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- PDB-6mpp: HLA-A*01:01 complex with NRAS Q61K peptide by NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpp
タイトルHLA-A*01:01 complex with NRAS Q61K peptide by NMR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
  • NRAS Q61K peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / detection of bacterium / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / T cell receptor binding / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / VEGFR2 mediated cell proliferation / transferrin transport / small monomeric GTPase / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / FCERI mediated MAPK activation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / RAF activation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / T cell mediated cytotoxicity / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Rab subfamily of small GTPases / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase NRas / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Flores-Solis, D. / McShan, A.C. / Sgourakis, N.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorHIE-S10OD018455 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI2573-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM125034-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MHC-I complex determined by NMR
著者: Flores-Solis, D. / McShan, A.C. / Sgourakis, N.G.
履歴
登録2018年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / entity / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _struct.title
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain
B: NRAS Q61K peptide
C: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2003
ポリマ－45,2003
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4470 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19930 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-1 alpha chain / MHC class I antigen A*1


分子量: 32181.514 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30443, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド NRAS Q61K peptide


分子量: 1139.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01111*PLUS
#3: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
151isotropic12D 1H-15N HSQC
162isotropic12D 1H-15N HSQC
1173isotropic12D 1H-15N HSQC
172isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1224isotropic12D 1H-1H filtered-TOCSY
183isotropic12D 1H-13C HSQC
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HN(COCA)CB
1162isotropic13D Cmethyl-CmethylHmethyl
1142isotropic13D N-CmethylHmethyl
1132isotropic13D N-NHamide
1122isotropic13D Hmethyl-CmethylHmethyl
1214isotropic13D 1H-13C filtered-NOESY
1153isotropic13D Caromatic-CmethylHmethyl
1103isotropic13D Hmethyl-CaroHaro
1183isotropic13D Cmethyl-CmethylHmethyl
1193isotropic13D N-CmethylHmethyl
1203isotropic13D Hmethyl-CmethylHmethyl

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] MHC-I HLA-A01:01, 300 uM NRAS Q16K, 300 uM Hb2M, 90% H2O/10% D2OProtonated Sample for backbone experimentsProtonated_A0190% H2O/10% D2O
solution2180 uM [U-15N; U-2H]; [U-15N; U-2H; Methyl-1H; Methyl-13C]-Ala, Ile, Leu & Val MHC-I HLA-A01:01, 180 uM NRAS Q16K, 180 uM Hb2M, 90% H2O/10% D2OAILV_A0190% H2O/10% D2O
solution4170 uM [U-15N; U-2H]; [U-15N; U-2H; Methyl-1H; Methyl-13C]-Ala, Ile, Leu & Val MHC-I HLA-A01:01, 170 uM NRAS Q16K, 170 uM Hb2M, 100% D2OAILV_A01_D2O100% D2O
solution3210 uM [U-15N; U-2H]; [U-15N; U-2H; Methyl-1H; Methyl-13C]-Ala, Ile, Leu & Val; [U-13C; U-15N]-Phe & Tyr MHC-I HLA-A01:01, 210 uM [U-15N] NRAS Q16K, 210 uM [U-2H] Hb2M, 90% H2O/10% D2OFYAILV_A01_15N_NRAS90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMMHC-I HLA-A01:01[U-99% 13C; U-99% 15N]1
300 uMNRAS Q16Knatural abundance1
300 uMHb2Mnatural abundance1
180 uMMHC-I HLA-A01:01[U-15N; U-2H]; [U-15N; U-2H; Methyl-1H; Methyl-13C]-Ala, Ile, Leu & Val2
180 uMNRAS Q16Knatural abundance2
180 uMHb2Mnatural abundance2
170 uMMHC-I HLA-A01:01[U-15N; U-2H]; [U-15N; U-2H; Methyl-1H; Methyl-13C]-Ala, Ile, Leu & Val4
170 uMNRAS Q16Knatural abundance4
170 uMHb2Mnatural abundance4
210 uMMHC-I HLA-A01:01[U-15N; U-2H]; [U-15N; U-2H; Methyl-1H; Methyl-13C]-Ala, Ile, Leu & Val; [U-13C; U-15N]-Phe & Tyr3
210 uMNRAS Q16K[U-15N]3
210 uMHb2M[U-2H]3
試料状態詳細: 50 mM NaCl 20 mM NaPO4 / イオン強度: 20 mM / Label: NMR_Buffer / pH: 7.2 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Bax精密化
SparkyNMRFAMGoddardchemical shift assignment
SparkyNMRFAMGoddardpeak picking
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 2 / 詳細: Structure is calculated based on NMR constraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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