[日本語] English
万見
- PDB-6mr4: Crystal structure of the Sth1 bromodomain from S.cerevisiae -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mr4
タイトルCrystal structure of the Sth1 bromodomain from S.cerevisiae
要素Nuclear protein STH1/NPS1
キーワードGENE REGULATION / Bromodomain / gene expression / chromatin structure / acetylated-lysine histone binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin remodeling at centromere / histone H4 reader activity / DNA translocase activity / nucleosome array spacer activity / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nucleosome disassembly / chromosome, centromeric region / cytoskeleton organization / : ...chromatin remodeling at centromere / histone H4 reader activity / DNA translocase activity / nucleosome array spacer activity / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / nucleosome disassembly / chromosome, centromeric region / cytoskeleton organization / : / meiotic cell cycle / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / helicase activity / base-excision repair / double-strand break repair / DNA helicase / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain ...Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear protein STH1/NPS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Seo, H.S. / Hashimoto, H. / Krolak, A. / Debler, E.W. / Blus, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Substrate Affinity and Specificity of the ScSth1p Bromodomain Are Fine-Tuned for Versatile Histone Recognition.
著者: Blus, B.J. / Hashimoto, H. / Seo, H.S. / Krolak, A. / Debler, E.W.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear protein STH1/NPS1
B: Nuclear protein STH1/NPS1
C: Nuclear protein STH1/NPS1
D: Nuclear protein STH1/NPS1
E: Nuclear protein STH1/NPS1
F: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1186
ポリマ－80,1186
非ポリマー00
水48627
1
A: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3531
ポリマ－13,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3531
ポリマ－13,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3531
ポリマ－13,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3531
ポリマ－13,3531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3531
ポリマ－13,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3531
ポリマ－13,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Nuclear protein STH1/NPS1
F: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7062
ポリマ－26,7062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
8
B: Nuclear protein STH1/NPS1

B: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7062
ポリマ－26,7062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1830 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
9
C: Nuclear protein STH1/NPS1

E: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7062
ポリマ－26,7062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
10
D: Nuclear protein STH1/NPS1

D: Nuclear protein STH1/NPS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7062
ポリマ－26,7062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1970 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.753, 74.619, 72.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Nuclear protein STH1/NPS1 / ATP-dependent helicase STH1 / Chromatin structure-remodeling complex protein STH1 / SNF2 homolog


分子量: 13352.991 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: STH1, NPS1, YIL126W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32597, DNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350 3% Trimethylamine N-oxide dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen cryo-stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日
放射モノクロメーター: Cryo cooled double Si(111) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→72.45 Å / Num. obs: 20385 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.71→2.84 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2722 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TLP

3tlp


解像度: 2.71→72.449 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 1044 5.12 %
Rwork0.2377 --
obs0.2394 20371 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→72.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5476 0 0 27 5503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.617565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4642145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004983
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7102-2.85310.33481450.33512780X-RAY DIFFRACTION99
2.8531-3.03180.34751400.31592764X-RAY DIFFRACTION99
3.0318-3.26590.33041400.29192781X-RAY DIFFRACTION99
3.2659-3.59460.30711600.26182748X-RAY DIFFRACTION99
3.5946-4.11470.25171400.21852766X-RAY DIFFRACTION98
4.1147-5.18380.24321590.20752740X-RAY DIFFRACTION98
5.1838-72.47520.22941600.19482748X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3508-0.4008-1.90516.03011.66876.4777-0.30750.0569-0.642-0.64240.45440.34061.3682-0.4474-0.07320.6108-0.20480.06970.56090.02720.403-43.55658.088525.0627
24.82171.7897-1.6527.68052.98032.9366-0.3256-0.6652-0.1716-0.12090.2765-0.3489-0.53480.63030.04370.5717-0.0872-0.03870.58730.14560.3106-35.430127.484324.1889
33.92033.1753-0.55626.9974-5.48595.8890.2373-0.73860.46130.2958-0.24170.2804-0.11770.07110.04340.554-0.09220.08760.4595-0.00680.3269-42.4921.423833.8414
44.45191.2141-1.05876.89151.34837.92620.0150.2314-0.0695-0.27480.43720.5250.0151-1.293-0.47050.5577-0.074-0.09840.56260.140.4659-49.83918.153224.1163
55.44-0.61431.52565.88781.15466.26990.03150.1458-0.148-0.139-0.0616-0.24770.20660.0549-0.00820.271-0.03330.1680.25840.00820.411-1.918227.328825.6815
63.61523.1148-0.69064.57131.01549.3547-0.07970.4818-0.6-0.39690.296-0.83571.121.1962-0.23790.41820.10270.02040.4746-0.08130.7988.117122.924.2239
75.71620.71490.044.0216-1.72474.6652-0.29580.13040.3366-0.12790.1685-0.19350.0461-0.18940.12730.6916-0.11590.0980.3123-0.08680.2589-19.953750.835910.3685
83.4588-0.76630.1122.9977-0.01233.955-0.54231.1207-0.1961-1.16750.5072-0.3692-0.09050.27990.04560.9061-0.23130.11980.6454-0.07890.466-18.680947.26060.802
96.79221.9458-3.82071.2339-3.23217.7077-0.4191-0.61961.4751-1.0596-0.35670.1093-1.87760.84240.37781.2561-0.1143-0.28130.43830.25141.05784.04051.404625.4035
103.09840.32931.10197.7671-1.14656.9111-0.55230.2043-0.00850.46510.20970.1298-0.74510.11570.26720.5823-0.0775-0.1490.46620.03880.7805-0.6242-15.039431.3264
112.9945-0.3342-1.36693.0264-0.81634.49330.08280.21210.2411-0.4117-0.276-1.2356-1.04250.67520.22060.8971-0.1649-0.15910.52540.13140.95134.8736-10.560920.4503
125.65771.963-3.61987.8148-0.95845.611-0.62870.66210.4248-0.29750.4961-0.3485-0.772-0.7436-0.06130.7918-0.0632-0.28390.37250.09820.813-7.8068-7.286422.4996
1310.84211.6026.21374.4068-0.05289.5423-1.2701-0.23583.1985-0.2188-0.05390.4462-1.2763-0.12681.03140.88130.0382-0.06480.4798-0.00010.6474-36.248725.2112-11.5134
143.88681.09691.17943.878-2.16953.7896-0.21170.3924-0.2351-0.15360.2807-0.5625-0.4926-0.0153-0.05960.56880.04520.05370.4078-0.1210.2519-31.83335.5404-11.5866
158.51361.09142.069.03171.06247.49150.23160.34130.57220.39560.6145-1.3278-0.02261.0541-0.72120.4449-0.02930.11320.4865-0.09190.5994-24.308716.8902-12.9801
165.850.7278-1.09680.1502-0.36751.4218-0.4141.20771.1993-1.31580.75940.0669-1.29360.4601-0.18851.0001-0.23990.09110.56470.02310.501-33.264621.5558-21.2947
176.0142-5.1928-5.36248.47684.28696.5517-0.2243-0.48-0.9270.5695-0.35510.68151.2986-0.32010.57880.6881-0.1755-0.05530.44140.11830.5388-29.66394.963821.0589
186.1074-4.4884-0.676510.1177-1.76973.58630.14780.4421-0.1580.0824-0.2866-0.201-0.40370.08280.1430.4792-0.11610.04320.3215-0.0510.1982-30.058722.634611.3004
193.63190.5570.94786.19251.19392.48180.03350.5716-0.497-0.52540.0016-0.25640.08850.0913-0.00390.4723-0.03940.12230.4147-0.0340.3442-23.061211.06059.691
206.2361-2.4053-3.41346.63645.40879.2799-0.1836-0.58810.12050.84890.6629-1.12440.29871.0756-0.43450.3521-0.0039-0.06440.48430.03080.3929-20.848610.802922.6379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1250 through 1275 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1276 through 1293 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1294 through 1309 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1310 through 1358 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1251 through 1337 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1338 through 1356 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1250 through 1314 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1315 through 1358 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1251 through 1264 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1265 through 1299 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1300 through 1332 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1333 through 1358 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 1251 through 1275 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 1276 through 1299 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 1300 through 1332 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 1333 through 1358 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 1251 through 1275 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 1276 through 1299 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1300 through 1332 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 1333 through 1358 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る