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- PDB-6mwv: CryoEM structure of Chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mwv
タイトルCryoEM structure of Chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-58 Antibody
要素
  • E1
  • E2
  • EEEV-58 antibody heavy chain
  • EEEV-58 antibody light chain
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / Alphavirus / EEEV / Eastern Equine Encephalitis Virus / Sindbis / Fab / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / adaptive immune response / symbiont-mediated suppression of host gene expression / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / adaptive immune response / symbiont-mediated suppression of host gene expression / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Immunoglobulin E-set / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein / Anti-human Langerin 2G3 lambda chain / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Hasan, S.S. / Sun, C. / Kim, A.S. / Watanabe, Y. / Chen, C.L. / Klose, T. / Buda, G. / Crispin, M. / Diamond, M.S. / Klimstra, W.B. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 英国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI095366 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R01AI095436 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI117331-01 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM Structures of Eastern Equine Encephalitis Virus Reveal Mechanisms of Virus Disassembly and Antibody Neutralization.
著者: S Saif Hasan / Chengqun Sun / Arthur S Kim / Yasunori Watanabe / Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Geeta Buda / Max Crispin / Michael S Diamond / William B Klimstra / Michael G Rossmann /
要旨: Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an ...Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an alphavirus that causes fatal encephalitis in humans. Our analysis provides insights into viral entry into host cells. The envelope protein E2 showed a binding site for the cellular attachment factor heparan sulfate. The presence of a cryptic E2 glycan suggests how EEEV escapes surveillance by lectin-expressing myeloid lineage cells, which are sentinels of the immune system. A mechanism for nucleocapsid core release and disassembly upon viral entry was inferred based on pH changes and capsid dissociation from envelope proteins. The EEEV capsid structure showed a viral RNA genome binding site adjacent to a ribosome binding site for viral genome translation following genome release. Using five Fab-EEEV complexes derived from neutralizing antibodies, our investigation provides insights into EEEV host cell interactions and protective epitopes relevant to vaccine design.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9278
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9278
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1
B: E2
C: EEEV-58 antibody heavy chain
D: EEEV-58 antibody light chain
E: E1
F: E2
G: EEEV-58 antibody heavy chain
H: EEEV-58 antibody light chain
I: E1
J: E2
K: EEEV-58 antibody heavy chain
L: EEEV-58 antibody light chain
M: E1
N: E2
O: EEEV-58 antibody heavy chain
P: EEEV-58 antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)567,62616
ポリマ－567,62616
非ポリマー00
水00
1
A: E1
B: E2
C: EEEV-58 antibody heavy chain
D: EEEV-58 antibody light chain
E: E1
F: E2
G: EEEV-58 antibody heavy chain
H: EEEV-58 antibody light chain
I: E1
J: E2
K: EEEV-58 antibody heavy chain
L: EEEV-58 antibody light chain
M: E1
N: E2
O: EEEV-58 antibody heavy chain
P: EEEV-58 antibody light chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,057,566960
ポリマ－34,057,566960
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: E1
B: E2
C: EEEV-58 antibody heavy chain
D: EEEV-58 antibody light chain
E: E1
F: E2
G: EEEV-58 antibody heavy chain
H: EEEV-58 antibody light chain
I: E1
J: E2
K: EEEV-58 antibody heavy chain
L: EEEV-58 antibody light chain
M: E1
N: E2
O: EEEV-58 antibody heavy chain
P: EEEV-58 antibody light chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.84 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,838,13180
ポリマ－2,838,13180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: E1
B: E2
C: EEEV-58 antibody heavy chain
D: EEEV-58 antibody light chain
E: E1
F: E2
G: EEEV-58 antibody heavy chain
H: EEEV-58 antibody light chain
I: E1
J: E2
K: EEEV-58 antibody heavy chain
L: EEEV-58 antibody light chain
M: E1
N: E2
O: EEEV-58 antibody heavy chain
P: EEEV-58 antibody light chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.41 MDa, 96 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,405,75796
ポリマ－3,405,75796
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
E1


分子量: 47938.141 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain (UNP residues 802-1242) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
Cell (発現宿主): BHK-15 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: E9KXM2, UniProt: Q4QXJ7*PLUS
#2: タンパク質
E2


分子量: 47046.953 Da / 分子数: 4 / 断片: ectodomain (UNP residues 325-744) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
Cell (発現宿主): BHK-15 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: E9KXL2, UniProt: Q4QXJ7*PLUS
#3: 抗体
EEEV-58 antibody heavy chain


分子量: 23743.719 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体
EEEV-58 antibody light chain


分子量: 23177.713 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: G0YP42
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Eastern equine encephalitis virus / EEEV-58 Fab complexCOMPLEXPurified from infected BHK-15 cellsall0MULTIPLE SOURCES
2Eastern equine encephalitis virusCOMPLEX#1-#21NATURAL
3EEEV-58 FabCOMPLEX#3-#41NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)11021
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: HELIUM / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 31 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7335 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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