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- PDB-6mwd: NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 with mutation T206S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mwd
タイトルNavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239 with mutation T206S
要素Ion transport protein
キーワードmembrane protein / metal transport / Ion Channel Voltage-gated Sodium Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.327 Å
データ登録者Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A.
引用ジャーナル: J. Gen. Physiol. / 年: 2019
タイトル: Molecular dissection of multiphase inactivation of the bacterial sodium channel NaVAb.
著者: Gamal El-Din, T.M. / Lenaeus, M.J. / Ramanadane, K. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,49110
ポリマ－29,7751
非ポリマー4,7159
水50428
1
B: Ion transport protein
ヘテロ分子

B: Ion transport protein
ヘテロ分子

B: Ion transport protein
ヘテロ分子

B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,96340
ポリマ－119,1014
非ポリマー18,86236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area34740 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area41170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.495, 124.495, 189.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2409-

HOH

21B-2423-

HOH

31B-2426-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Ion transport protein


分子量: 29775.270 Da / 分子数: 1 / 変異: T206S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#2: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 1.8 Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.327→50 Å / Num. obs: 30943 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.327→2.411 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy


解像度: 2.327→29.572 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 1552 5.02 %
Rwork0.2167 --
obs0.2182 30944 95.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.327→29.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1844 0 223 28 2095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9952980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5121218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3274-2.40250.33991030.32052067X-RAY DIFFRACTION75
2.4025-2.48830.29371310.29462589X-RAY DIFFRACTION94
2.4883-2.58790.27461400.26752691X-RAY DIFFRACTION98
2.5879-2.70560.27961490.24342713X-RAY DIFFRACTION99
2.7056-2.84810.26521400.222734X-RAY DIFFRACTION100
2.8481-3.02640.23351540.20442726X-RAY DIFFRACTION99
3.0264-3.25980.23661390.20712742X-RAY DIFFRACTION99
3.2598-3.58730.23121440.19532760X-RAY DIFFRACTION99
3.5873-4.10520.21921530.19162729X-RAY DIFFRACTION98
4.1052-5.16770.23451460.20222781X-RAY DIFFRACTION98
5.1677-29.57430.2751530.23272860X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62960.056-0.64214.03833.2746.37080.2639-0.26510.2515-0.2922-0.06660.2246-1.4446-0.5884-0.25410.89320.24840.20220.7482-0.04540.8341-85.8788-30.872-66.3452
20.59560.98611.43847.79897.51047.74-0.8568-0.65680.10180.9210.8261-0.2454-0.5454-1.65090.07462.19130.6263-0.30831.3469-0.13671.092-76.8866-26.9674-82.1201
32.73-0.7251-0.57271.57460.57612.6788-0.0564-0.24960.18230.23380.12840.0367-0.19380.0159-0.12240.5586-0.05150.0010.4826-0.00850.4088-58.0492-47.9684-75.0892
41.9701-0.02780.4312.5589-0.85165.90720.1473-1.20150.25361.26670.06460.343-0.6755-0.0322-0.19550.9111-0.08850.0161.0266-0.09490.6731-55.4763-56.8042-53.8391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 1999:2088 )B1999 - 2088
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2089:2096 )B2089 - 2096
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 2097:2193 )B2097 - 2193
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 2194:2238 )B2194 - 2238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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