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- PDB-6mx2: Crystal Structure of ClpP1 from Clostridium difficile 630. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mx2
タイトルCrystal Structure of ClpP1 from Clostridium difficile 630.
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / Casinolytic protease Tetradecamer Clostridium difficule
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lavey, N.P. / Thomas, L.M. / Duerfeldt, A.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103640 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of ClpP1 from Clostridium difficile 630.
著者: Lavey, N.P. / Thomas, L.M. / Duerfeldt, A.S.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / struct
Item: _citation.title / _entity.src_method / _struct.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,03533
ポリマ－298,46014
非ポリマー57519
水13,980776
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,3191
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,3191
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3422
ポリマ－21,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3653
ポリマ－21,3191
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4343
ポリマ－21,3191
非ポリマー1152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4343
ポリマ－21,3191
非ポリマー1152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.328, 97.372, 106.494
Angle α, β, γ (deg.)113.150, 104.560, 103.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 21318.598 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: clpP1, clpP, CD630_33050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JK10 / 参照: UniProt: Q180F0, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 2.4 M Sodium Malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. obs: 109969 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.248 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 460705
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.544.30.58253560.7260.3110.6620.21396.6
2.54-2.594.40.5453940.7280.2860.6120.22396.8
2.59-2.644.30.50254700.7660.2660.5690.26797.1
2.64-2.694.30.49554490.7530.2630.5620.32697.5
2.69-2.754.10.42654770.8080.2280.4850.32798.3
2.75-2.824.40.455440.8210.210.4520.37698.9
2.82-2.894.50.36855890.8350.1920.4160.49399.3
2.89-2.964.50.32355850.8760.1680.3650.59599.8
2.96-3.054.40.30855650.8760.1610.3480.71199.8
3.05-3.154.40.28155550.8850.1480.3180.93699.8
3.15-3.264.30.25855350.9120.1360.2921.05299
3.26-3.393.90.22255170.9140.1230.2541.17398.3
3.39-3.553.70.254840.9170.1160.2321.3398.1
3.55-3.733.40.15953410.7770.0990.1881.34395.8
3.73-3.973.30.14453280.7940.0890.171.31395.5
3.97-4.2740.16455130.9520.090.1872.05798.3
4.27-4.74.40.16855720.9570.0880.192.93199.5
4.7-5.384.50.17155920.9640.0890.1932.1999.8
5.38-6.774.30.18255340.950.0960.2061.81699.1
6.77-354.30.1455690.9730.0740.1592.63799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.27 Å34.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QWD

3qwd


解像度: 2.5→34.898 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 5435 4.94 %
Rwork0.1929 --
obs0.1954 109927 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.38 Å2 / Biso mean: 30.4022 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→34.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19627 0 29 776 20432
Biso mean--30.44 30.26 -
残基数----2551
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4978-2.52620.32561600.23323056321688
2.5262-2.55590.30021940.2273490368497
2.5559-2.5870.31311670.23483406357397
2.587-2.61980.29111700.2313484365497
2.6198-2.65420.30991670.22773449361697
2.6542-2.69060.30971500.23763506365698
2.6906-2.7290.31092040.22853477368198
2.729-2.76970.30511710.23213508367999
2.7697-2.8130.33662010.23283497369899
2.813-2.85910.30761850.23163537372299
2.8591-2.90840.29251700.217834853655100
2.9084-2.96120.28371790.207436133792100
2.9612-3.01810.26491810.217835263707100
3.0181-3.07970.29292020.22835193721100
3.0797-3.14660.30482020.223835493751100
3.1466-3.21980.23231990.20713540373999
3.2198-3.30030.26591630.20793499366298
3.3003-3.38940.27131680.20213511367998
3.3894-3.48910.24511960.19333483367998
3.4891-3.60160.2291820.18473467364997
3.6016-3.73020.22521630.18253374353795
3.7302-3.87930.23541830.18383421360495
3.8793-4.05560.20941930.16793416360997
4.0556-4.26910.20531810.15853484366599
4.2691-4.5360.19172060.15053471367799
4.536-4.88540.21281800.150136043784100
4.8854-5.37540.2081750.178935593734100
5.3754-6.14960.2631690.207135553724100
6.1496-7.73390.20992050.18073486369199
7.7339-34.90170.13751690.15643520368998

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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