. / Grossman, L.I. / ...著者: Kalpage, H.A. / Vaishnav, A. / Liu, J. / Varughese, A. / Wan, J. / Turner, A.A. / Ji, Q. / Zurek, M.P. / Kapralov, A.A. / Kagan, V.E. / Brunzelle, J.S. / Recanati, M.A. / Grossman, L.I. / Sanderson, T.H. / Lee, I. / Salomon, A.R. / Edwards, B.F.P. / Huttemann, M.
履歴
登録2018年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c, somatic
B: Cytochrome c, somatic
C: Cytochrome c, somatic
D: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,60314
ポリマ－46,1574
非ポリマー3,44610
水6,251347
1
A: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4945
ポリマ－11,5391
非ポリマー9554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5824
ポリマ－11,5391
非ポリマー1,0423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3703
ポリマ－11,5391
非ポリマー8302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3703
ポリマ－11,5391
非ポリマー8302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Cytochrome c, somatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1582
ポリマ－11,5391
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.705, 52.357, 61.819
Angle α, β, γ (deg.)109.890, 92.660, 91.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 104 / Label seq-ID: 1 - 104

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome c, somatic


分子量: 11539.329 Da / 分子数: 4 / 変異: S48E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cycs / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62898
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-FC6 / HEXACYANOFERRATE(3-) / FERRI(III)HEXACYANIDE


分子量: 211.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6FeN6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 % / 解説: 0.1mm x 0.1 mm hexagons
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: JBS7D5: 47% MPD, 2% tert Butanol / PH範囲: 5.5-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月27日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→58.04 Å / Num. obs: 56969 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.72.10.296134360.8620.2630.39894.9
3.8-58.042.20.03739230.9950.0320.04997.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.11 Å49.2 Å
Translation2.11 Å49.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5c0z.pdb

5c0z


解像度: 1.55→58.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 3.056 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1924 2880 5.1 %RANDOM
Rwork0.1661 ---
obs0.1675 54088 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.95 Å2 / Biso mean: 24.392 Å2 / Biso min: 5.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å2-1.74 Å2-0.42 Å2
2--0.22 Å2-0.46 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→58.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3240 0 232 347 3819
Biso mean--16.19 33.21 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133570
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3441.7874840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4411.6527762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0325412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.28924.444144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85315656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg34.193158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02684
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A32250.07
12B32250.07
21A31990.09
22C31990.09
31A31860.08
32D31860.08
41B32330.08
42C32330.08
51B32300.07
52D32300.07
61C32510.07
62D32510.07
LS精密化 シェル解像度: 1.552→1.593 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 231 -
Rwork0.279 3929 -
all-4160 -
obs--94.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18180.72380.10722.59390.23032.68350.0238-0.05160.0040.0914-0.0585-0.022-0.07130.0130.03460.01660.01740.00860.04090.02750.03619.90215.2357.577
22.22040.1426-0.32473.0083-0.50673.0264-0.10360.11780.0202-0.15250.07380.03990.0855-0.11330.02970.01730.00080.00580.0390.02640.033.6951.116-20.199
32.19680.68530.0773.33730.20872.1979-0.01530.0424-0.1144-0.06450.0144-0.15080.1567-0.0690.00090.03530.01030.00270.04050.03330.0622-4.999-17.768-5.047
42.39810.55710.23272.04570.05193.01810.0448-0.11290.01720.09-0.02430.0097-0.0305-0.0344-0.02050.02690.0020.0050.05030.04150.04929.896-3.43922.197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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