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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mp0
タイトルCrystal structures of the murine class I major histocompatibility complex H-2Db in complex with the TRP1-M9 peptide
要素TRP1-M9 peptide, Beta-2-microglobulin,H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain, chimeric construct
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


Melanin biosynthesis / melanin biosynthetic process from tyrosine / acetoacetic acid metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / tyrosinase activity / melanin metabolic process / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanocyte differentiation / melanosome membrane / melanosome organization ...Melanin biosynthesis / melanin biosynthetic process from tyrosine / acetoacetic acid metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / tyrosinase activity / melanin metabolic process / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanocyte differentiation / melanosome membrane / melanosome organization / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / pigmentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / melanosome / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / 5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Clancy-Thompson, E. / Devlin, C.A. / Birnbaum, M.E. / Dougan, S.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30-CA14051 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32CA207021 米国
引用ジャーナル: Cancer Immunol Res / 年: 2018
タイトル: Altered Binding of Tumor Antigenic Peptides to MHC Class I Affects CD8+T Cell-Effector Responses.
著者: Clancy-Thompson, E. / Devlin, C.A. / Tyler, P.M. / Servos, M.M. / Ali, L.R. / Ventre, K.S. / Bhuiyan, M.A. / Bruck, P.T. / Birnbaum, M.E. / Dougan, S.K.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRP1-M9 peptide, Beta-2-microglobulin,H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain, chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4963
ポリマ－50,0531
非ポリマー4422
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.061, 98.436, 121.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 TRP1-M9 peptide, Beta-2-microglobulin,H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain, chimeric construct / DHICA oxidase / Brown locus protein / Catalase B / Tyrosinase-related protein 1 / TRP1 / H-2D(B)


分子量: 50053.410 Da / 分子数: 1 / 変異: Y84A, A9M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tyrp1, Tyrp-1, B2m, H2-D1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P07147, UniProt: P01887, UniProt: P01899, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P07147, UniProt: P01887, UniProt: P01899, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他分子を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% PEG-6000, 200 mM LiCl, and 100 mM Tris-HCl (pH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.682 Å / Num. obs: 40488 / % possible obs: 97.46 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1412 / Rrim(I) all: 0.1476 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / CC1/2: 0.527 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDS20170601データ削減
XSCALE20170601データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HUU

4huu


解像度: 2→31.682 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1989 4.92 %
Rwork0.1954 --
obs0.1971 40439 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 28 381 3567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3944489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8531956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9999-2.04990.38271080.33842050X-RAY DIFFRACTION74
2.0499-2.10530.27061100.27432573X-RAY DIFFRACTION92
2.1053-2.16720.29851580.24412738X-RAY DIFFRACTION99
2.1672-2.23720.27291330.22022779X-RAY DIFFRACTION100
2.2372-2.31710.27161510.22452776X-RAY DIFFRACTION100
2.3171-2.40980.23521390.22462795X-RAY DIFFRACTION100
2.4098-2.51950.26851310.21652812X-RAY DIFFRACTION100
2.5195-2.65220.30131340.21182828X-RAY DIFFRACTION100
2.6522-2.81830.25141340.21062798X-RAY DIFFRACTION100
2.8183-3.03570.24051550.20112785X-RAY DIFFRACTION100
3.0357-3.34090.22271580.18642844X-RAY DIFFRACTION100
3.3409-3.82370.2011660.172826X-RAY DIFFRACTION100
3.8237-4.81470.16231420.15582867X-RAY DIFFRACTION100
4.8147-31.6860.22811700.1892979X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2570.98460.3743.24810.98620.45720.00440.1312-0.1293-0.1866-0.0616-0.0404-0.028-0.03670.07050.22380.0119-0.01580.22280.0030.191-5.4753-11.446632.3543
23.1112-0.0913-0.37482.72610.14432.7666-0.0230.0909-0.0189-0.0913-0.0354-0.1665-0.00430.1330.06260.1578-0.0274-0.01150.12070.02280.18423.62859.468738.7313
31.49970.5438-0.09794.3684-0.3072.60370.1085-0.161-0.35430.4906-0.22190.14790.74820.07190.07940.3748-0.00060.01850.3699-0.03540.2103-9.8135-17.258352.0432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 2012 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2013 through 2162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 2163 through 2277 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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