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- PDB-6n1m: Crystal structure of Fumarate hydratase class II from Legionella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1m
タイトルCrystal structure of Fumarate hydratase class II from Legionella pneumophila Philadelphia 1
要素Fumarate hydratase class II
キーワードLYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) ...Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fumarate hydratase class II
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Fumarate hydratase class II from Legionella pneumophila Philadelphia 1
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8306
ポリマ－51,4521
非ポリマー3785
水8,791488
1
A: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子

A: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子

A: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子

A: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,32024
ポリマ－205,8074
非ポリマー1,51320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area31700 Å2
ΔGint-295 kcal/mol
Surface area56650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.230, 122.080, 128.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-694-

HOH

21A-784-

HOH

31A-825-

HOH

41A-828-

HOH

51A-981-

HOH

61A-1013-

HOH

71A-1034-

HOH

81A-1078-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fumarate hydratase class II / Fumarase C / Aerobic fumarase / Iron-independent fumarase


分子量: 51451.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: fum, fumC, lpg2937 / プラスミド: LepnA.01128.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZRE5, fumarate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Micolytic MCSG1 screen, D1: 200mM Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 100mM BisTris/HCl pH 6.5: LepnA.01128.a.B1.PS38406 at 17.9mg/ml: cryo: 20% EG: tray 299629d1: puck idj7-6.a

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→44.284 Å / Num. obs: 66283 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.534 % / Biso Wilson estimate: 22.441 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.036 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 32.36 / Num. measured all: 499400 / Scaling rejects: 54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.593.0330.3683.1743730.840.44489.5
1.59-1.634.8260.314.8147590.9450.34899.7
1.63-1.685.2140.2666.0346160.9630.296100
1.68-1.735.4990.2297.0645230.9740.253100
1.73-1.795.7530.1828.7743630.9840.201100
1.79-1.856.0360.15110.942490.9890.165100
1.85-1.926.3010.12413.5640550.9930.135100
1.92-26.6010.10216.6739530.9950.111100
2-2.096.8650.07622.7637940.9970.082100
2.09-2.197.1020.0629.3236110.9980.065100
2.19-2.317.7960.0537.4934470.9990.05399.9
2.31-2.458.4880.04344.5932710.9990.04699.9
2.45-2.629.150.0448.7830690.9990.042100
2.62-2.839.8410.03459.07289710.036100
2.83-3.110.9020.0368.82264310.031100
3.1-3.4713.1920.02585.62241810.026100
3.47-414.4390.021103.99213010.022100
4-4.914.3870.018112.32182910.019100
4.9-6.9314.0750.021101.22143910.022100
6.93-44.28412.8970.017110.8284410.01899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3304)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3tv2 as per MORDA

3tv2


解像度: 1.55→44.284 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1649 1962 2.96 %0
Rwork0.1433 ---
obs0.144 66275 99.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.64 Å2 / Biso mean: 21.7406 Å2 / Biso min: 5.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→44.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 22 502 4055
Biso mean--47.7 32.94 -
残基数----466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.985113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8632278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.58880.24571000.23174117421789
1.5888-1.63170.21121310.17314551468299
1.6317-1.67980.17111330.164945874720100
1.6798-1.7340.19261390.158245974736100
1.734-1.7960.19551510.1545884739100
1.796-1.86790.17021350.14646004735100
1.8679-1.95290.17641310.14545864717100
1.9529-2.05580.18031540.149845714725100
2.0558-2.18460.16251250.139546674792100
2.1846-2.35330.1721490.137346074756100
2.3533-2.59010.18231490.144646554804100
2.5901-2.96480.16331170.141746724789100
2.9648-3.73510.14021910.132146574848100
3.7351-44.30220.14921570.13248585015100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4818-0.6523-0.8761.76710.9911.4328-0.00270.2495-0.1945-0.1732-0.07240.32490.1696-0.28810.07180.1929-0.0312-0.05690.2183-0.04460.2039-0.435-16.998132.3806
21.0857-0.2553-0.31040.7410.55611.24620.01940.1414-0.0977-0.08620.1103-0.09510.15760.1975-0.07660.13320.0227-0.0070.1628-0.07170.130915.6891-16.864135.1647
30.2851-0.1718-0.08550.72090.29830.83810.00560.02150.0662-0.01650.0993-0.1009-0.17360.2433-0.09580.1067-0.06270.02680.1628-0.03340.135817.877614.313358.1317
41.1193-0.0014-0.59990.72980.1791.1121-0.01580.1419-0.14810.02290.1632-0.17920.26580.3931-0.05540.12430.0754-0.0330.2639-0.09970.158924.0127-17.595950.1726
50.6954-0.5561-0.02542.6689-0.0980.87930.05020.08060.1197-0.19710.02140.084-0.26660.0357-0.05670.1531-0.03020.0190.10240.00020.11555.382720.472955.2901
60.3424-0.15260.06031.5891-0.17070.95030.03210.03560.009-0.0540.0244-0.0056-0.03320.0969-0.04690.0428-0.00780.00270.0889-0.01830.08566.73121.197553.5827
70.5296-0.398-0.2561.68871.82483.134-0.0992-0.12050.2190.02120.1559-0.0961-0.33470.2243-0.05910.3722-0.06280.02030.171-0.03770.27189.749539.828172.7959
81.3820.57220.121.31080.55970.9316-0.2159-0.00940.6513-0.20690.2878-0.3756-0.47120.1609-0.04410.4828-0.09390.00230.2106-0.07060.426814.679746.552676.8598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 41 )A-2 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 143 )A42 - 143
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 144 through 222 )A144 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 223 through 271 )A223 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 272 through 327 )A272 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 328 through 386 )A328 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 387 through 431 )A387 - 431
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 432 through 463 )A432 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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