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万見
- PDB-6n0t: tRNA ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n0t
タイトルtRNA ligase
要素tRNA ligase
キーワードLIGASE / tRNA / RNA ligase / nucleotidyltransferase / N6-AMP-lysine intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / phosphoric diester hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA ligase Trl1, fungi / tRNA ligase, phosphodiesterase / tRNA ligase, kinase domain, fungi / Fungal tRNA ligase phosphodiesterase domain / tRNA ligase kinase domain / T4 RNA ligase 1, N-terminal / RNA ligase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.511 Å
データ登録者Banerjee, A. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35-GM126945 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30-CA008748 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structure and two-metal mechanism of fungal tRNA ligase.
著者: Banerjee, A. / Ghosh, S. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3555
ポリマ－49,6421
非ポリマー7134
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.310, 56.688, 172.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 tRNA ligase


分子量: 49641.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0034810 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S6G2, RNA ligase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.6 and 2.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17102 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.436 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NOV

6nov


解像度: 2.511→47.416 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1711 10.01 %
Rwork0.178 --
obs0.185 17096 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.511→47.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3072 0 38 139 3249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0084299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7981900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5107-2.58460.33771290.23861162X-RAY DIFFRACTION90
2.5846-2.6680.311350.21851218X-RAY DIFFRACTION100
2.668-2.76330.29331440.21211291X-RAY DIFFRACTION100
2.7633-2.8740.28621400.2251261X-RAY DIFFRACTION100
2.874-3.00470.31381430.19791283X-RAY DIFFRACTION100
3.0047-3.16310.25251410.19381272X-RAY DIFFRACTION100
3.1631-3.36120.24641420.17741276X-RAY DIFFRACTION100
3.3612-3.62070.23511420.17371281X-RAY DIFFRACTION100
3.6207-3.98490.241440.15481296X-RAY DIFFRACTION100
3.9849-4.56110.22171460.14481306X-RAY DIFFRACTION100
4.5611-5.74490.21261480.15461330X-RAY DIFFRACTION100
5.7449-47.42390.23631570.19481409X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.8984 Å / Origin y: 62.3912 Å / Origin z: 23.6597 Å
111213212223313233
T0.2378 Å20.0373 Å2-0.0127 Å2-0.2198 Å2-0.0303 Å2--0.271 Å2
L0.5689 °20.2443 °2-0.3819 °2-0.5548 °2-0.6397 °2--2.3045 °2
S0.0012 Å °0.0443 Å °-0.0916 Å °0.0212 Å °-0.0403 Å °-0.0286 Å °0.2053 Å °0.2318 Å °0.0328 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 14:406 OR RESID 501:502 ) )A14 - 406
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 14:406 OR RESID 501:502 ) )A501 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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