[日本語] English
万見
- PDB-6mzm: Human TFIID bound to promoter DNA and TFIIA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mzm
タイトルHuman TFIID bound to promoter DNA and TFIIA
要素
  • (SCP DNA (80-MER)) x 2
  • (Transcription initiation factor IIA subunit ...) x 2
  • (Transcription initiation factor TFIID subunit ...) x 11
  • TATA-box-binding protein
  • Unk
キーワードtranscription/dna / Transcription / DNA / Nuclear / transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / pre-snoRNP complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of androgen receptor activity / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / male pronucleus / female pronucleus / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / box C/D snoRNP assembly / limb development / regulation of fat cell differentiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / SAGA complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / inner cell mass cell proliferation / midbrain development / response to L-glutamate / cellular response to ATP / histone acetyltransferase binding / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of RNA splicing / ubiquitin conjugating enzyme activity / aryl hydrocarbon receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / TFIIB-class transcription factor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / negative regulation of cell cycle / P-TEFb complex binding / embryonic placenta development / somitogenesis / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of DNA repair / core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / ovarian follicle development / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / estrogen receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / response to interleukin-1 / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / promoter-specific chromatin binding / peptidyl-threonine phosphorylation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of protein kinase activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / euchromatin / B-WICH complex positively regulates rRNA expression
類似検索 - 分子機能
TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family ...TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Transcription factor TFIID complex subunit 8 C-term / Transcription factor TFIID, subunit 8, C-terminal / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 / Transcription initiation factor TFIID component TAF4 family / Transcription initiation factor TFIID component TAF4, C-terminal / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / TBP domain superfamily / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 ...DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor TFIID subunit 4 / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 2 / Transcription initiation factor TFIID subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Patel, A.B. / Louder, R.K. / Greber, B.J. / Grunberg, S. / Luo, J. / Fang, J. / Liu, Y. / Ranish, J. / Hahn, S. / Nogales, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM63072 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of human TFIID and mechanism of TBP loading onto promoter DNA.
著者: Avinash B Patel / Robert K Louder / Basil J Greber / Sebastian Grünberg / Jie Luo / Jie Fang / Yutong Liu / Jeff Ranish / Steve Hahn / Eva Nogales /
要旨: The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and ...The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and initiating PIC assembly. We used cryo-electron microscopy, chemical cross-linking mass spectrometry, and biochemical reconstitution to determine the complete molecular architecture of TFIID and define the conformational landscape of TFIID in the process of TATA box-binding protein (TBP) loading onto promoter DNA. Our structural analysis revealed five structural states of TFIID in the presence of TFIIA and promoter DNA, showing that the initial binding of TFIID to the downstream promoter positions the upstream DNA and facilitates scanning of TBP for a TATA box and the subsequent engagement of the promoter. Our findings provide a mechanistic model for the specific loading of TBP by TFIID onto the promoter.
履歴
登録2018年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9306
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1, TAF1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 2, TAF2
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 4, TAF4
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 5,TAF5
H: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
I: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
J: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
K: Transcription initiation factor TFIID subunit 8, TAF8
L: Transcription initiation factor TFIID subunit 9, TAF9
O: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
R: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
T: TATA-box-binding protein
U: SCP DNA (80-MER)
V: SCP DNA (80-MER)
W: Transcription initiation factor IIA subunit 1
X: Transcription initiation factor IIA subunit 2
Z: Unk


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)800,42417
ポリマ－800,42417
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 11種, 11分子 ABDGHIJKLOR

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1, TAF1


分子量: 57193.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21675*PLUS
#2: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 2, TAF2 / 150 kDa cofactor of initiator function


分子量: 137159.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1X5
#3: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 4, TAF4


分子量: 104052.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268
#4: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 5,TAF5 / Transcription initiation factor TFIID 100 kDa subunit / TAFII100


分子量: 85785.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542
#5: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit E


分子量: 72749.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848
#6: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / Transcription initiation factor TFIID 70 kDa subunit


分子量: 72365.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848
#7: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit F / Transcription initiation factor TFIID 55 kDa ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit F / Transcription initiation factor TFIID 55 kDa subunit / TAFII55


分子量: 40325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15545
#8: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 8, TAF8 / Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription ...Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription initiation factor TFIID 43 kDa subunit / hTAFII43 / Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8


分子量: 32975.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7C8
#9: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 9, TAF9 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor TFIID 31 kDa subunit / TAFII31 / Transcription initiation factor TFIID 32 kDa subunit / TAFII32


分子量: 28830.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594
#10: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / STAF28 / Transcription initiation factor TFIID 30 kDa subunit / TAFII30


分子量: 21731.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962
#11: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID 20/15 kDa subunits / TAFII20/TAFII15


分子量: 17948.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514

-
タンパク質 , 2種, 2分子 TZ

#12: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20226
#17: タンパク質 Unk


分子量: 20272.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 UV

#13: DNA鎖 SCP DNA (80-MER)


分子量: 24498.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#14: DNA鎖 SCP DNA (80-MER)


分子量: 24854.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
Transcription initiation factor IIA subunit ... , 2種, 2分子 WX

#15: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 1 / General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa ...General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa subunit / TFIIA-42


分子量: 10675.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52655*PLUS
#16: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2 / General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIAS / Transcription initiation ...General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIAS / Transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma


分子量: 11275.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52657

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: General transcription factor IID / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
110 mMHEPES1
210 mMMgCl1
31 mMDTT1
43 %Trehalose1
550 mMKCl1
6.0125 %NP-401
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: BT 4s; BF 15N

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3211: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25180 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00433220
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.91845740
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.30719501
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0535250
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0075318

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る