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- PDB-6myi: Pleurotus ostreatus OstreolysinA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6myi
タイトルPleurotus ostreatus OstreolysinA
要素Ostreolysin A6
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BETA-SANDWICH FOLD / MEMBRANE BINDING PROTEIN
機能・相同性Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #50 / Hemolysin, aegerolysin type / Aegerolysin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / Sandwich / Mainly Beta / Ostreolysin A6
機能・相同性情報
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A. / Endapally, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL20948 米国
American Heart Association12SDG12040267 米国
Welch FoundationI-1793 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Discrimination between Two Conformations of Sphingomyelin in Plasma Membranes.
著者: Endapally, S. / Frias, D. / Grzemska, M. / Gay, A. / Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ostreolysin A6
B: Ostreolysin A6
C: Ostreolysin A6
D: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,31819
ポリマ－60,5434
非ポリマー77515
水11,223623
1
A: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3455
ポリマ－15,1361
非ポリマー2094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2834
ポリマ－15,1361
非ポリマー1473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4076
ポリマ－15,1361
非ポリマー2715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2834
ポリマ－15,1361
非ポリマー1473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.430, 100.335, 59.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ostreolysin A6


分子量: 15135.701 Da / 分子数: 4 / 変異: C62S, C94S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 遺伝子: OlyA6 / プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83467
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 % / Mosaicity: 0.666 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M ammonium chloride, 0.05 M tris hydrochloride, 0.15 M sodium chloride, 19% (w/v) PEG3350, 30% (w/v) ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 205258 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.1-1.124.40.91593470.6310.4491.0250.93589.6
1.12-1.144.60.80897750.6820.3970.9040.91893.3
1.14-1.165.60.754100810.7520.3320.8260.95596.2
1.16-1.186.10.677101820.8160.2880.7370.96197.1
1.18-1.216.30.584102260.8610.2470.6360.97997.8
1.21-1.246.20.511102280.8780.2190.5580.97597.9
1.24-1.2760.438102800.8960.1910.4790.96998
1.27-1.35.70.359102400.9260.1620.3960.97497.6
1.3-1.346.40.302102850.9530.1260.3280.99198.4
1.34-1.396.40.257103400.9630.1080.280.9798.7
1.39-1.446.40.208103750.9730.0870.2260.99598.9
1.44-1.496.40.164104040.9830.070.1791.01199
1.49-1.565.90.123102730.9880.0540.1351.03698.3
1.56-1.646.60.095104270.9940.040.1031.02299.1
1.64-1.756.80.077104250.9950.0320.0830.97199.5
1.75-1.886.70.062104720.9960.0250.0670.96399.6
1.88-2.076.50.05104470.9970.0210.0540.96999.4
2.07-2.376.50.043104140.9980.0180.0470.95798.8
2.37-2.997.10.036104850.9980.0150.0390.80899.5
2.99-506.80.031105520.9990.0130.0340.74899

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(1.12_2829)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.15→33.305 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1606 1451 0.87 %
Rwork0.1417 --
obs0.1419 166128 90.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.24 Å2 / Biso mean: 21.0846 Å2 / Biso min: 9.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→33.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4197 0 48 623 4868
Biso mean--30.44 29.63 -
残基数----545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0184438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1546011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0231598
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.19110.2691660.20477433749941
1.1911-1.23880.18691250.168146281475381
1.2388-1.29520.17761480.1501167311687992
1.2952-1.36350.16751560.1386177671792398
1.3635-1.44890.13691590.1303179241808399
1.4489-1.56080.13741580.118178941805299
1.5608-1.71780.14441590.1195179901814999
1.7178-1.96640.15491600.12741808818248100
1.9664-2.47730.15571590.139180391819899
2.4773-33.3190.16881610.1535181831834499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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