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- PDB-6mvm: LasR LBD L130F:3OC14HSL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mvm
タイトルLasR LBD L130F:3OC14HSL complex
要素Transcriptional regulator LasR
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional activator protein / 3-Oxo-N-(2-oxooxolan-3-yl)tetradecanamide
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxo-N-[(3S)-2-oxooxolan-3-yl]tetradecanamide / Transcriptional regulator LasR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Paczkowski, J.E. / Bassler, B.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R37GM065859 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1713731 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: An Autoinducer Analogue Reveals an Alternative Mode of Ligand Binding for the LasR Quorum-Sensing Receptor.
著者: Paczkowski, J.E. / McCready, A.R. / Cong, J.P. / Li, Z. / Jeffrey, P.D. / Smith, C.D. / Henke, B.R. / Hughson, F.M. / Bassler, B.L.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structural determinants driving homoserine lactone ligand selection in thePseudomonas aeruginosaLasR quorum-sensing receptor.
著者: McCready, A.R. / Paczkowski, J.E. / Henke, B.R. / Bassler, B.L.
履歴
登録2018年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator LasR
B: Transcriptional regulator LasR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0924
ポリマ－36,4412
非ポリマー6512
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.881, 70.774, 53.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator LasR


分子量: 18220.516 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-168 / 変異: L130F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lasR, PA14_45960 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z901
#2: 化合物 ChemComp-K4G / 3-oxo-N-[(3S)-2-oxooxolan-3-yl]tetradecanamide / N-(3-オキソテトラデカノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 325.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H31NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM magnesium nitrate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→30 Å / Num. obs: 25887 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2UV0

2uv0


解像度: 1.895→29.568 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 1292 4.99 %
Rwork0.2131 --
obs0.2231 25887 96.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→29.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2572 0 46 127 2745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0213632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.882978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9007-1.97670.48691310.39542545X-RAY DIFFRACTION86
1.9767-2.06650.41161330.32652720X-RAY DIFFRACTION92
2.0665-2.17530.34351380.28812731X-RAY DIFFRACTION93
2.1753-2.31120.29531470.26132709X-RAY DIFFRACTION93
2.3112-2.48920.30251590.25562772X-RAY DIFFRACTION93
2.4892-2.73870.31141580.24172712X-RAY DIFFRACTION93
2.7387-3.13270.29081180.2232775X-RAY DIFFRACTION94
3.1327-3.93850.22621450.17992779X-RAY DIFFRACTION94
3.9385-16.76570.22241230.17192808X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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