PDB-6msw: Crystal structure of BH1352 2-deoxyribose-5-phosphate from Bacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6msw

タイトル

Crystal structure of BH1352 2-deoxyribose-5-phosphate from Bacillus halodurans, K184L mutant

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / aldolase / TIM barrel / 2-deoxyribose-5-phosphate / DRP

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.169 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Kim, T. / Yim, V. / Yakunin, A. / Savchenko, A.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Rational engineering of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolases for the biosynthesis of (R)-1,3-butanediol.
著者: Kim, T. / Stogios, P.J. / Khusnutdinova, A.N. / Nemr, K. / Skarina, T. / Flick, R. / Joo, J.C. / Mahadevan, R. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2018年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6msw.ent.gz	431.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6msw_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6msw_full_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示
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CIF形式データ	6msw_validation.cif.gz	78.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/6msw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/6msw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6d33SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d33-3 4aql-d 6oha-d 6nte-1 5myv-2 2nsx-4 3rik-1 2nt0-1 5ck3-1 1wam-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

E: Deoxyribose-phosphate aldolase

F: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

142 kDa, 6 ポリマー
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1

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Deoxyribose-phosphate aldolase

F: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	240.779, 55.125, 176.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 127.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase 分子量: 23370.711 Da / 分子数: 6 / 変異: K184L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) 株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 遺伝子: deoC, dra, BH1352 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: Q9KD67, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 10 mM acetaldehyde

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.169→30 Å / Num. obs: 97428 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.75
反射シェル	解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 4866 / CC_1/2: 0.815 / R_pim(I) all: 0.405 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6D33

6d33

解像度: 2.169→29.976 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.81

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2109	1997	2.05 %	RANDOM
R_work	0.1927	-	-	-
obs	0.193	97396	99.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.169→29.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9494	0	102	837	10433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9695
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.618	13110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.724	3535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1616
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1677

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1685-2.2227	0.3001	134	0.2876	6421	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2227-2.2828	0.3005	141	0.2654	6766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2828-2.35	0.2544	142	0.2612	6775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.4258	0.3011	142	0.2476	6801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4258-2.5124	0.2573	143	0.2364	6824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5124-2.613	0.2346	143	0.2278	6792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.613-2.7318	0.2559	142	0.2216	6784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7318-2.8758	0.2019	143	0.2162	6839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8758-3.0558	0.2417	143	0.2159	6826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0558-3.2914	0.2336	142	0.2085	6803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2914-3.6222	0.1893	143	0.1834	6875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6222-4.1451	0.183	145	0.1626	6871	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1451-5.2179	0.1597	145	0.1454	6911	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2179-29.9791	0.1993	149	0.1753	7111	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4661	-0.1761	1.9198	4.5943	1.0016	2.8855	-0.6224	0.1623	1.1079	0.5402	0.0404	-0.8252	-1.3051	0.799	-0.9025	1.3113	-0.2071	-0.6131	0.1461	-0.1124	0.8525	55.3083	39.7751	126.1844
2	2.4151	-2.6834	0.6465	3.1005	0.0285	4.967	-0.0822	0.3359	1.0819	0.0561	-0.0192	-2.0356	-1.1425	1.2599	-0.2705	1.056	-0.5057	-0.467	0.546	0.2341	1.3702	62.8716	39.1998	117.7983
3	8.0797	-1.9662	0.5249	5.4525	-1.0775	1.2964	-0.0829	0.3558	0.2614	-0.2392	-0.2844	-0.6013	-0.0328	0.8215	0.3514	0.402	-0.0791	-0.0503	0.4219	0.1357	0.4852	67.0944	71.7286	139.8835
4	8.6777	4.069	-7.6904	2.1829	-3.9968	9.9412	-0.4263	-0.9175	0.3482	0.5441	-0.4538	-1.2982	-0.6793	1.7735	0.8365	0.536	-0.1094	-0.2216	0.7312	0.124	0.7012	70.7159	76.8424	147.1894
5	5.2488	3.8416	-5.4505	3.3418	-5.0032	7.5873	-0.2154	-0.5099	0.1284	0.1762	-0.2945	-0.5356	-0.5318	0.3356	0.4275	0.4505	-0.0023	-0.1448	0.3861	0.0618	0.4432	61.8028	76.9205	146.6025
6	6.4257	4.2859	-0.199	7.5719	1.5555	5.5291	-0.6432	0.0528	0.3366	-0.5026	0.2511	-0.1796	-0.514	0.2638	0.3611	0.4116	0.043	-0.1196	0.3049	0.0586	0.3355	56.6077	74.5076	142.6033
7	3.8626	2.4372	5.9608	9.7757	5.149	9.4857	-0.5141	-0.7933	0.6268	-0.3134	-0.1687	0.4153	-0.853	-0.7613	0.8278	0.425	0.1299	-0.0415	0.3771	-0.0693	0.2838	45.9179	74.2464	145.964
8	7.6019	4.5657	2.7209	6.0887	4.2548	9.6069	-0.9522	0.2548	-0.1622	-0.6259	0.4802	-0.0309	0.4156	-0.2921	0.3468	0.4627	-0.0074	0.0335	0.2821	-0.008	0.2817	47.6686	64.1001	136.0244
9	7.6766	6.5156	6.4066	5.5323	5.4146	5.3715	-0.6099	-0.0551	0.199	-0.4478	0.4554	0.7891	-0.4836	-0.5574	0.0225	0.4459	-0.0103	-0.0336	0.422	-0.0185	0.3021	41.1532	68.9823	134.7554
10	6.0565	1.311	-0.5157	6.2641	4.0769	8.4684	-0.3265	-0.0341	-0.1091	0.0167	-0.1066	-0.09	0.1718	-0.3434	0.312	0.3766	0.0363	0.009	0.2035	0.0441	0.1946	51.9159	67.4683	133.7932
11	3.7935	-4.1814	-1.417	4.7362	0.5872	9.1603	0.085	0.4251	-0.4297	-1.0964	-0.5566	0.1995	0.5356	-0.429	0.4451	0.5837	-0.0995	0.0243	0.2847	-0.0292	0.3678	47.5619	62.7524	125.246
12	2.2914	1.2136	1.3642	0.7327	1.051	8.2256	-0.3125	-0.3819	-0.0322	0.1034	-0.0176	-0.6527	0.6351	0.4078	0.4456	0.4672	0.0242	0.0559	0.2618	0.0816	0.4111	57.4744	64.4467	133.5074
13	5.8703	-0.5966	2.7562	2.155	0.4324	6.1676	-0.2274	0.4023	-0.0249	-0.3847	-0.2715	-0.4932	0.4457	0.799	0.4861	0.5124	0.0462	0.1286	0.315	0.1426	0.4568	63.1023	66.911	126.6119
14	7.0224	5.9486	-6.6878	5.1406	-5.5981	6.3895	-0.0264	0.3569	0.2646	-0.9786	0.8188	-0.5519	-0.2274	-0.0014	-0.8101	0.6733	-0.0618	0.0923	0.7376	0.0875	0.7532	81.5057	73.2557	131.7629
15	6.8707	-4.2477	-2.3186	7.5781	5.7282	4.9327	-0.3044	-0.0567	0.2306	0.3229	-0.1684	0.198	0.2534	-0.093	0.2852	0.4275	0.0215	0.0164	0.3945	0.0859	0.2836	14.2958	43.4249	66.8443
16	7.2022	-2.1192	-3.0158	4.8768	6.9081	9.888	0.4258	0.4268	0.5628	-0.2272	-0.3053	0.29	-0.8712	-0.2967	-0.1882	0.6868	0.1558	0.0029	0.5414	0.1347	0.4225	13.8835	52.0185	63.206
17	3.4816	-0.6365	-0.9466	1.6472	1.1919	0.9512	-0.0805	-0.1418	0.058	0.0468	-0.1304	-0.0558	-0.3593	-0.1361	0.1594	0.4906	0.0623	-0.0131	0.4345	0.0832	0.2949	21.867	47.8789	62.9603
18	3.8673	-3.4182	-2.4122	9.2341	4.6345	4.5613	-0.1704	-0.1942	0.3294	0.5801	0.1846	-0.3256	-0.3859	0.5011	-0.0048	0.6687	-0.0379	-0.0645	0.497	0.0933	0.2694	24.5147	41.7257	65.6602
19	2.387	0.4179	0.7	2.0184	3.944	8.942	-0.0073	0.1554	0.1176	-0.4827	-0.2342	-0.5666	-0.2909	0.8048	0.1369	0.3661	0.0042	-0.0094	0.5545	0.2092	0.3889	33.8313	37.1623	61.5507
20	2.3803	1.5988	0.787	7.1751	3.1555	4.7132	-0.0735	0.0961	-0.0941	0.2679	-0.2637	0.0243	0.6698	0.1185	0.3147	0.5325	0.0446	0.0306	0.526	0.146	0.3069	26.501	26.7811	67.941
21	8.4691	5.6653	2.9226	4.3006	2.7269	4.3374	0.2883	0.3597	-0.7079	1.3323	-0.264	-1.4875	0.6959	1.0245	0.0469	0.561	0.1087	-0.0543	0.6912	0.1934	0.4235	34.3934	27.0943	70.139
22	9.0885	6.7138	-0.2336	4.9885	0.3134	6.2154	-0.0418	-0.0203	-0.2884	0.0612	-0.2026	-0.4705	0.1381	0.2566	0.1689	0.4734	0.0241	-0.0509	0.4139	0.1154	0.3034	24.5385	31.0805	71.5301
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64	8.4594	-5.9269	-1.7009	7.7546	0.0684	7.9416	-0.2015	-0.4084	0.6533	0.1987	0.035	-0.2217	-1.1961	-0.4419	0.0741	0.6535	0.0478	-0.21	0.333	-0.041	0.3437	40.4539	34.1464	116.6546
65	4.504	-4.2949	-2.6088	4.1807	1.8625	6.6174	-0.4136	-0.2176	-0.3278	0.5959	0.2428	0.4281	0.0585	-1.1981	0.1279	0.5625	0.0114	-0.0546	0.4452	0.0104	0.3454	37.2762	26.7377	118.2086
66	3.6625	-4.135	-2.9833	7.2147	4.0193	2.6917	-0.353	0.1741	0.3994	-0.2656	-0.1793	-0.0112	-0.8152	-0.2469	0.1298	1.0762	0.1015	-0.4379	0.1162	0.0128	0.497	45.9517	33.4041	118.5988
67	3.1265	-1.9253	-2.25	3.1099	2.6371	2.44	-0.5915	-0.875	0.9336	0.8519	0.1225	0.1925	-1.0124	-0.5011	0.2724	1.0317	0.2942	-0.3223	0.4401	-0.186	0.5054	40.2742	35.4106	127.3541
68	2.2846	1.0219	-2.2497	1.5683	-0.9573	2.2295	-0.376	0.2389	0.8618	-0.249	0.2018	-0.1862	-1.2278	0.0776	-0.1509	1.1979	-0.0396	-0.4817	0.0187	0.1446	0.7028	49.3174	38.76	118.4977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 167 through 200 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 201 through 216 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 3 through 19 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 20 through 33 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 34 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 52 through 72 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 73 through 86 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 87 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 105 through 119 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 120 through 135 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 136 through 149 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 150 through 166 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 167 through 210 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 211 through 224 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 4 through 19 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 20 through 33 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 34 through 51 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 52 through 72 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 73 through 86 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 87 through 104 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 105 through 119 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 120 through 135 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 136 through 149 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 150 through 191 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 192 through 210 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 211 through 224 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 4 through 19 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 20 through 33 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 34 through 51 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 52 through 72 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'C' and (resid 73 through 104 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 105 through 118 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 119 through 135 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 136 through 149 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'C' and (resid 150 through 186 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'C' and (resid 187 through 219 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 4 through 19 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 20 through 33 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 34 through 51 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 52 through 72 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 73 through 86 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 87 through 104 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'D' and (resid 105 through 119 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'D' and (resid 120 through 135 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'D' and (resid 136 through 149 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'D' and (resid 150 through 186 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'D' and (resid 187 through 219 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'E' and (resid 3 through 19 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'E' and (resid 20 through 33 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'E' and (resid 34 through 51 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'E' and (resid 52 through 72 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'E' and (resid 73 through 86 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'E' and (resid 87 through 104 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'E' and (resid 105 through 118 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'E' and (resid 119 through 135 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'E' and (resid 136 through 149 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'E' and (resid 150 through 177 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'E' and (resid 178 through 219 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'F' and (resid 4 through 19 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'F' and (resid 20 through 33 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'F' and (resid 34 through 51 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'F' and (resid 52 through 72 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'F' and (resid 73 through 86 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'F' and (resid 87 through 104 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'F' and (resid 105 through 119 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'F' and (resid 120 through 135 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'F' and (resid 136 through 149 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'F' and (resid 150 through 166 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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