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- PDB-6n1d: X-ray Crystal complex showing Spontaneous Ribosomal Translocation... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1d
タイトルX-ray Crystal complex showing Spontaneous Ribosomal Translocation of mRNA and tRNAs into a Chimeric Hybrid State
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5s rRNA
  • A tRNA
  • P-tRNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 ...IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Noller, H.F. / Donohue, J.P. / Lancaster, L. / Zhou, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM118156 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Spontaneous ribosomal translocation of mRNA and tRNAs into a chimeric hybrid state.
著者: Zhou, J. / Lancaster, L. / Donohue, J.P. / Noller, H.F.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年7月3日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A16S: 16S rRNA
A23S: 23S rRNA
A5S: 5s rRNA
AL01: 50S ribosomal protein L1
AL02: 50S ribosomal protein L2
AL03: 50S ribosomal protein L3
AL04: 50S ribosomal protein L4
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AL06: 50S ribosomal protein L6
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AL13: 50S ribosomal protein L13
AL14: 50S ribosomal protein L14
AL15: 50S ribosomal protein L15
AL16: 50S ribosomal protein L16
AL17: 50S ribosomal protein L17
AL18: 50S ribosomal protein L18
AL19: 50S ribosomal protein L19
AL20: 50S ribosomal protein L20
AL21: 50S ribosomal protein L21
AL22: 50S ribosomal protein L22
AL23: 50S ribosomal protein L23
AL24: 50S ribosomal protein L24
AL25: 50S ribosomal protein L25
AL27: 50S ribosomal protein L27
AL28: 50S ribosomal protein L28
AL29: 50S ribosomal protein L29
AL30: 50S ribosomal protein L30
AL31: 50S ribosomal protein L31
AL32: 50S ribosomal protein L32
AL33: 50S ribosomal protein L33
AL34: 50S ribosomal protein L34
AL35: 50S ribosomal protein L35
AL36: 50S ribosomal protein L36
AMRN: mRNA
APTN: P-tRNA
AS02: 30S ribosomal protein S2
AS03: 30S ribosomal protein S3
AS04: 30S ribosomal protein S4
AS05: 30S ribosomal protein S5
AS06: 30S ribosomal protein S6
AS07: 30S ribosomal protein S7
AS08: 30S ribosomal protein S8
AS09: 30S ribosomal protein S9
AS10: 30S ribosomal protein S10
AS11: 30S ribosomal protein S11
AS12: 30S ribosomal protein S12
AS13: 30S ribosomal protein S13
AS14: 30S ribosomal protein S14 type Z
AS15: 30S ribosomal protein S15
AS16: 30S ribosomal protein S16
AS17: 30S ribosomal protein S17
AS18: 30S ribosomal protein S18
AS19: 30S ribosomal protein S19
AS20: 30S ribosomal protein S20
ATHX: 30S ribosomal protein Thx
B16S: 16S rRNA
B23S: 23S rRNA
B5S: 5s rRNA
BATN: A tRNA
BL01: 50S ribosomal protein L1
BL02: 50S ribosomal protein L2
BL03: 50S ribosomal protein L3
BL04: 50S ribosomal protein L4
BL05: 50S ribosomal protein L5
BL06: 50S ribosomal protein L6
BL09: 50S ribosomal protein L9
BL13: 50S ribosomal protein L13
BL14: 50S ribosomal protein L14
BL15: 50S ribosomal protein L15
BL16: 50S ribosomal protein L16
BL17: 50S ribosomal protein L17
BL18: 50S ribosomal protein L18
BL19: 50S ribosomal protein L19
BL20: 50S ribosomal protein L20
BL21: 50S ribosomal protein L21
BL22: 50S ribosomal protein L22
BL23: 50S ribosomal protein L23
BL24: 50S ribosomal protein L24
BL25: 50S ribosomal protein L25
BL27: 50S ribosomal protein L27
BL28: 50S ribosomal protein L28
BL29: 50S ribosomal protein L29
BL30: 50S ribosomal protein L30
BL31: 50S ribosomal protein L31
BL32: 50S ribosomal protein L32
BL33: 50S ribosomal protein L33
BL34: 50S ribosomal protein L34
BL35: 50S ribosomal protein L35
BL36: 50S ribosomal protein L36
BMRN: mRNA
BPTN: P-tRNA
BS02: 30S ribosomal protein S2
BS03: 30S ribosomal protein S3
BS04: 30S ribosomal protein S4
BS05: 30S ribosomal protein S5
BS06: 30S ribosomal protein S6
BS07: 30S ribosomal protein S7
BS08: 30S ribosomal protein S8
BS09: 30S ribosomal protein S9
BS10: 30S ribosomal protein S10
BS11: 30S ribosomal protein S11
BS12: 30S ribosomal protein S12
BS13: 30S ribosomal protein S13
BS14: 30S ribosomal protein S14 type Z
BS15: 30S ribosomal protein S15
BS16: 30S ribosomal protein S16
BS17: 30S ribosomal protein S17
BS18: 30S ribosomal protein S18
BS19: 30S ribosomal protein S19
BS20: 30S ribosomal protein S20
BTHX: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,451,770472
ポリマ－4,442,341111
非ポリマー9,429361
水00
1
A16S: 16S rRNA
A23S: 23S rRNA
A5S: 5s rRNA
AL01: 50S ribosomal protein L1
AL02: 50S ribosomal protein L2
AL03: 50S ribosomal protein L3
AL04: 50S ribosomal protein L4
AL05: 50S ribosomal protein L5
AL06: 50S ribosomal protein L6
AL09: 50S ribosomal protein L9
AL13: 50S ribosomal protein L13
AL14: 50S ribosomal protein L14
AL15: 50S ribosomal protein L15
AL16: 50S ribosomal protein L16
AL17: 50S ribosomal protein L17
AL18: 50S ribosomal protein L18
AL19: 50S ribosomal protein L19
AL20: 50S ribosomal protein L20
AL21: 50S ribosomal protein L21
AL22: 50S ribosomal protein L22
AL23: 50S ribosomal protein L23
AL24: 50S ribosomal protein L24
AL25: 50S ribosomal protein L25
AL27: 50S ribosomal protein L27
AL28: 50S ribosomal protein L28
AL29: 50S ribosomal protein L29
AL30: 50S ribosomal protein L30
AL31: 50S ribosomal protein L31
AL32: 50S ribosomal protein L32
AL33: 50S ribosomal protein L33
AL34: 50S ribosomal protein L34
AL35: 50S ribosomal protein L35
AL36: 50S ribosomal protein L36
AMRN: mRNA
APTN: P-tRNA
AS02: 30S ribosomal protein S2
AS03: 30S ribosomal protein S3
AS04: 30S ribosomal protein S4
AS05: 30S ribosomal protein S5
AS06: 30S ribosomal protein S6
AS07: 30S ribosomal protein S7
AS08: 30S ribosomal protein S8
AS09: 30S ribosomal protein S9
AS10: 30S ribosomal protein S10
AS11: 30S ribosomal protein S11
AS12: 30S ribosomal protein S12
AS13: 30S ribosomal protein S13
AS14: 30S ribosomal protein S14 type Z
AS15: 30S ribosomal protein S15
AS16: 30S ribosomal protein S16
AS17: 30S ribosomal protein S17
AS18: 30S ribosomal protein S18
AS19: 30S ribosomal protein S19
AS20: 30S ribosomal protein S20
ATHX: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,211,177197
ポリマ－2,207,39855
非ポリマー3,779142
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B16S: 16S rRNA
B23S: 23S rRNA
B5S: 5s rRNA
BATN: A tRNA
BL01: 50S ribosomal protein L1
BL02: 50S ribosomal protein L2
BL03: 50S ribosomal protein L3
BL04: 50S ribosomal protein L4
BL05: 50S ribosomal protein L5
BL06: 50S ribosomal protein L6
BL09: 50S ribosomal protein L9
BL13: 50S ribosomal protein L13
BL14: 50S ribosomal protein L14
BL15: 50S ribosomal protein L15
BL16: 50S ribosomal protein L16
BL17: 50S ribosomal protein L17
BL18: 50S ribosomal protein L18
BL19: 50S ribosomal protein L19
BL20: 50S ribosomal protein L20
BL21: 50S ribosomal protein L21
BL22: 50S ribosomal protein L22
BL23: 50S ribosomal protein L23
BL24: 50S ribosomal protein L24
BL25: 50S ribosomal protein L25
BL27: 50S ribosomal protein L27
BL28: 50S ribosomal protein L28
BL29: 50S ribosomal protein L29
BL30: 50S ribosomal protein L30
BL31: 50S ribosomal protein L31
BL32: 50S ribosomal protein L32
BL33: 50S ribosomal protein L33
BL34: 50S ribosomal protein L34
BL35: 50S ribosomal protein L35
BL36: 50S ribosomal protein L36
BMRN: mRNA
BPTN: P-tRNA
BS02: 30S ribosomal protein S2
BS03: 30S ribosomal protein S3
BS04: 30S ribosomal protein S4
BS05: 30S ribosomal protein S5
BS06: 30S ribosomal protein S6
BS07: 30S ribosomal protein S7
BS08: 30S ribosomal protein S8
BS09: 30S ribosomal protein S9
BS10: 30S ribosomal protein S10
BS11: 30S ribosomal protein S11
BS12: 30S ribosomal protein S12
BS13: 30S ribosomal protein S13
BS14: 30S ribosomal protein S14 type Z
BS15: 30S ribosomal protein S15
BS16: 30S ribosomal protein S16
BS17: 30S ribosomal protein S17
BS18: 30S ribosomal protein S18
BS19: 30S ribosomal protein S19
BS20: 30S ribosomal protein S20
BTHX: 30S ribosomal protein Thx
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,240,593275
ポリマ－2,234,94356
非ポリマー5,650219
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)207.450, 442.870, 613.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 11分子 A16SB16SA23SB23SA5SB5SAMRNBMRNAPTNBPTNBATN

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 492773.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#2: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 937014.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039
#3: RNA鎖 5s rRNA


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#34: RNA鎖 mRNA


分子量: 5562.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#35: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24616.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#56: RNA鎖 A tRNA


分子量: 27544.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 60分子 AL01BL01AL02BL02AL03BL03AL04BL04AL05BL05AL06BL06AL09BL09AL13BL13AL14BL14AL15BL15AL16BL16AL17BL17AL18BL18AL19BL19AL20BL20...

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24741.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J1EJ43
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I07
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I04
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22744.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I05
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20944.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I16
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I19
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16436.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72GV5
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72IN1
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I14
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I23
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15977.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I11
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I33
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12508.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I20
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17217.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72JU9
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72L76
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72HR2
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I09
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I06
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I15
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72IA7
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9397.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60493
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11032.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72G84
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I12
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I22
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72JR0
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6590.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80339
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72GW3
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80340
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7374.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72L77
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: Q72I28

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 AS02BS02AS03BS03AS04BS04AS05BS05AS06BS06AS07BS07AS08BS08AS09BS09AS10BS10AS11BS11AS12BS12AS13BS13AS14BS14AS15BS15AS16BS16...

#36: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29186.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62662
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26619.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62663
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62664
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17452.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62665
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62666
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62667
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62668
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62669
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11823.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62653
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13606.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62654
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14506.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P61941
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14207.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62655
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62656
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 参照: UniProt: P62657
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62238
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12193.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62658
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10127.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62659
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10474.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62660
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11590.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62661
#55: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3218.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62613

-
非ポリマー , 2種, 361分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7
詳細: pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03315 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 874708 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.87 % / CC1/2: 0.987 / Rrim(I) all: 0.309 / Rsym value: 0.278 / Net I/av σ(I): 3.94 / Net I/σ(I): 3.94
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 2.49 % / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / CC1/2: 0.182 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V67

4v67


解像度: 3.2→100 Å / SU ML: 0.59 / Data cutoff low absF: 1.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 34.93
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 43730 5 %random 5%
Rwork0.268 ---
obs0.271 874593 95.5 %-
溶媒の処理VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数94725 199983 375 0 295083
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.3 Å /
反射数%反射
Rfree4395 5 %
Rwork82287 -
obs-95 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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